seq1 = pF1KE0762.tfa, 1308 bp
seq2 = pF1KE0762/gi568815593f_43145776.tfa (gi568815593f:43145776_43380726), 234951 bp

>pF1KE0762 1308
>gi568815593f:43145776_43380726 (Chr5)

1-292  (100001-100292)   99% ->
293-561  (131282-131550)   100% ->
562-1308  (134205-134951)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCAGTGTATATGAATGGAGGTGGCCTGGTGAACCCCCATTATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100001 ATGACTGCAGTGTATATGAATGGAGGTGGCCTGGTGAACCCCCACTATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGTGGGATCGGCGCGACAGTGTAGAAAGTGGCTGTCAGACCGAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGTGGGATCGGCGCGACAGTGTAGAAAGTGGCTGTCAGACCGAGAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGGAGGGTGAGGAGGGACAGCCCCGCCAGCTGACGCCCTTCGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAGGAGGGTGAGGAGGGACAGCCCCGCCAGCTGACGCCCTTCGAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGACACAGGACATGTCCCAGGATGAGAAGGTGGTGAGGGAGATCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGACACAGGACATGTCCCAGGATGAGAAGGTGGTGAGGGAGATCACGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGAAACGGATAGGCTTCTACCGAATTCGAGGGGAAATCGGAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGAAACGGATAGGCTTCTACCGAATTCGAGGGGAAATCGGAAGTGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTCTCCCAAGTGAAGCTTGGGATTCACTCCCTAACCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100251 ACTTCTCCCAAGTGAAGCTTGGGATTCACTCCCTAACCAAAGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293  AAAAGGTGGCCATTAAGATCCTGGACAAGACCAAGTTAGACCAGAAAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131281 GAAAAGGTGGCCATTAAGATCCTGGACAAGACCAAGTTAGACCAGAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGAGGCTACTATCCCGAGAAATCTCCAGCATGGAAAAGCTGCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131331 CCAGAGGCTACTATCCCGAGAAATCTCCAGCATGGAAAAGCTGCACCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCAACATCATCCGCCTTTACGAAGTGGTGGAGACCCTATCCAAGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131381 CCAACATCATCCGCCTTTACGAAGTGGTGGAGACCCTATCCAAGCTGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTGGTGATGGAGTATGCAGGGGGTGGGGAGCTCTTCGGAAAAATTAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131431 TTGGTGATGGAGTATGCAGGGGGTGGGGAGCTCTTCGGAAAAATTAGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAGGGGAAGCTCTCTGAACCAGAAAGCAAGCTCATCTTCTCCCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131481 TGAGGGGAAGCTCTCTGAACCAGAAAGCAAGCTCATCTTCTCCCAGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGTCTGCCGTGAAGCACATG         CATGAAAACCAAATTATTCAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 131531 TGTCTGCCGTGAAGCACATGGTG...CAGCATGAAAACCAAATTATTCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGAGATCTGAAAGCAGAAAATGTATTCTATACCAGTAATACTTGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134226 AGAGATCTGAAAGCAGAAAATGTATTCTATACCAGTAATACTTGTGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGTGGGCGATTTTGGATTCAGCACAGTAAGCAAAAAAGGTGAAATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134276 GGTGGGCGATTTTGGATTCAGCACAGTAAGCAAAAAAGGTGAAATGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACACTTTCTGTGGGTCTCCTCCCTACGCTGCGCCTGAACTCTTCCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134326 ACACTTTCTGTGGGTCTCCTCCCTACGCTGCGCCTGAACTCTTCCGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAGCACTACATCGGCATTTACGTGGATATCTGGGCCTTGGGGGTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134376 GAGCACTACATCGGCATTTACGTGGATATCTGGGCCTTGGGGGTGCTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTACTTCATGGTGACTGGCACCATGCCATTTCGGGCAGAAACCGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134426 GTACTTCATGGTGACTGGCACCATGCCATTTCGGGCAGAAACCGTGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AACTAAAAAAGAGCATCCTCGAGGGCACATACAGTGTACCGCCGCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134476 AACTAAAAAAGAGCATCCTCGAGGGCACATACAGTGTACCGCCGCACGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCAGAGCCCTGCCACCGACTCATCCGAGGAGTCCTTCAGCAGATCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134526 TCAGAGCCCTGCCACCGACTCATCCGAGGAGTCCTTCAGCAGATCCCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGAGAGGTACGGAATCGACTGCATCATGAATGATGAATGGATGCAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134576 GGAGAGGTACGGAATCGACTGCATCATGAATGATGAATGGATGCAAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGCCATACCCTACACCTTTGGAACCTTTCCAACTGGATCCCAAACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134626 TGCCATACCCTACACCTTTGGAACCTTTCCAACTGGATCCCAAACATTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCGGAAACCAGCACTCTCAAGGAAGAAGAAAATGAGGTCAAAAGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134676 TCGGAAACCAGCACTCTCAAGGAAGAAGAAAATGAGGTCAAAAGCACTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGAACATTTGGGCATTACAGAAGAGCATATTCGAAATAACCAAGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134726 AGAACATTTGGGCATTACAGAAGAGCATATTCGAAATAACCAAGGGAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ATGCTCGCAGCTCAATCACAGGGGTCTATAGAATTATTTTACATAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134776 ATGCTCGCAGCTCAATCACAGGGGTCTATAGAATTATTTTACATAGAGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CAAAGGAAGAAGGCTTTGGAAAGTGTCCCAGTCATGATGCTACCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134826 CAAAGGAAGAAGGCTTTGGAAAGTGTCCCAGTCATGATGCTACCAGACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TAAAGAAAGAGACCTCAAAAAAGGGTCCCGTGTCTACAGAGGGATAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134876 TAAAGAAAGAGACCTCAAAAAAGGGTCCCGTGTCTACAGAGGGATAAGAC

   1300     .    :    .    :    .
   1283 ACACATCCAAATTTTGCTCGATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||
 134926 ACACATCCAAATTTTGCTCGATTTTA