seq1 = pF1KE0713.tfa, 897 bp
seq2 = pF1KE0713/gi568815589r_35562179.tfa (gi568815589r:35562179_35764853), 202675 bp

>pF1KE0713 897
>gi568815589r:35562179_35764853 (Chr9)

(complement)

1-30  (95241-95270)   100% ->
31-125  (100004-100098)   100% ->
126-246  (100362-100482)   100% ->
247-365  (100728-100846)   100% ->
366-436  (101462-101532)   100% ->
437-565  (101780-101908)   100% ->
566-795  (102113-102342)   100% ->
796-891  (102587-102680)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGAGTCTGCCAAACCCTCAAACAG         TACTTTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  95241 ATGCTGGGAGTCTGCCAAACCCTCAAACAGGTT...CAGTACTTTTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATCCTGAAAGCCAAGGGGACCCTGCGACCACCTGAGCGCCAGGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 GATCCTGAAAGCCAAGGGGACCCTGCGACCACCTGAGCGCCAGGCCCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGGCTCCTGGGAGCTCATCTACGGCGCCAGCCA         GGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100065 TTGGCTCCTGGGAGCTCATCTACGGCGCCAGCCAGTG...CAGGGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTTCCCTACCTGGAAGGAGGATGCTGGGGCCAAGGGCTGGAGGGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 CTTCCCTACCTGGAAGGAGGATGCTGGGGCCAAGGGCTGGAGGGCTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGCCACTTGGAGCTCTATAACCAATTTGCTGCCAACTCAGAGAGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100419 CCGCCACTTGGAGCTCTATAACCAATTTGCTGCCAACTCAGAGAGGTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGACCACCCTGCAG         GAGCAGCTAAAGAAAAATAAAGGTTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100469 AGACCACCCTGCAGGTA...CAGGAGCAGCTAAAGAAAAATAAAGGTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGAGGTTTGTACGGCTTCAGGAAGGCCGCCCTGAGTTTGGGGGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100755 CGGAGGTTTGTACGGCTTCAGGAAGGCCGCCCTGAGTTTGGGGGCCTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTCCAGGACCTGCTCCCTCTGCCTCTGCAACGGCTCCAGCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100805 GCTCCAGGACCTGCTCCCTCTGCCTCTGCAACGGCTCCAGCAGTG...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    366  GTATGAGAATCTCGTCGTAGCTTTGGCTGAAAACACAGGTCCCAACAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101461 GGTATGAGAATCTCGTCGTAGCTTTGGCTGAAAACACAGGTCCCAACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTGACCATCAACAGCTCACAC         GGGCTGCCCGACTGATAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101511 CCTGACCATCAACAGCTCACACGTA...CAGGGGCTGCCCGACTGATAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGAGACTGCCCAGAGAGTCCATACTATTGGTCAGAAACAGAAGAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101799 TGAGACTGCCCAGAGAGTCCATACTATTGGTCAGAAACAGAAGAATGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCACCTTCGGCGTGTCCAGGCTCTGCTCAGTGGACGCCAGGCAAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101849 AGCACCTTCGGCGTGTCCAGGCTCTGCTCAGTGGACGCCAGGCAAAGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGACCTCAG         GGCGCTGGTTCCTACGCCAGGGCTGGCTGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101899 CTGACCTCAGGTA...CAGGGCGCTGGTTCCTACGCCAGGGCTGGCTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTGGTGCCTCCCCATGGGGAGCCTCGGCCCCGCATGTTCTTCCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102144 AGTGGTGCCTCCCCATGGGGAGCCTCGGCCCCGCATGTTCTTCCTCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGATGTGCTCCTCATGGCCAAGCCTCGGCCTCCACTGCACCTGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102194 CTGATGTGCTCCTCATGGCCAAGCCTCGGCCTCCACTGCACCTGCTGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGTGGCACCTTTGCCTGCAAGGCCCTCTACCCCATGGCCCAGTGTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102244 AGTGGCACCTTTGCCTGCAAGGCCCTCTACCCCATGGCCCAGTGTCATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGCAGGGTCTTTGGCCACTCAGGAGGCCCTTGTGGTGGGTTGCTCAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102294 CAGCAGGGTCTTTGGCCACTCAGGAGGCCCTTGTGGTGGGTTGCTCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         CTGTCCTTCCCTCATGAGAAGCTACTGCTTATGTCCACAGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102344 TA...TAGCTGTCCTTCCCTCATGAGAAGCTACTGCTTATGTCCACAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGGAGGAGCTGTCACGCTGGTACCACAGTCTGACTTGGGCTATCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--|
 102629 CAGGAGGAGCTGTCACGCTGGTACCACAGTCTGACTTGGGCTATCAG  G

    950 
    888 CCAG
          ||
 102677 TAAG