seq1 = pF1KE0758.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KE0758/gi568815597f_40357343.tfa (gi568815597f:40357343_40563586), 206244 bp

>pF1KE0758 1296
>gi568815597f:40357343_40563586 (Chr1)

1-34  (99696-99729)   100% ->
35-130  (100002-100097)   100% ->
131-1296  (105079-106244)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGAGAACTATGGGAACCTGGTCTCAGTGG         GATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99696 ATGCTGGAGAACTATGGGAACCTGGTCTCAGTGGGTA...CAGGATGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTTTCCAAACCTGGCGTGATTTCCCAGTTGGAGAAAGGAGAAGAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 GCTTTCCAAACCTGGCGTGATTTCCCAGTTGGAGAAAGGAGAAGAACCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCTGATGGAGAGAGATATTTCAGGAGTTCCAAGTTCAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100059 GGCTGATGGAGAGAGATATTTCAGGAGTTCCAAGTTCAGGTA...CAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGAAGAGCAAAACAAAAACCAAAGAGTCAGCCTTACAGAATGATATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105081 TTGAAGAGCAAAACAAAAACCAAAGAGTCAGCCTTACAGAATGATATTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGGGAAGAACTACATTGTGGCCTAATGATGGAAAGATTTACAAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105131 GTGGGAAGAACTACATTGTGGCCTAATGATGGAAAGATTTACAAAAGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGCATGTATTCCACCTTGGGAAGAATCTCCAAATGTAATAAGCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105181 GCAGCATGTATTCCACCTTGGGAAGAATCTCCAAATGTAATAAGCTAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCCAACAAGAGAACCAAAGAATGGGTAAGGGGCAAATCCCCCTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105231 AGCCAACAAGAGAACCAAAGAATGGGTAAGGGGCAAATCCCCCTGATGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGAAAACATTCACTCAGGAGAGAGGCCAAGAGTCTAATAGATTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105281 CAAGAAAACATTCACTCAGGAGAGAGGCCAAGAGTCTAATAGATTTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAGAATTAATGTGAAGTCAGAAGTTATGCCAGGACCAATAGGTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105331 AAAGAATTAATGTGAAGTCAGAAGTTATGCCAGGACCAATAGGTCTTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGAAAAAGAGATCGTAAATATGACACACCTGGAAAGAGAAGCAGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105381 AGAAAAAGAGATCGTAAATATGACACACCTGGAAAGAGAAGCAGATACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATAGATTTAGTTAATCATTCAAGGAGTTATACAAAAATGAAAACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105431 CATAGATTTAGTTAATCATTCAAGGAGTTATACAAAAATGAAAACCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGTGTAATATTTGTGAAAAAATCTTCAAACAGCTTATTCACCTTACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105481 AGTGTAATATTTGTGAAAAAATCTTCAAACAGCTTATTCACCTTACTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CACATGAGAATTCATACCGGGGAGAAACCTTTCAGATGTAAGGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105531 CACATGAGAATTCATACCGGGGAGAAACCTTTCAGATGTAAGGAATGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAAAGCCTTTAGCCAAAGTTCATCTCTTATTCCGCATCAGAGAATTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105581 AAAAGCCTTTAGCCAAAGTTCATCTCTTATTCCGCATCAGAGAATTCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGGAAAACCTTCAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105631 CTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGGAAAACCTTCAGACAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCTTCATCGCTTACTCAACATGTTAGAATTCATACCGGGGAAAAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105681 CCTTCATCGCTTACTCAACATGTTAGAATTCATACCGGGGAAAAGCCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGAATGTAGGGTATGTGAGAAAGCCTTCAGCCAGAGCATTGGACTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105731 TGAATGTAGGGTATGTGAGAAAGCCTTCAGCCAGAGCATTGGACTGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGCATTTGAGAACTCATGTTAGAGAGAAACCTTTTACATGCAAAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105781 AGCATTTGAGAACTCATGTTAGAGAGAAACCTTTTACATGCAAAGACTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGAAAAGCGTTTTTCCAGATTAGACACCTTAGGCAACATGAGATTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105831 GGAAAAGCGTTTTTCCAGATTAGACACCTTAGGCAACATGAGATTATTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TACTGGTGTGAAACCCTATATTTGTAATGTATGTAGTAAAACCTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105881 TACTGGTGTGAAACCCTATATTTGTAATGTATGTAGTAAAACCTTCAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATAGTACATACCTAACTCAACACCAGAGAACTCATACTGGAGAAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105931 ATAGTACATACCTAACTCAACACCAGAGAACTCATACTGGAGAAAGACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TATAAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCAGAGAATACATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105981 TATAAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCAGAGAATACATCTTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TATCCATCAGAGAGTCCATACTGGAGTAAAACCTTATGAATGCAGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106031 TATCCATCAGAGAGTCCATACTGGAGTAAAACCTTATGAATGCAGTCATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGGGAAAGCCTTTAGGCATGATTCATCCTTTGCTAAACATCAGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106081 GTGGGAAAGCCTTTAGGCATGATTCATCCTTTGCTAAACATCAGAGAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CATACTGGAGAAAAACCTTATGATTGTAATGAGTGTGGAAAAGCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106131 CATACTGGAGAAAAACCTTATGATTGTAATGAGTGTGGAAAAGCCTTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTGTAGTTCATCCCTTATTAGACACTGCAAAACACATTTAAGAAATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106181 CTGTAGTTCATCCCTTATTAGACACTGCAAAACACATTTAAGAAATACCT

   1300     .    :
   1283 TCAGCAATGTTGTG
        ||||||||||||||
 106231 TCAGCAATGTTGTG