seq1 = pF1KE0751.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE0751/gi568815581f_57156743.tfa (gi568815581f:57156743_57777025), 620283 bp

>pF1KE0751 984
>gi568815581f:57156743_57777025 (Chr17)

1-62  (100001-100062)   100% ->
63-103  (100356-100396)   100% ->
104-185  (100724-100805)   100% ->
186-270  (101528-101612)   100% ->
271-312  (105409-105450)   100% ->
313-407  (244637-244731)   100% ==
453-537  (440124-440208)   100% ->
538-652  (459228-459342)   100% ->
653-727  (470487-470561)   100% ->
728-790  (495357-495419)   100% ->
791-945  (518230-518384)   100% ->
946-984  (520245-520283)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCAAATGGGAGCCAAGGCACCTCGGGCAGCGCCAACGACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCAAATGGGAGCCAAGGCACCTCGGGCAGCGCCAACGACTCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACGACCCCGG         TAAAATGTTTATCGGTGGACTGAGCTGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACGACCCCGGGTA...TAGTAAAATGTTTATCGGTGGACTGAGCTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGACCTCACCAG         ATAGCCTTAGAGACTATTTTAGCAAATTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100385 AGACCTCACCAGGTA...CAGATAGCCTTAGAGACTATTTTAGCAAATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGAGAAATTAGAGAATGTATGGTCATGAGAGATCCCACTACGAAACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100753 GGAGAAATTAGAGAATGTATGGTCATGAGAGATCCCACTACGAAACGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAG         AGGCTTCGGTTTCGTCACGTTCGCAGACCCAGCAAGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100803 CAGGTA...CAGAGGCTTCGGTTTCGTCACGTTCGCAGACCCAGCAAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAGATAAAGTATTAGGTCAGCCCCACCATGAGTTAGATTCCAAGACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101566 TAGATAAAGTATTAGGTCAGCCCCACCATGAGTTAGATTCCAAGACGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271       ATTGACCCCAAAGTTGCATTTCCTCGTCGAGCGCAACCCAAG  
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101616 ...CAGATTGACCCCAAAGTTGCATTTCCTCGTCGAGCGCAACCCAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    313        ATGGTCACAAGAACAAAGAAAATATTTGTAGGCGGGTTATCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105453 A...CAGATGGTCACAAGAACAAAGAAAATATTTGTAGGCGGGTTATCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CGAACACAGTAGTGGAAGATGTAAAGCAATATTTCGAGCAGTTTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244680 CGAACACAGTAGTGGAAGATGTAAAGCAATATTTCGAGCAGTTTGGCAAG

    450 
    406 GT
        ||
 244730 GT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    453 AGGGTTTGGCTTTGTCACTTTTGAGAATGAAGATGTTGTGGAGAAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 440124 AGGGTTTGGCTTTGTCACTTTTGAGAATGAAGATGTTGTGGAGAAAGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503 GTGAGATTCATTTCCATGAAATCAATAATAAAATG         GTAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 440174 GTGAGATTCATTTCCATGAAATCAATAATAAAATGGTA...CAGGTAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544 TGTAAGAAAGCTCAGCCGAAAGAAGTCATGTTCCCACCTGGGACAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459234 TGTAAGAAAGCTCAGCCGAAAGAAGTCATGTTCCCACCTGGGACAAGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    594 CCGGGCCCGGGGACTGCCTTACACCATGGACGCGTTCATGCTTGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459284 CCGGGCCCGGGGACTGCCTTACACCATGGACGCGTTCATGCTTGGCATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644 GGATGCTGG         GATATCCCAACTTCGTGGCGACCTATGGCCGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 459334 GGATGCTGGGTG...AAGGATATCCCAACTTCGTGGCGACCTATGGCCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685 GGCTACCCCGGATTTGCTCCAAGCTATGGCTATCAGTTCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 470519 GGCTACCCCGGATTTGCTCCAAGCTATGGCTATCAGTTCCCAGGTG...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728   GCTTCCCAGCAGCGGCTTATGGACCAGTGGCAGCAGCGGCGGTGGCGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 495355 AGGCTTCCCAGCAGCGGCTTATGGACCAGTGGCAGCAGCGGCGGTGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776 CAGCAAGAGGATCAG         GCTCCAACCCGGCGCGGCCCGGAGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 495405 CAGCAAGAGGATCAGGTA...CAGGCTCCAACCCGGCGCGGCCCGGAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    817 TTCCCGGGGGCCAACAGCCCAGGACCTGTCGCCGATCTCTACGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 518256 TTCCCGGGGGCCAACAGCCCAGGACCTGTCGCCGATCTCTACGGCCCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    867 CAGCCAGGACTCCGGAGTGGGGAATTACATAAGTGCGGCCAGCCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 518306 CAGCCAGGACTCCGGAGTGGGGAATTACATAAGTGCGGCCAGCCCACAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    917 CGGGCTCGGGCTTCGGCCACGGCATAGCT         GGACCTTTGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 518356 CGGGCTCGGGCTTCGGCCACGGCATAGCTGTA...TAGGGACCTTTGATT

    550     .    :    .    :    .
    958 GCAACGGCCTTTACAAATGGATACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||
 520257 GCAACGGCCTTTACAAATGGATACCAT