seq1 = pF1KE0742.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE0742/gi568815582f_67808750.tfa (gi568815582f:67808750_68027639), 218890 bp

>pF1KE0742 1272
>gi568815582f:67808750_68027639 (Chr16)

1-957  (100001-100957)   100% ->
958-1272  (118576-118890)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGTGGGACAAGCAAGGTCCTTCCCGAGCCACCCAAGGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGTGGGACAAGCAAGGTCCTTCCCGAGCCACCCAAGGATGTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGATCTGGTCAAGAAGGTGGAGCCCTTCAGTGGCACTAAGAGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGATCTGGTCAAGAAGGTGGAGCCCTTCAGTGGCACTAAGAGTGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACAAGCACTTCATCACAGAGGTGGACAGTGTTGGCCCTGTCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACAAGCACTTCATCACAGAGGTGGACAGTGTTGGCCCTGTCAAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGTTCCCAGCAGCAAGTCAGTATGCACACCCCTGCCCCGGTCCCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGTTCCCAGCAGCAAGTCAGTATGCACACCCCTGCCCCGGTCCCCCGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTGGCCACACGGAGCCTCCCTCAGAACCACCACGCAGGGCCAGGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTGGCCACACGGAGCCTCCCTCAGAACCACCACGCAGGGCCAGGGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTAAGTACAGGGCCAAGTTTGACCCACGTGTTACAGCTAAGTATGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTAAGTACAGGGCCAAGTTTGACCCACGTGTTACAGCTAAGTATGACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGCCCTAATTGGCCGAGGCAGCTTCAGCCGAGTGGTACGTGTAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGGCCCTAATTGGCCGAGGCAGCTTCAGCCGAGTGGTACGTGTAGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGGGCAACCCGGCAGCCGTATGCCATCAAGATGATTGAGACCAAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGGGCAACCCGGCAGCCGTATGCCATCAAGATGATTGAGACCAAGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGAGGGGCGGGAGGTGTGTGAGTCGGAGCTGCGTGTGCTGCGTCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGAGGGGCGGGAGGTGTGTGAGTCGGAGCTGCGTGTGCTGCGTCGGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGTCATGCCAACATCATCCAGCTGGTGGAGGTGTTCGAGACACAGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGTCATGCCAACATCATCCAGCTGGTGGAGGTGTTCGAGACACAGGAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGTACATGGTGATGGAGCTGGCCACTGGTGGAGAGCTCTTTGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGTACATGGTGATGGAGCTGGCCACTGGTGGAGAGCTCTTTGACCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCATTGCCAAGGGCTCCTTCACCGAGCGTGACGCCACGCGGGTGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCATTGCCAAGGGCTCCTTCACCGAGCGTGACGCCACGCGGGTGCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGGTGCTGGATGGCGTCCGGTATCTGCATGCACTGGGCATCACACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGGTGCTGGATGGCGTCCGGTATCTGCATGCACTGGGCATCACACACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGACCTCAAACCTGAGAATCTGCTCTACTACCATCCGGGCACTGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGACCTCAAACCTGAGAATCTGCTCTACTACCATCCGGGCACTGACTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGATCATCATCACCGACTTCGGCCTGGCCAGTGCTCGCAAGAAGGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGATCATCATCACCGACTTCGGCCTGGCCAGTGCTCGCAAGAAGGGTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACTGCTTGATGAAGACCACCTGTGGCACGCCTGAGTACATTGCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GACTGCTTGATGAAGACCACCTGTGGCACGCCTGAGTACATTGCCCCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTCCTGGTCCGCAAGCCATACACCAACTCAGTGGACATGTGGGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGTCCTGGTCCGCAAGCCATACACCAACTCAGTGGACATGTGGGCGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCGTCATTGCCTACATCCTACTCAGTGGCACCATGCCGTTTGAGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCGTCATTGCCTACATCCTACTCAGTGGCACCATGCCGTTTGAGGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACCGTACCCGGCTGTACCGGCAGATCCTCAGGGGCAAGTACAGTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACCGTACCCGGCTGTACCGGCAGATCCTCAGGGGCAAGTACAGTTACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGGGGAG         CCCTGGCCTAGTGTGTCCAACCTGGCCAAGGACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGGGGAGGTG...TAGCCCTGGCCTAGTGTGTCCAACCTGGCCAAGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCATTGACCGCCTGCTGACAGTGGACCCTGGAGCCCGTATGACTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118610 TCATTGACCGCCTGCTGACAGTGGACCCTGGAGCCCGTATGACTGCACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CAGGCCCTGAGGCACCCGTGGGTGGTGAGCATGGCTGCCTCTTCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118660 CAGGCCCTGAGGCACCCGTGGGTGGTGAGCATGGCTGCCTCTTCATCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GAAGAACCTGCACCGCTCCATATCCCAGAACCTCCTTAAACGTGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118710 GAAGAACCTGCACCGCTCCATATCCCAGAACCTCCTTAAACGTGCCTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CGCGCTGCCAGAGCACCAAATCTGCCCAGTCCACGCGTTCCAGCCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118760 CGCGCTGCCAGAGCACCAAATCTGCCCAGTCCACGCGTTCCAGCCGCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ACACGCTCCAATAAGTCACGCCGTGTGCGGGAACGGGAGCTGCGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118810 ACACGCTCCAATAAGTCACGCCGTGTGCGGGAACGGGAGCTGCGGGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :
   1242 CAACCTGCGCTACCAGCAGCAATACAATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 118860 CAACCTGCGCTACCAGCAGCAATACAATGGC