seq1 = pF1KE0777.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KE0777/gi568815588f_68237222.tfa (gi568815588f:68237222_68442051), 204830 bp

>pF1KE0777 993
>gi568815588f:68237222_68442051 (Chr10)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-251  (100637-100775)   100% ->
252-391  (101282-101421)   100% ->
392-478  (101919-102005)   100% ->
479-594  (102219-102334)   100% ->
595-730  (103953-104088)   100% ->
731-826  (104364-104459)   100% ->
827-919  (104538-104630)   100% ->
920-993  (104757-104830)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTGGGTTATGAAACATAATGGTCCAAATGACGCTAGTGATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTGGGTTATGAAACATAATGGTCCAAATGACGCTAGTGATGGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTACGACTTCGTGGACTACCATTTGGTTGCAGCAAAGAGGAAATAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTACGACTTCGTGGACTACCATTTGGTTGCAGCAAAGAGGAAATAGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCTTTCAAG         GGTTGGAAATCGTGCCAAATGGGATAACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTCTTTCAAGGTA...AAGGGTTGGAAATCGTGCCAAATGGGATAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGACGATGGACTACCAGGGGAGAAGCACAGGGGAGGCCTTCGTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 TTGACGATGGACTACCAGGGGAGAAGCACAGGGGAGGCCTTCGTGCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTTCAAAGGAGATAGCAGAAAATGCTCTGGGGAAACACAAGGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 TGCTTCAAAGGAGATAGCAGAAAATGCTCTGGGGAAACACAAGGAAAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGGGCACAG         GTATATTGAGATCTTCAGAAGTAGCAGGAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 TAGGGCACAGGTG...TAGGTATATTGAGATCTTCAGAAGTAGCAGGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAATCAAAGGATTTTATGATCCACCAAGAAGATTGCTGGGACAGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101313 GAAATCAAAGGATTTTATGATCCACCAAGAAGATTGCTGGGACAGCGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGACCATATGATAGACCAATAGGAGGAAGAGGGGGTTATTATGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 GGGACCATATGATAGACCAATAGGAGGAAGAGGGGGTTATTATGGAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCGTGGAA         GTTATGGAGGTTTTGATGACTATGGTGGCTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 GGCGTGGAAGTA...CAGGTTATGGAGGTTTTGATGACTATGGTGGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATAATTACGGCTATGGGAATGATGGCTTTGATGACAGAATGAGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 AATAATTACGGCTATGGGAATGATGGCTTTGATGACAGAATGAGAGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGAG         GTATGGGAGGACATGGCTATGGTGGAGCTGGTGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 AAGAGGTA...CAGGTATGGGAGGACATGGCTATGGTGGAGCTGGTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAAGTTCAGGTTTTCATGGTGGTCATTTCGTACATATGAGAGGGTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102255 CAAGTTCAGGTTTTCATGGTGGTCATTTCGTACATATGAGAGGGTTGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTCGTGCAACTGAAAATGACATTGCTAAT         TTCTTCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102305 TTTCGTGCAACTGAAAATGACATTGCTAATGTG...TAGTTCTTCTCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTAAATCCAATACGAGTTCATATTGATATTGGAGCTGATGGCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103964 ACTAAATCCAATACGAGTTCATATTGATATTGGAGCTGATGGCAGAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGGAGAAGCAGATGTAGAGTTTGTGACACATGAAGATGCAGTAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104014 CAGGAGAAGCAGATGTAGAGTTTGTGACACATGAAGATGCAGTAGCTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGTCTAAAGATAAAAATAACATGC         AACATCGATATATTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104064 ATGTCTAAAGATAAAAATAACATGCGTA...AAGAACATCGATATATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACTCTTCTTGAATTCTACTCCTGGAGGCGGCTCTGGCATGGGAGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104380 ACTCTTCTTGAATTCTACTCCTGGAGGCGGCTCTGGCATGGGAGGTTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAATGGGAGGCTACGGAAGAGATGGAATGG         ATAATCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104430 GAATGGGAGGCTACGGAAGAGATGGAATGGGTA...AAGATAATCAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCTATGGATCAGTTGGAAGAATGGGAATGGGGAACAATTACAGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104549 GGCTATGGATCAGTTGGAAGAATGGGAATGGGGAACAATTACAGTGGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATATGGTACTCCTGATGGTTTGGGTGGTTATG         GCCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104599 ATATGGTACTCCTGATGGTTTGGGTGGTTATGGTA...AAGGCCGTGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTGGAGGCAGTGGAGGTTACTATGGGCAAGGCGGCATGAGTGGAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 GTGGAGGCAGTGGAGGTTACTATGGGCAAGGCGGCATGAGTGGAGGTGGA

   1050     .    :    .
    979 TGGCGTGGGATGTAC
        |||||||||||||||
 104816 TGGCGTGGGATGTAC