seq1 = pF1KE0766.tfa, 1314 bp
seq2 = pF1KE0766/gi568815574r_24668937.tfa (gi568815574r:24668937_24906582), 237646 bp

>pF1KE0766 1314
>gi568815574r:24668937_24906582 (ChrY)

(complement)

1-150  (100000-100148)   99% ->
151-242  (100423-100514)   100% ->
243-294  (101075-101126)   100% ->
295-358  (101563-101626)   100% ->
359-498  (101716-101855)   100% ->
499-570  (103256-103327)   100% ->
571-642  (105699-105770)   100% ->
643-714  (108089-108160)   100% ->
715-786  (110485-110556)   100% ->
787-858  (112862-112933)   100% ->
859-930  (115241-115312)   100% ->
931-1002  (117618-117689)   100% ->
1003-1074  (119998-120069)   100% ->
1075-1146  (122375-122446)   100% ->
1147-1218  (132162-132233)   100% ->
1219-1253  (132979-133013)   100% ->
1254-1314  (137586-137646)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          ATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GTA...TAGATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100464 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         CTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100514 GGTG...TAGCTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATAGTAGGA         TCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101115 AAGATAGTAGGAGTA...CAGTCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTAT         GTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101592 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTATGTG...AAGGTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101722 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAG         GCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101822 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAGGTA...CAGGCTTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103263 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTATATAATTATCAG         GAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103313 GTATATAATTATCAGGTA...CAGGAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105725 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      CCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105775 ..CAGCCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108134 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110499 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCAGTTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110549 ATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCAGTTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112895 GTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115243 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCCCTGTATACAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115293 TCCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117639 TCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 G         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117689 GGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CTGGATATCAGTTCCCTGTATACAATTATCAG         GCATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120038 CTGGATATCAGTTCCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCTTATCCAAATTCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122384 GCTTATCCAAATTCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ATACAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCAGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122434 ATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTCCATGTATACAATTACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 132190 TTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTCCATGTATACAATTACCAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219    ATGCCACCGCAGTGCCCTGTTGGGGAGCAAAGGAG         AAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 132976 AAGATGCCACCGCAGTGCCCTGTTGGGGAGCAAAGGAGGTA...CAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 TCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137589 TCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAATCCAGA

   1450     .
   1307 GAAGAGAC
        ||||||||
 137639 GAAGAGAC