seq1 = pF1KE0744.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE0744/gi568815582f_28217392.tfa (gi568815582f:28217392_28420918), 203527 bp

>pF1KE0744 1272
>gi568815582f:28217392_28420918 (Chr16)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-429  (101604-101806)   100% ->
430-1272  (102685-103527)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGTGGGCTGCCCAGAGCCTGAGCCGCCCCGCTCCCTGACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGTGGGCTGCCCAGAGCCTGAGCCGCCCCGCTCCCTGACCTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGCCGGGGACTGCCCCTGGGCCTGGTGCCGGTGTGCCCCTTCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGCCGGGGACTGCCCCTGGGCCTGGTGCCGGTGTGCCCCTTCTCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGACATGCAGGCCCTGACTCTCCGCACACTGGCCGCCAGCGACGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGACATGCAGGCCCTGACTCTCCGCACACTGGCCGCCAGCGACGTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCACTACGAACTAGTCCGGGAGCTGGGCAAAGGCACCTATGGGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCACTACGAACTAGTCCGGGAGCTGGGCAAAGGCACCTATGGGAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACCTGGTGGTCTACAAGGGCACAG         GCACAAAAATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 TGACCTGGTGGTCTACAAGGGCACAGGTG...CAGGCACAAAAATGGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAGTTTGTGAACAAGAGCAAAACCAAGCTGAAGAACTTCCTACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101619 TGAAGTTTGTGAACAAGAGCAAAACCAAGCTGAAGAACTTCCTACGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGAGCATCACCAACAGCCTCTCCTCCAGCCCCTTCATCATCAAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101669 GTGAGCATCACCAACAGCCTCTCCTCCAGCCCCTTCATCATCAAGGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACGTGGTCTTTGAGACAGAGGACTGCTACGTCTTTGCCCAGGAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101719 TGACGTGGTCTTTGAGACAGAGGACTGCTACGTCTTTGCCCAGGAGTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CACCTGCTGGGGACCTGTTTGACATCATCCCTCCCCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101769 CACCTGCTGGGGACCTGTTTGACATCATCCCTCCCCAGGTA...CAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGCTCCCTGAGGACACGGTGAAGCGCTGTGTGCAGCAGCTGGGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102688 GGGCTCCCTGAGGACACGGTGAAGCGCTGTGTGCAGCAGCTGGGCCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGGACTTCATGCACGGGCGGCAGCTGGTGCACCGCGACATCAAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102738 GCTGGACTTCATGCACGGGCGGCAGCTGGTGCACCGCGACATCAAGCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAACGTGCTGCTGTTCGACCGCGAGTGCCGCCGCGTAAAGCTGGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102788 AGAACGTGCTGCTGTTCGACCGCGAGTGCCGCCGCGTAAAGCTGGCCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTCGGCATGACGCGCCGCGTGGGCTGCCGCGTCAAGCGCGTGAGCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102838 TTCGGCATGACGCGCCGCGTGGGCTGCCGCGTCAAGCGCGTGAGCGGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCCCTTACACGGCGCCTGAGGTGTGCCAGGCGGGCCGCGCCGACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102888 CATCCCTTACACGGCGCCTGAGGTGTGCCAGGCGGGCCGCGCCGACGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGGCGGTGGACACGGGCGTGGACGTGTGGGCCTTCGGCGTGCTCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102938 TGGCGGTGGACACGGGCGTGGACGTGTGGGCCTTCGGCGTGCTCATCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGCGTGCTCACCGGCAACTTCCCGTGGGAGGCGGCGTCGGGCGCCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102988 TGCGTGCTCACCGGCAACTTCCCGTGGGAGGCGGCGTCGGGCGCCGACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTTCTTCGAGGAGTTCGTGCGCTGGCAGCGGGGCCGCCTGCCGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103038 CTTCTTCGAGGAGTTCGTGCGCTGGCAGCGGGGCCGCCTGCCGGGGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTTCGCAGTGGCGCCGCTTCACCGAGCCCGCGCTGCGCATGTTCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103088 CTTCGCAGTGGCGCCGCTTCACCGAGCCCGCGCTGCGCATGTTCCAGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTACTGGCCCTGGAGCCCGAGCGCCGCGGCCCAGCCAAGGAGGTGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103138 TTACTGGCCCTGGAGCCCGAGCGCCGCGGCCCAGCCAAGGAGGTGTTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTTCCTCAAGCACGAGCTCACGTCCGAGCTGCGCCGCCGGCCCTCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103188 CTTCCTCAAGCACGAGCTCACGTCCGAGCTGCGCCGCCGGCCCTCGCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCGCGCGCAAGCCCCCCGGGGACCGCCCGCCCGCCGCCGGGCCACTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103238 GCGCGCGCAAGCCCCCCGGGGACCGCCCGCCCGCCGCCGGGCCACTGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTCGAGGCGCCTGGGCCGCTCAAGCGGACGGTGCTGACCGAGAGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103288 CTCGAGGCGCCTGGGCCGCTCAAGCGGACGGTGCTGACCGAGAGCGGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CGGCTCCCGGCCCGCGCCCCCCGCCGTCGGGTCGGTGCCCTTGCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103338 CGGCTCCCGGCCCGCGCCCCCCGCCGTCGGGTCGGTGCCCTTGCCCGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CGGTGCCGGTGCCAGTGCCCGTGCCGGTGCCTGTGCCCGAGCCCGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103388 CGGTGCCGGTGCCAGTGCCCGTGCCGGTGCCTGTGCCCGAGCCCGGCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GCTCCCCAGGGGCCCCCCGGCCGGACCGACGGCCGCGCGGACAAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103438 GCTCCCCAGGGGCCCCCCGGCCGGACCGACGGCCGCGCGGACAAGAGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AGGGCAGGTGGTGCTGGCCACGGCCATCGAGATCTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103488 AGGGCAGGTGGTGCTGGCCACGGCCATCGAGATCTGCGTC