seq1 = pF1KE0766.tfa, 1314 bp
seq2 = pF1KE0766/gi568815574f_24740730.tfa (gi568815574f:24740730_25001172), 260443 bp

>pF1KE0766 1314
>gi568815574f:24740730_25001172 (ChrY)

(complement)

1-150  (194590-194738)   99% ->
151-242  (195013-195104)   100% ->
243-294  (195665-195716)   100% ->
295-358  (196153-196216)   100% ->
359-498  (196306-196445)   100% ->
499-570  (197846-197917)   100% ->
571-642  (200289-200360)   100% ->
643-714  (202679-202750)   100% ->
715-786  (205075-205146)   100% ->
787-858  (207452-207523)   100% ->
859-930  (209831-209902)   100% ->
931-1002  (212208-212279)   100% ->
1003-1074  (214588-214659)   100% ->
1075-1146  (216965-217036)   100% ->
1147-1218  (226752-226823)   100% ->
1219-1253  (227569-227603)   100% ->
1254-1314  (232176-232236)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194590 A GTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194639 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194689 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          ATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194739 GTA...TAGATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195054 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         CTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195104 GGTG...TAGCTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATAGTAGGA         TCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 195705 AAGATAGTAGGAGTA...CAGTCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTAT         GTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 196182 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTATGTG...AAGGTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196312 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196362 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAG         GCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 196412 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAGGTA...CAGGCTTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197853 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTATATAATTATCAG         GAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 197903 GTATATAATTATCAGGTA...CAGGAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 200315 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      CCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200365 ..CAGCCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 202724 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205089 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCAGTTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 205139 ATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCAGTTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 207485 GTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209833 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCCCTGTATACAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 209883 TCCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212229 TCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 G         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212279 GGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CTGGATATCAGTTCCCTGTATACAATTATCAG         GCATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 214628 CTGGATATCAGTTCCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCTTATCCAAATTCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216974 GCTTATCCAAATTCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ATACAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCAGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 217024 ATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTCCATGTATACAATTACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 226780 TTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTCCATGTATACAATTACCAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219    ATGCCACCGCAGTGCCCTGTTGGGGAGCAAAGGAG         AAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 227566 AAGATGCCACCGCAGTGCCCTGTTGGGGAGCAAAGGAGGTA...CAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 TCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232179 TCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAATCCAGA

   1450     .
   1307 GAAGAGAC
        ||||||||
 232229 GAAGAGAC