seq1 = pF1KE0782.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE0782/gi568815594f_8169969.tfa (gi568815594f:8169969_8406133), 236165 bp

>pF1KE0782 1359
>gi568815594f:8169969_8406133 (Chr4)

1-385  (100001-100385)   99% ->
386-485  (112469-112568)   100% ->
486-708  (116593-116815)   100% ->
709-903  (121402-121596)   100% ->
904-936  (122353-122385)   100% ->
937-1051  (124119-124233)   100% ->
1052-1100  (132495-132543)   100% ->
1101-1196  (134216-134311)   100% ->
1197-1359  (136003-136165)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCGCGAGCGCTGCTCCTGGCCGCGTTGGCCGCGCTGGCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCGCGAGCGCTGCTCCTGGCCGCGTTGGCCGCGCTGGCGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGAGCCCCCTGCGGCGCCGTGTCCCGCGCGCTGCGACGTGTCGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGAGCCCCCTGCGGCGCCGTGTCCCGCGCGCTGCGACGTGTCGCGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCCCAGCCCCCGCTGCCCCGGCGGCTACGTGCCCGACCTCTGCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCCCAGCCCCCGCTGCCCCGGCGGCTACGTGCCCGACCTCTGCAACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCTGGTGTGCGCCGCCAGCGAGGGCGAGCCCTGTGGCGGCCCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCTGGTGTGCGCCGCCAGCGAGGGCGAGCCCTGTGGCGGCCCTCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCGCCTTGCGGCGAGAGCCTGGAGTGCGTGCGCGGCCTATGCCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCGCCTTGCGGCGAGAGCCTGGAGTGCGTGCGCGGCCTATGCCGCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTGGTCACACGCCGTGTGTGGCACCGACGGGCACACCTATGCCAACGTG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTGGTCGCACGCCGTGTGTGGCACCGACGGGCACACCTATGCCAACGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCGCGCTGCAGGCGGCCAGCCGCCGCGCGCTGCAGCTCTCCGGGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCGCGCTGCAGGCGGCCAGCCGCCGCGCGCTGCAGCTCTCCGGGACGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGCGCCAGCTGCAGAAGGGCGCCTGCCCGTTGG         GTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100351 CGTGCGCCAGCTGCAGAAGGGCGCCTGCCCGTTGGGTA...CAGGTCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCAGCTGAGCAGCCCGCGCTACAAGTTCAACTTCATTGCTGACGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112475 ACCAGCTGAGCAGCCCGCGCTACAAGTTCAACTTCATTGCTGACGTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGAAGATCGCACCAGCCGTGGTCCACATAGAGCTCTTCCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112525 GAGAAGATCGCACCAGCCGTGGTCCACATAGAGCTCTTCCTGAGGTG...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486    ACACCCGCTGTTTGGCCGCAACGTGCCCCTGTCCAGCGGTTCTGGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116590 CAGACACCCGCTGTTTGGCCGCAACGTGCCCCTGTCCAGCGGTTCTGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCATCATGTCAGAGGCCGGCCTGATCATCACCAATGCCCACGTGGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116640 TCATCATGTCAGAGGCCGGCCTGATCATCACCAATGCCCACGTGGTGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCAACAGTGCTGCCCCGGGCAGGCAGCAGCTCAAGGTGCAGCTACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116690 AGCAACAGTGCTGCCCCGGGCAGGCAGCAGCTCAAGGTGCAGCTACAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGGGACTCCTATGAGGCCACCATCAAAGACATCGACAAGAAGTCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116740 TGGGGACTCCTATGAGGCCACCATCAAAGACATCGACAAGAAGTCGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGCCACCATCAAGATCCATCCCAAG         AAAAAGCTCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116790 TTGCCACCATCAAGATCCATCCCAAGGTG...TAGAAAAAGCTCCCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTGTTGCTGGGTCACTCGGCCGACCTGCGGCCTGGGGAGTTTGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121417 TTGTTGCTGGGTCACTCGGCCGACCTGCGGCCTGGGGAGTTTGTGGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATCGGCAGTCCCTTCGCCCTACAGAACACAGTGACAACGGGCATCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121467 CATCGGCAGTCCCTTCGCCCTACAGAACACAGTGACAACGGGCATCGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCACTGCCCAGCGGGAGGGCAGGGAGCTGGGCCTCCGGGACTCCGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121517 GCACTGCCCAGCGGGAGGGCAGGGAGCTGGGCCTCCGGGACTCCGACATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACTACATCCAGACGGATGCCATCATCAAC         TACGGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121567 GACTACATCCAGACGGATGCCATCATCAACGTG...CAGTACGGGAACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGGGGGACCACTGGTGAACCTG         GATGGCGAGGTCATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122364 CGGGGGACCACTGGTGAACCTGGTA...CAGGATGGCGAGGTCATTGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCAACACGCTCAAGGTCACGGCTGGCATCTCCTTTGCCATCCCCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124138 TCAACACGCTCAAGGTCACGGCTGGCATCTCCTTTGCCATCCCCTCAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGCATCACACGGTTCCTCACAGAGTTCCAAGACAAGCAGATCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 124188 CGCATCACACGGTTCCTCACAGAGTTCCAAGACAAGCAGATCAAAGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052      ACTGGAAGAAGCGCTTCATCGGCATACGGATGCGGACGATCACAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124238 ..CAGACTGGAAGAAGCGCTTCATCGGCATACGGATGCGGACGATCACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAAG         CCTGGTGGATGAGCTGAAGGCCAGCAACCCGGACTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132540 CAAGGTG...CAGCCTGGTGGATGAGCTGAAGGCCAGCAACCCGGACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCAGAGGTCAGCAGTGGAATTTATGTGCAAGAGGTTGCGCCGAATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134253 CCAGAGGTCAGCAGTGGAATTTATGTGCAAGAGGTTGCGCCGAATTCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTCTCAGAG         AGGCGGCATCCAAGATGGTGACATCATCGTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 134303 TTCTCAGAGGTA...CAGAGGCGGCATCCAAGATGGTGACATCATCGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGTCAACGGGCGTCCTCTAGTGGACTCGAGTGAGCTGCAGGAGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136035 AGGTCAACGGGCGTCCTCTAGTGGACTCGAGTGAGCTGCAGGAGGCCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGACCGAGTCTCCTCTCCTACTGGAGGTGCGGCGGGGGAACGACGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136085 CTGACCGAGTCTCCTCTCCTACTGGAGGTGCGGCGGGGGAACGACGACCT

   1400     .    :    .    :    .    :
   1329 CCTCTTCAGCATCGCACCTGAGGTGGTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 136135 CCTCTTCAGCATCGCACCTGAGGTGGTCATG