seq1 = pF1KE0755.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE0755/gi568815593r_177403048.tfa (gi568815593r:177403048_177609540), 206493 bp

>pF1KE0755 987
>gi568815593r:177403048_177609540 (Chr5)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-372  (100999-101304)   100% ->
373-472  (104431-104530)   100% ->
473-645  (104626-104798)   100% ->
646-987  (106149-106493)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCTCTGGAGACCCCTATCAAGGATGGCATCCTCTACCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCCTCTGGAGACCCCTATCAAGGATGGCATCCTCTACCAGCAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCAAGTTTGGCAAG         AAGTGCTGGCGGAAGGTGTGGGCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCAAGTTTGGCAAGGTG...CAGAAGTGCTGGCGGAAGGTGTGGGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGTATGCAGGAGGCCCATCAGGCGTGGCACGGCTGGAGAGCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101024 TGCTGTATGCAGGAGGCCCATCAGGCGTGGCACGGCTGGAGAGCTGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCGGGATGGTGGCCTGGGAGCAGCGGGTGACAGGTCGGCAGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101074 GTCCGGGATGGTGGCCTGGGAGCAGCGGGTGACAGGTCGGCAGGGCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGCGAGGGGAGCGACGGGTCATCCGCCTGGCTGACTGTGTGTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101124 CCGGCGAGGGGAGCGACGGGTCATCCGCCTGGCTGACTGTGTGTCCGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCCGGCTGACGGCGAGAGCTGCCCCCGGGACACCGGTGCCTTCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 TGCCGGCTGACGGCGAGAGCTGCCCCCGGGACACCGGTGCCTTCCTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCACCACCGAGCGAAGCCATCTACTGGCTGCTCAGCACCGCCAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101224 ACCACCACCGAGCGAAGCCATCTACTGGCTGCTCAGCACCGCCAGGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATGGGCCCCATCTGCCAGCTGGCCTTCCCG         GGGACAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101274 GATGGGCCCCATCTGCCAGCTGGCCTTCCCGGTG...CAGGGGACAGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGCCTCCTCAGGATCCACAGATGCCCAGTCTCCCAAGAGGGGCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104441 AGGCCTCCTCAGGATCCACAGATGCCCAGTCTCCCAAGAGGGGCCTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCATGGAGGAAAACTCCATCTACTCCTCCTGGCAGGAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104491 CCCATGGAGGAAAACTCCATCTACTCCTCCTGGCAGGAAGGTA...CAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGCGAGTTTCCCGTGGTGGTGCAGAGGACTGAGGCCGCCACCCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104627 GGGCGAGTTTCCCGTGGTGGTGCAGAGGACTGAGGCCGCCACCCGCTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGTGCTGGGCCCAGACGCCATCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104677 AGCTGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGTGCTGGGCCCAGACGCCATCCAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGGGAGGCCAAGGGCACCCAGGCCCTCTACAGCTGGCCCTACCACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104727 AGGGAGGCCAAGGGCACCCAGGCCCTCTACAGCTGGCCCTACCACTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCGCAAGTTCGGCTCCGACAAG         ATACTTCTGGGAACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104777 GCGCAAGTTCGGCTCCGACAAGGTG...CAGATACTTCTGGGAACCCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCGTCAGTCTCCTCATCTGTAAAGGAGAGAGAACCGATGACGTATCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106168 GCGTCAGTCTCCTCATCTGTAAAGGAGAGAGAACCGATGACGTATCAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATAATCCTTGATGAGAGTTTGCTGCGTGCCTACTCAGTGCCAGGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106218 ATAATCCTTGATGAGAGTTTGCTGCGTGCCTACTCAGTGCCAGGCGCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGGACACAGCCGTGTTCAGGACAGCCTTGGTCCTGTTCTCCGGGAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106268 GGGACACAGCCGTGTTCAGGACAGCCTTGGTCCTGTTCTCCGGGAGCCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CATTCCAGGGGGAGAGAAGTTTCCTGAAGACTTCCATGCTGCGTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106318 CATTCCAGGGGGAGAGAAGTTTCCTGAAGACTTCCATGCTGCGTTCCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865  T  GCTCCTGCTCCTGGCGCCATCCTAGGAGCCAGCCATGCACGCAAGC
        -|--||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 106368 CTCTGCTCCTGCTCCTGGCGCCATCCTAGGAGCCAGCCACGCACGCAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 GTCATGCCTCCAGGGCTCTGACTGCCCAGCCCCTCACCGCAACTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106418 GTCATGCCTCCAGGGCTCTGACTGCCCAGCCCCTCACCGCAACTCCACCT

   1000     .    :    .    :    .
    962 CAGCTGCACACACCCTTGGCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||
 106468 CAGCTGCACACACCCTTGGCACATCC