seq1 = pF1KE0728.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KE0728/gi568815582f_7233002.tfa (gi568815582f:7233002_7810742), 577741 bp

>pF1KE0728 1254
>gi568815582f:7233002_7810742 (Chr16)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-330  (285146-285388)   100% ->
331-474  (346776-346919)   100% ->
475-528  (354246-354299)   100% ->
529-621  (362548-362640)   100% ->
622-682  (364370-364430)   100% ->
683-736  (374284-374337)   100% ->
737-817  (397602-397682)   100% ->
818-950  (420814-420946)   100% ->
951-993  (438556-438598)   100% ->
994-1058  (443773-443837)   100% ->
1059-1134  (476055-476130)   100% ->
1135-1254  (477622-477741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCGTCTCAAGGAGTTCTCCTGCATCCTTATGGCGTGCCTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCGTCTCAAGGAGTTCTCCTGCATCCTTATGGCGTGCCTATGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTACCGGCAGCTCCTTACCTTCCTGGACTGATTCAG         GGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 TGTACCGGCAGCTCCTTACCTTCCTGGACTGATTCAGGTA...CAGGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCAGGAAGCAGCCGCTGCCCCTGACACAATGGCTCAGCCTTACGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285150 ATCAGGAAGCAGCCGCTGCCCCTGACACAATGGCTCAGCCTTACGCTTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCAGTTTGCTCCCCCGCAGAACGGTATCCCCGCGGAATACACGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285200 GCCCAGTTTGCTCCCCCGCAGAACGGTATCCCCGCGGAATACACGGCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCATCCCCACCCCGCGCCAGAGTACACAGGCCAGACCACGGTTCCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285250 TCATCCCCACCCCGCGCCAGAGTACACAGGCCAGACCACGGTTCCCGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACATTAAACCTGTACCCTCCCGCCCAGACGCACTCCGAGCAGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285300 ACACATTAAACCTGTACCCTCCCGCCCAGACGCACTCCGAGCAGAGCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCGGACACGAGCGCTCAGACCGTCTCTGGCACCGCCACA         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 285350 GCGGACACGAGCGCTCAGACCGTCTCTGGCACCGCCACAGTA...TAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACAGATGACGCAGCACCGACGGATGGCCAGCCCCAGACACAACCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346778 GACAGATGACGCAGCACCGACGGATGGCCAGCCCCAGACACAACCTTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAACACGGAAAACAAGTCTCAGCCCAAGCGGCTGCATGTCTCCAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346828 AAAACACGGAAAACAAGTCTCAGCCCAAGCGGCTGCATGTCTCCAATATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCTTCAGGTTCCGGGATCCGGACCTCAGACAAATGTTTGGT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 346878 CCCTTCAGGTTCCGGGATCCGGACCTCAGACAAATGTTTGGTGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475  CAATTTGGTAAAATCTTAGATGTTGAAATTATTTTTAATGAGCGAGGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354245 GCAATTTGGTAAAATCTTAGATGTTGAAATTATTTTTAATGAGCGAGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAAG         GGATTTGGTTTCGTAACTTTCGAAAATAGTGCCGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354295 CAAAGGTA...CAGGGATTTGGTTTCGTAACTTTCGAAAATAGTGCCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCGGACAGGGCGAGGGAGAAATTACACGGCACCGTGGTAGAGGGCCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362584 GCGGACAGGGCGAGGGAGAAATTACACGGCACCGTGGTAGAGGGCCGTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATCGAG         GTAAATAATGCCACAGCACGTGTAATGACAAATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362634 AATCGAGGTG...TAGGTAAATAATGCCACAGCACGTGTAATGACAAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAAGACCGTCAACCCTTATACAAATG         GCTGGAAATTGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 364404 AAAAGACCGTCAACCCTTATACAAATGGTA...AAGGCTGGAAATTGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAGTTGTGGGTGCAGTCTACAGTCCCGAATTCTATGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 374298 CCAGTTGTGGGTGCAGTCTACAGTCCCGAATTCTATGCAGGTA...TAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CACGGTCCTGTTGTGCCAGGCCAACCAGGAGGGATCTTCCATGTACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397603 CACGGTCCTGTTGTGCCAGGCCAACCAGGAGGGATCTTCCATGTACAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCCCAGTTCACTTGTATATACTTCTGCAA         TGCCAGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 397653 CCCCCAGTTCACTTGTATATACTTCTGCAAGTA...CAGTGCCAGGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCGTATCCAGCAGCCACCGCCGCGGCCGCCTACCGAGGGGCGCACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420825 CCGTATCCAGCAGCCACCGCCGCGGCCGCCTACCGAGGGGCGCACCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGGCCGCGGTCGCACCGTGTACAACACCTTCAGGGCCGCGGCGCCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420875 AGGCCGCGGTCGCACCGTGTACAACACCTTCAGGGCCGCGGCGCCCCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCCGATCCCGGCCTACGGCGG         AGTAGTGTATCAAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 420925 CCCCGATCCCGGCCTACGGCGGGTA...TAGAGTAGTGTATCAAGAGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTGTATGGCAATAAATTGCTGCAG         GGTGGTTATGCTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 438575 GTGTATGGCAATAAATTGCTGCAGGTA...TAGGGTGGTTATGCTGCATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCGCTACGCCCAGCCTACCCCTGCCACTGCCGCTGCCTACAGTGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 443790 CCGCTACGCCCAGCCTACCCCTGCCACTGCCGCTGCCTACAGTGACAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059        TTACGGACGAGTTTATGCTGCCGACCCCTACCACCACGCACTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443840 A...CAGTTACGGACGAGTTTATGCTGCCGACCCCTACCACCACGCACTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GCTCCAGCCCCCACCTACGGCGTTGGTGCCATG         AATGCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 476098 GCTCCAGCCCCCACCTACGGCGTTGGTGCCATGGTG...CAGAATGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TGCACCTTTGACTGATGCCAAGACTAGGAGCCATGCTGATGATGTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 477630 TGCACCTTTGACTGATGCCAAGACTAGGAGCCATGCTGATGATGTGGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCGTTCTTTCTTCATTGCAGGCTAGTATATACCGAGGGGGATACAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 477680 TCGTTCTTTCTTCATTGCAGGCTAGTATATACCGAGGGGGATACAACCGT

   1350     .    :
   1243 TTTGCTCCATAC
        ||||||||||||
 477730 TTTGCTCCATAC