seq1 = pF1KE0766.tfa, 1314 bp
seq2 = pF1KE0766/gi568815574r_23035213.tfa (gi568815574r:23035213_23292199), 256987 bp

>pF1KE0766 1314
>gi568815574r:23035213_23292199 (ChrY)

1-150  (191130-191278)   99% ->
151-242  (191553-191644)   100% ->
243-294  (192205-192256)   100% ->
295-358  (192693-192756)   100% ->
359-498  (192846-192985)   100% ->
499-570  (194386-194457)   98% ->
571-642  (196829-196900)   100% ->
643-714  (199220-199291)   100% ->
715-786  (201616-201687)   100% ->
787-858  (203998-204069)   91% ->
859-930  (206394-206465)   100% ->
931-1002  (208778-208849)   91% ->
1003-1074  (211174-211245)   100% ->
1075-1146  (213551-213622)   100% ->
1147-1218  (244801-244872)   100% ->
1219-1253  (245617-245651)   100% ->
1254-1314  (250226-250286)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191130 A GTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191179 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191229 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          ATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191279 GTA...TAGATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191594 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         CTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191644 GGTG...TAGCTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATAGTAGGA         TCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 192245 AAGATAGTAGGAGTA...CAGTCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTAT         GTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 192722 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTATGTG...AAGGTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192852 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192902 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAG         GCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||| |
 192952 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAGGTA...CAGGCTTATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194393 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTATATAATTATCAG         GAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 194443 GTATATAATTATCAGGTA...CAGGAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 196855 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      CCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196905 ..CAGCCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 199265 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201630 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCAGTTCAG
        ||||||||>>>...>>> |||||||||||||||||| ||||||| |||||
 201680 ATTATCAGGTA...CAGCCATTTCCTGCTTATCCAAGTTCACCATTTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCAG         GC
        |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>||
 204031 GTCACTGCTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA...CAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206396 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCCCTGTATACAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>> |||||||||||||||||| |
 206446 TCCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGCCATTTCCTGCTTATCCAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCA
        |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||
 208799 TCACCATTTCAGGTCACTGCTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 G         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208849 GGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CTGGATATCAGTTCCCTGTATACAATTATCAG         GCATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 211214 CTGGATATCAGTTCCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCTTATCCAAATTCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213560 GCTTATCCAAATTCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ATACAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCAGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 213610 ATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTCCATGTATACAATTACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 244829 TTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTCCATGTATACAATTACCAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219    ATGCCACCGCAGTGCCCTGTTGGGGAGCAAAGGAG         AAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 245614 AAGATGCCACCGCAGTGCCCTGTTGGGGAGCAAAGGAGGTA...CAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 TCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250229 TCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAATCCAGA

   1450     .
   1307 GAAGAGAC
        ||||||||
 250279 GAAGAGAC