seq1 = pF1KE0724.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE0724/gi568815579f_1869773.tfa (gi568815579f:1869773_2080200), 210428 bp

>pF1KE0724 1245
>gi568815579f:1869773_2080200 (Chr19)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-228  (108533-108573)   100% ->
229-298  (108670-108739)   100% ->
299-447  (108830-108978)   100% ->
448-682  (109087-109321)   100% ->
683-768  (109391-109476)   100% ->
769-853  (109547-109631)   100% ->
854-1002  (109723-109871)   100% ->
1003-1086  (109980-110063)   100% ->
1087-1193  (110139-110245)   100% ->
1194-1245  (110377-110428)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTTGACAAGAAAGGAGGGAAAGGGGAGACGGAGGAGGGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTTGACAAGAAAGGAGGGAAAGGGGAGACGGAGGAGGGCCGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGTCCAAGGCCGGCGGGGGCCGGAGCAGCCACGGCATCCGGAGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGTCCAAGGCCGGCGGGGGCCGGAGCAGCCACGGCATCCGGAGCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGACCAGCTCGGGGGTCCTGATGGTGGGCCCCAACTTCCGCGTCGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGACCAGCTCGGGGGTCCTGATGGTGGGCCCCAACTTCCGCGTCGGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGATCGGCTGCGGCAACTTCGGGGAGCTCCGCCTAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 AAGATCGGCTGCGGCAACTTCGGGGAGCTCCGCCTAGGTG...CAGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAATCTCTATACAAATGAATACGTGGCTATCAAATTG         GAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108537 GAATCTCTATACAAATGAATACGTGGCTATCAAATTGGTG...CAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGATCAAGTCCCGGGCCCCGCAGCTGCACCTGGAGTACCGGTTCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108674 CGATCAAGTCCCGGGCCCCGCAGCTGCACCTGGAGTACCGGTTCTACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCTCAGCGCCACAG         AGGGCGTCCCTCAGGTCTACTACTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108724 CAGCTCAGCGCCACAGGTA...CAGAGGGCGTCCCTCAGGTCTACTACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGTCCGTGCGGGAAGTACAACGCCATGGTGCTGGAGCTGCTGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108855 CGGTCCGTGCGGGAAGTACAACGCCATGGTGCTGGAGCTGCTGGGGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCTGGAGGACCTGTTCGACCTGTGCGACCGGACCTTCACGCTCAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108905 GCCTGGAGGACCTGTTCGACCTGTGCGACCGGACCTTCACGCTCAAGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCTGATGATCGCCATCCAGCTG         ATCACGCGCATGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108955 GTGCTGATGATCGCCATCCAGCTGGTG...CAGATCACGCGCATGGAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTGCACACCAAGAGCCTAATCTACCGGGACGTGAAGCCCGAGAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109104 TGTGCACACCAAGAGCCTAATCTACCGGGACGTGAAGCCCGAGAACTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGTGGGCCGCCCGGGGACCAAGCGGCAGCATGCCATCCACATCATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109154 TGGTGGGCCGCCCGGGGACCAAGCGGCAGCATGCCATCCACATCATCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCGGGCTGGCCAAGGAGTACATCGACCCCGAGACCAAGAAGCACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109204 TTCGGGCTGGCCAAGGAGTACATCGACCCCGAGACCAAGAAGCACATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTACCGCGAGCACAAGAGCCTGACGGGCACGGCGCGCTACATGAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109254 GTACCGCGAGCACAAGAGCCTGACGGGCACGGCGCGCTACATGAGCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACGCACCTGGGCAAGG         AGCAGAGCCGCCGCGACGACCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109304 ACACGCACCTGGGCAAGGGTG...CAGAGCAGAGCCGCCGCGACGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGCGCTGGGCCACATGTTCATGTACTTCCTGCGCGGCAGCCTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109414 GAGGCGCTGGGCCACATGTTCATGTACTTCCTGCGCGGCAGCCTCCCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAGGGGCTCAAG         GCCGACACGCTCAAGGAGCGGTACCAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109464 GCAGGGGCTCAAGGTG...CAGGCCGACACGCTCAAGGAGCGGTACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATCGGGGACACCAAACGCGCCACGCCCATCGAGGTGCTCTGCGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109575 AGATCGGGGACACCAAACGCGCCACGCCCATCGAGGTGCTCTGCGAGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCCCAG         AGGAGATGGCCACGTACCTGCGCTATGTGCGGCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109625 TTCCCAGGTA...CAGAGGAGATGGCCACGTACCTGCGCTATGTGCGGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGGACTTCTTCGAGAAGCCCGACTATGACTACCTGCGGAAGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109757 CCTGGACTTCTTCGAGAAGCCCGACTATGACTACCTGCGGAAGCTCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGACCTCTTCGACCGCAGTGGCTTCGTGTTCGACTATGAGTACGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109807 CCGACCTCTTCGACCGCAGTGGCTTCGTGTTCGACTATGAGTACGACTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCGGGAAGCCCCTG         CCGACCCCCATCGGCACCGTCCACAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109857 GCCGGGAAGCCCCTGGTA...CAGCCGACCCCCATCGGCACCGTCCACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGACCTGCCCTCCCAGCCTCAGCTCCGGGACAAAACCCAGCCGCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110006 CGACCTGCCCTCCCAGCCTCAGCTCCGGGACAAAACCCAGCCGCACAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAAACCAG         GCGTTGAACTCCACCAACGGGGAGCTGAATGCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110056 AAAACCAGGTG...CAGGCGTTGAACTCCACCAACGGGGAGCTGAATGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACGACCCCACGGCCGGCCACTCCAACGCCCCGATCACAGCGCCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110172 GACGACCCCACGGCCGGCCACTCCAACGCCCCGATCACAGCGCCTGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGTGGAGGTGGCCGATGAAACCAA         ATGCTGCTGTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110222 GGTGGAGGTGGCCGATGAAACCAAGTA...CAGATGCTGCTGTTTCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1211 AGAGGAGAAAGAGAAAATCGCTGCAGCGACACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110394 AGAGGAGAAAGAGAAAATCGCTGCAGCGACACAAG