seq1 = pF1KE0738.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE0738/gi568815597r_206010192.tfa (gi568815597r:206010192_206216890), 206699 bp

>pF1KE0738 1272
>gi568815597r:206010192_206216890 (Chr1)

(complement)

1-940  (100001-100940)   99% ->
941-1272  (106368-106699)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCTGGGCCTCTGTGGGATGCCAACCCCACCCCTCGGGGCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCTGGGCCTCTGTGGGATGCCAACCCCACCCCTCGGGGCACCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGCCCCCAATGCCACAACACCCTGGCTGGGCCGGGATGAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGCCCCCAATGCCACAACACCCTGGCTGGGCCGGGATGAGGAGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGTGGAGATCGGAGTCCTGGCCACTGTCCTGGTGCTGGCGACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAGGTGGAGATCGGAGTCCTGGCCACTGTCCTGGTGCTGGCGACCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAACCTGGCTGTGCTGCTGACCCTGGGCCAGCTGGGCCGCAAGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAACCTGGCTGTGCTGCTGACCCTGGGCCAGCTGGGCCGCAAGCGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCATGCACCTGTTCGTGCTGCACTTAGCCCTGACAGACCTGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCATGCACCTGTTCGTGCTGCACTTAGCCCTGACAGACCTGGCCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCTCTTCCAGGTGCTGCCACAGCTGCTGTGGGACATCACCTACCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCTCTTCCAGGTGCTGCCACAGCTGCTGTGGGACATCACCTACCGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGGCCCCGACCTCTTGTGCAGGGCCGTCAAGTACCTGCAGGTGCTCAG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGGCCCCGACCTCCTGTGCAGGGCCGTCAAGTACCTGCAGGTGCTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGTTTGCCTCCACCTACATGCTGCTGGCCATGACGCTGGACCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGTTTGCCTCCACCTACATGCTGCTGGCCATGACGCTGGACCGCTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCTGTCTGTCACCCCCTGCGCAGCCTCCAGCAGCCAGGCCAGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCTGTCTGTCACCCCCTGCGCAGCCTCCAGCAGCCAGGCCAGTCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACCTGCTCATCGCTGCTCCCTGGCTGCTGGCCGCCATCTTCAGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACCTGCTCATCGCTGCTCCCTGGCTGCTGGCCGCCATCTTCAGCCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAAGTCTTCATTTTTTCCCTGCGGGAGGTGATCCAGGGCTCAGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAAGTCTTCATTTTTTCCCTGCGGGAGGTGATCCAGGGCTCAGGGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGACTGCTGGGCAGACTTCGGCTTCCCTTGGGGGCCACGGGCCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGACTGCTGGGCAGACTTCGGCTTCCCTTGGGGGCCACGGGCCTACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCTGGACCACCCTGGCTATCTTCGTTCTGCCGGTGACCATGCTCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCTGGACCACCCTGGCTATCTTCGTTCTGCCGGTGACCATGCTCACGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGCTACAGCCTCATCTGCCATGAGATCTGTAAAAACCTAAAAGTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGCTACAGCCTCATCTGCCATGAGATCTGTAAAAACCTAAAAGTCAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACAGGCCTGGCGGGTGGGAGGAGGGGGCTGGAGGACTTGGGACAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACAGGCCTGGCGGGTGGGAGGAGGGGGCTGGAGGACTTGGGACAGGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCACCTTCCACCTTAGCTGCCACCACTCGGGGGCTGCCATCTCGGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCACCTTCCACCTTAGCTGCCACCACTCGGGGGCTGCCATCTCGGGTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCATCAACACCATCTCACGGGCCAAGATCCGAACAGTGAAGATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCATCAACACCATCTCACGGGCCAAGATCCGAACAGTGAAGATGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGTCATCGTGCTGGCCTACATCGCTTGCTGGGCTCCCTTCTTCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGTCATCGTGCTGGCCTACATCGCTTGCTGGGCTCCCTTCTTCAGTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGATGTGGTCCGTGTGGGACAAGAATGCCCCTGATGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100901 CAGATGTGGTCCGTGTGGGACAAGAATGCCCCTGATGAAGGCA...TAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TTCCACCAATGTGGCTTTCACCATCTCTATGCTTTTGGGCAACCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106369 TTCCACCAATGTGGCTTTCACCATCTCTATGCTTTTGGGCAACCTCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCTGCTGCAACCCCTGGATCTACATGGGCTTCAACAGCCACCTGTTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106419 GCTGCTGCAACCCCTGGATCTACATGGGCTTCAACAGCCACCTGTTACCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGGCCCCTGCGTCACCTTGCCTGCTGTGGGGGTCCCCAGCCCAGGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106469 CGGCCCCTGCGTCACCTTGCCTGCTGTGGGGGTCCCCAGCCCAGGATGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCGGCGGCTCTCCGACGGCAGCCTCTCGAGCCGCCACACCACGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106519 CCGGCGGCTCTCCGACGGCAGCCTCTCGAGCCGCCACACCACGCTGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCCGCTCCAGCTGCCCGGCCACCCTCAGCCTCAGCCTCAGCCTAACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106569 CCCGCTCCAGCTGCCCGGCCACCCTCAGCCTCAGCCTCAGCCTAACCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AGTGGGAGGCCCAGGCCTGAAGAGTCACCAAGGGACTTGGAGCTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106619 AGTGGGAGGCCCAGGCCTGAAGAGTCACCAAGGGACTTGGAGCTGGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1242 TGGGGAAGGCACCGCTGAGACCATCATCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 106669 TGGGGAAGGCACCGCTGAGACCATCATCTTT