seq1 = pF1KE0741.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE0741/gi568815597f_77946095.tfa (gi568815597f:77946095_78235740), 289646 bp

>pF1KE0741 945
>gi568815597f:77946095_78235740 (Chr1)

1-240  (100001-100240)   100% ->
241-426  (134581-134766)   100% ->
427-607  (148858-149038)   100% ->
608-714  (173299-173405)   100% ->
715-796  (179787-179868)   100% ->
797-945  (189498-189646)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTGAAGCTGCGGGGGAAGAAGAAGGCCAAGTCCAAGGAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTGAAGCTGCGGGGGAAGAAGAAGGCCAAGTCCAAGGAGACCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCTGGTGGAGGGCGAGCCGACGGGCGCGGGCGGCGGGAGCCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGCTGGTGGAGGGCGAGCCGACGGGCGCGGGCGGCGGGAGCCTCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCCCGGGCTCCCGCACGCAGGCTGGTCTTCCACGCGCAGCTGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCCCGGGCTCCCGCACGCAGGCTGGTCTTCCACGCGCAGCTGGCGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTAGTGCCACGGGCCGAGTGGAGGGCTTCTCCAGCATCCAGGAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTAGTGCCACGGGCCGAGTGGAGGGCTTCTCCAGCATCCAGGAGCTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCCAGATCGCGGGCGCGTTTGAAATCTCGCCGTCGGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100201 CGCCCAGATCGCGGGCGCGTTTGAAATCTCGCCGTCGGAGGTA...CAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTATATTGCACTTTAAACACACCTAAAATTGACATGGAAAGACTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134582 TCTTATATTGCACTTTAAACACACCTAAAATTGACATGGAAAGACTCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAGGACAACTAGGACTAGAAGATTTCATATTTGCCCATGTGAAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134632 GGAGGACAACTAGGACTAGAAGATTTCATATTTGCCCATGTGAAAGGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGAAAAAGAAGTGAATGTGTATAAATCTGAGGATTCACTTGGTCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134682 CGAAAAAGAAGTGAATGTGTATAAATCTGAGGATTCACTTGGTCTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTACAGATAATGGTGTTGGCTATGCTTTTATAAAG         AGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134732 TTACAGATAATGGTGTTGGCTATGCTTTTATAAAGGTA...CAGAGAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGATGGTGGTGTTATTGACTCAGTTAAAACAATCTGTGTTGGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148864 AAAGATGGTGGTGTTATTGACTCAGTTAAAACAATCTGTGTTGGGGATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATTGAATCCATAAATGGAGAAAATATTGTTGGGTGGCGTCACTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148914 TATTGAATCCATAAATGGAGAAAATATTGTTGGGTGGCGTCACTATGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGCTAAGAAGTTAAAGGAATTAAAAAAGGAGGAACTCTTTACTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148964 TTGCTAAGAAGTTAAAGGAATTAAAAAAGGAGGAACTCTTTACTATGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTAATAGAACCTAAGAAGGCATTTG         AAATAGAGCTGAGGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 149014 TTAATAGAACCTAAGAAGGCATTTGGTA...TAGAAATAGAGCTGAGGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAAGGCTGGAAAGTCATCAGGAGAAAAAATTGGTTGTGGAAGGGCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173315 AAAGGCTGGAAAGTCATCAGGAGAAAAAATTGGTTGTGGAAGGGCAACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCGCCTGAGATCAAAAGGTCCTGCCACCGTGGAAGAAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 173365 TTCGCCTGAGATCAAAAGGTCCTGCCACCGTGGAAGAAATGGTA...AAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTTCTGAAACCAAAGCAAAGGCAATTGAAAAGATTGATGATGTTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179787 CCTTCTGAAACCAAAGCAAAGGCAATTGAAAAGATTGATGATGTTCTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTGTACATGGGAATTCGAGATATTGATTTAG         CCACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 179837 GTTGTACATGGGAATTCGAGATATTGATTTAGGTA...TAGCCACCACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTTTGAAGCTGGAAAGGACAAAGTAAATCCAGATGAATTTGCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189507 TGTTTGAAGCTGGAAAGGACAAAGTAAATCCAGATGAATTTGCTGTGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTTGACGAAACTCTTGGAGACTTTGCGTTCCCAGACGAATTTGTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189557 CTTGACGAAACTCTTGGAGACTTTGCGTTCCCAGACGAATTTGTCTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTTTGGGGAGTCATTGGTGATGCCAAACGAAGAGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189607 TGTTTGGGGAGTCATTGGTGATGCCAAACGAAGAGGATTA