seq1 = pF1KE0759.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KE0759/gi568815580f_69301245.tfa (gi568815580f:69301245_69941380), 640136 bp

>pF1KE0759 993
>gi568815580f:69301245_69941380 (Chr18)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-174  (263243-263350)   100% ->
175-289  (298140-298254)   100% ->
290-409  (376490-376609)   99% ->
410-599  (397160-397349)   99% ->
600-738  (437721-437859)   100% ->
739-856  (456512-456629)   100% ->
857-993  (540000-540136)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCAACTTTAACGACATAGTCAAGCAGGGCTACGTGAAAATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCAACTTTAACGACATAGTCAAGCAGGGCTACGTGAAAATCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGGAAGCTTGGG         ATTTTCAGACGATGCTGGTTGGTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGGAAGCTTGGGGTG...CAGATTTTCAGACGATGCTGGTTGGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAAGAAGGCTTCTAGCAAAGGACCCAGAAGGTTAGAAAAATTTCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263268 TCAAGAAGGCTTCTAGCAAAGGACCCAGAAGGTTAGAAAAATTTCCAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAAGGCAGCTTATTTCAGAAACTTTCATAAG         GTAACTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 263318 GAAAAGGCAGCTTATTTCAGAAACTTTCATAAGGTA...AAGGTAACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTGCACAATATCAAAAATATAACCAGACTGCCCCGAGAGACAAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298148 ACTGCACAATATCAAAAATATAACCAGACTGCCCCGAGAGACAAAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCGGTGGCAATCATCTTTCACGATGAAACATCGAAGACATTTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298198 ATGCGGTGGCAATCATCTTTCACGATGAAACATCGAAGACATTTGCCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGTCAG         AGCTGGAGGCCGAGGAGTGGTGCAAGCACCTCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298248 GAGTCAGGTA...CAGAGCTGGAGGCCGAGGAGTGGTGCAAGCACCTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATGGAGTGTCTGGGGACCAGGCTCAATGACATCAGCCTTGGGGAGCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 376524 CATGGAGTGTCTGGGGACCAGGCTCAATGATATCAGCCTTGGGGAGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTTCTGGCCGCAGGAGTGCAGCGGGAACAGAATG         AGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 376574 ACCTTCTGGCCGCAGGAGTGCAGCGGGAACAGAATGGTA...CAGAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCAACGTGTATCTTATGCCTACGCCAAACCTGGATATTTATGGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 397165 TTCAACGTGTATCTTATGCCTACACCAAACCTGGATATTTATGGTGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACAATGCAGATCACTCATGAAAATATCTATCTCTGGGATATCCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397215 CACAATGCAGATCACTCATGAAAATATCTATCTCTGGGATATCCACAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAAGGTCAAACTGGTGATGTGGCCTCTCAGCTCACTGAGGAGATACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397265 CCAAGGTCAAACTGGTGATGTGGCCTCTCAGCTCACTGAGGAGATACGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGGACTCAACGTGGTTCACGTTTGAGTCAGGAAG         AATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 397315 CGGGACTCAACGTGGTTCACGTTTGAGTCAGGAAGGTA...CAGAATGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACACAGGAGAAGGACTATTCACTTTTCAAACAAGGGAAGGAGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437727 TGACACAGGAGAAGGACTATTCACTTTTCAAACAAGGGAAGGAGAAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTATCAGAAGGTTCATTCTGCGACACTGGCCATAGCTGAGCAACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 437777 TCTATCAGAAGGTTCATTCTGCGACACTGGCCATAGCTGAGCAACATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGATTAATGCTAGAAATGGAACAGAAGGCCCGG         CTTCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 437827 AGATTAATGCTAGAAATGGAACAGAAGGCCCGGGTA...TAGCTTCAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGCTTGACTGAACCAATGACATTATCCAAATCAATATCTCTTCCTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 456520 AAGCTTGACTGAACCAATGACATTATCCAAATCAATATCTCTTCCTCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCGCGTACTGGCATCACATCACTCGTCAGAACAGCGTTGGTGAAATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 456570 GCGCGTACTGGCATCACATCACTCGTCAGAACAGCGTTGGTGAAATCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTTTGCAAG         GTCATGGGTTTGGTTCGTCAAAGATGTCTCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 456620 AGTTTGCAAGGCA...TAGGTCATGGGTTTGGTTCGTCAAAGATGTCTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCACAGACATTTCCCAGCTACGCCCCAGAACAGAGTGAAGAGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 540031 TGCACAGACATTTCCCAGCTACGCCCCAGAACAGAGTGAAGAGGCCCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCCGTTGTCGCGGTCCAGCAGCTATGGATTCAGCTACAGCTCCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 540081 AGCCGTTGTCGCGGTCCAGCAGCTATGGATTCAGCTACAGCTCCAGCCTC

   1050     .
    988 ATCCAA
        ||||||
 540131 ATCCAA