seq1 = pF1KE0720.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KE0720/gi568815594f_4951864.tfa (gi568815594f:4951864_5599080), 647217 bp

>pF1KE0720 1242
>gi568815594f:4951864_5599080 (Chr4)

51-108  (188040-188097)   100% ->
109-260  (216436-216587)   100% ->
261-434  (379357-379530)   100% ->
435-472  (446344-446381)   100% ->
473-562  (464982-465071)   100% ->
563-666  (494810-494913)   100% ->
667-783  (504944-505060)   100% ->
784-909  (508240-508365)   100% ->
910-1041  (514840-514971)   100% ->
1042-1106  (516143-516207)   100% ->
1107-1242  (547082-547217)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCAACTTTGACCATTTTCAGATTCTGCGGGCCATTGGTAAAGGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188040 AGTCAACTTTGACCATTTTCAGATTCTGCGGGCCATTGGTAAAGGGAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGAAAG         GTATGCATCGTGCAGAAGCGAGACACTAAGAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 188090 TTGGAAAGGTA...CAGGTATGCATCGTGCAGAAGCGAGACACTAAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTATGCAATGAAGTACATGAACAAGCAGAAGTGCATCGAGAGGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216469 ATGTATGCAATGAAGTACATGAACAAGCAGAAGTGCATCGAGAGGGATGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTCGGAATGTTTTCCGGGAGCTGCAGATCATGCAAGGGCTGGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216519 GGTTCGGAATGTTTTCCGGGAGCTGCAGATCATGCAAGGGCTGGAGCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTCCTGGTCAATCTGTG         GTACTCCTTCCAGGATGAGGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 216569 CCTTCCTGGTCAATCTGTGGTG...TAGGTACTCCTTCCAGGATGAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACATGTTCATGGTGGTGGACCTGCTCCTGGGAGGCGACCTGCGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379379 GACATGTTCATGGTGGTGGACCTGCTCCTGGGAGGCGACCTGCGCTACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGCAGCAGAATGTGCATTTCACAGAGGGGACTGTGAAACTCTACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379429 TCTGCAGCAGAATGTGCATTTCACAGAGGGGACTGTGAAACTCTACATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGAGCTGGCACTGGCCCTGGAGTATCTTCAGAGGTACCACATCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379479 GTGAGCTGGCACTGGCCCTGGAGTATCTTCAGAGGTACCACATCATCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AG         AGACATCAAGCCAGACAATATCCTGCTGGATGAACACG 
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 379529 AGGTA...CAGAGACATCAAGCCAGACAATATCCTGCTGGATGAACACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GACATGTTCACATTACAGACTTCAACATAGCGACGGTAGTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 446383 TA...CAGGACATGTTCACATTACAGACTTCAACATAGCGACGGTAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGGAGCAGAAAGGGCTTCCTCCATGGCTGGCACCAAGCCCTACATGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 465024 AAGGAGCAGAAAGGGCTTCCTCCATGGCTGGCACCAAGCCCTACATGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563        CTCCAGAAGTATTCCAGGTGTACATGGACAGAGGCCCCGGATA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 465074 G...CAGCTCCAGAAGTATTCCAGGTGTACATGGACAGAGGCCCCGGATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCGTACCCTGTCGACTGGTGGTCCCTGGGCATCACAGCCTATGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 494853 CTCGTACCCTGTCGACTGGTGGTCCCTGGGCATCACAGCCTATGAGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCGGGGCTGG         AGGCCGTACGAAATCCACTCGGTCACGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 494903 TGCGGGGCTGGGTA...CAGAGGCCGTACGAAATCCACTCGGTCACGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCGATGAAATCCTCAACATGTTCAAGGTGGAGCGTGTCCACTACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 504974 ATCGATGAAATCCTCAACATGTTCAAGGTGGAGCGTGTCCACTACTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACGTGGTGCAAGGGGATGGTGGCCCTGCTGAGGAAG         CTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 505024 CACGTGGTGCAAGGGGATGGTGGCCCTGCTGAGGAAGGTA...CAGCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGACCAAGGATCCTGAGAGCCGCGTGTCCAGCCTTCATGACATACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 508244 TGACCAAGGATCCTGAGAGCCGCGTGTCCAGCCTTCATGACATACAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGCCCTACTTGGCCGACATGAACTGGGACGCGGTGTTCAAGAAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 508294 GTGCCCTACTTGGCCGACATGAACTGGGACGCGGTGTTCAAGAAGGCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATGCCCGGCTTTGTGCCCAAT         AAAGGGAGGTTGAACTGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 508344 GATGCCCGGCTTTGTGCCCAATGTG...TAGAAAGGGAGGTTGAACTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATCCCACATTTGAGCTTGAAGAGATGATTCTAGAATCCAAGCCACTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514859 ATCCCACATTTGAGCTTGAAGAGATGATTCTAGAATCCAAGCCACTTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAAAGAAGAAGCGATTGGCAAAGAACAGATCCAGGGATGGCACAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514909 AAAAAGAAGAAGCGATTGGCAAAGAACAGATCCAGGGATGGCACAAAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGCTGCCCGCTG         AATGGACACCTGCAGCACTGTTTGGAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 514959 CAGCTGCCCGCTGGTG...CAGAATGGACACCTGCAGCACTGTTTGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGTCCGGGAGGAATTCATCATATTCAACAGAGAGAA         GCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 516171 CTGTCCGGGAGGAATTCATCATATTCAACAGAGAGAAGTA...CAGGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGGAGGCAGCAGGGACAGGGCAGCCAGCTCTTGGACACCGACAGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 547086 AGGAGGCAGCAGGGACAGGGCAGCCAGCTCTTGGACACCGACAGCCGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGGAGGCCAGGCCCAAAGCAAGCTCCAGGACGGGTGCAACAACAACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 547136 GGGAGGCCAGGCCCAAAGCAAGCTCCAGGACGGGTGCAACAACAACCTCC

   1250     .    :    .    :    .    :
   1211 TCACCCACACCTGCACCCGTGGCTGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 547186 TCACCCACACCTGCACCCGTGGCTGCAGCAGC