seq1 = pF1KE0711.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE0711/gi568815596r_42662911.tfa (gi568815596r:42662911_42864179), 201269 bp

>pF1KE0711 1269
>gi568815596r:42662911_42864179 (Chr2)

(complement)

1-1269  (100001-101269)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTGTCACCGTGGTGGCCAGCTGATAGTGCCAATCATCCCACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGTGTCACCGTGGTGGCCAGCTGATAGTGCCAATCATCCCACTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGAGCACTCCTGCAGGGGTAGAAGACTCCAGAACCTTCTCTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGAGCACTCCTGCAGGGGTAGAAGACTCCAGAACCTTCTCTCAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATGGCCCAAGCAGCCCATGGAACTTCATAACCTGAGCTCTCCATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CATGGCCCAAGCAGCCCATGGAACTTCATAACCTGAGCTCTCCATCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCTCTCCTCCTCTGTTCTCCCTCCCTCCTTCTCTCCCTCACCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTCTCTCCTCCTCTGTTCTCCCTCCCTCCTTCTCTCCCTCACCCTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTCCCTCTGCCTTTACCACTGTGGGGGGGTCCTCTGGAGGGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTCCCTCTGCCTTTACCACTGTGGGGGGGTCCTCTGGAGGGCCCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCCCACCTCTTCCTCGCTGGTGTCTGCCTTCCTGGCACCAATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCCCACCTCTTCCTCGCTGGTGTCTGCCTTCCTGGCACCAATCCTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGAGTTTGTCCTGGGCCTGGTGGGGAACAGTTTGGCCCTCTTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGAGTTTGTCCTGGGCCTGGTGGGGAACAGTTTGGCCCTCTTCATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCATCCACACGCGGCCCTGGACCTCCAACACGGTGTTCCTGGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGCATCCACACGCGGCCCTGGACCTCCAACACGGTGTTCCTGGTCAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGTGGCCGCTGACTTCCTCCTGATCAGCAACCTGCCCCTCCGCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTGGCCGCTGACTTCCTCCTGATCAGCAACCTGCCCCTCCGCGTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACTACCTCCTCCATGAGACCTGGCGCTTTGGGGCTGCTGCCTGCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACTACCTCCTCCATGAGACCTGGCGCTTTGGGGCTGCTGCCTGCAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACCTCTTCATGCTGTCCACCAACCGCACGGCCAGCGTTGTCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACCTCTTCATGCTGTCCACCAACCGCACGGCCAGCGTTGTCTTCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGCCATCGCACTCAACCGCTACCTGAAGGTGGTGCAGCCCCACCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGCCATCGCACTCAACCGCTACCTGAAGGTGGTGCAGCCCCACCACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGAGCCGTGCTTCCGTGGGGGCAGCTGCCCGGGTGGCCGGGGGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGAGCCGTGCTTCCGTGGGGGCAGCTGCCCGGGTGGCCGGGGGACTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTGGGCATCCTGCTCCTCAACGGGCACCTGCTCCTGAGCACCTTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTGGGCATCCTGCTCCTCAACGGGCACCTGCTCCTGAGCACCTTCTCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCCCTCCTGCCTCAGCTACAGGGTGGGCACGAAGCCCTCGGCCTCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCCCTCCTGCCTCAGCTACAGGGTGGGCACGAAGCCCTCGGCCTCGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGCTGGCACCAGGCACTGTACCTGCTGGAGTTCTTCCTGCCACTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGCTGGCACCAGGCACTGTACCTGCTGGAGTTCTTCCTGCCACTGGCGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCCTCTTTGCTATTGTGAGCATTGGGCTCACCATCCGGAACCGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATCCTCTTTGCTATTGTGAGCATTGGGCTCACCATCCGGAACCGTGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGGCGGGCAGGCAGGCCCGCAGAGGGCCATGCGTGTGCTGGCCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGGCGGGCAGGCAGGCCCGCAGAGGGCCATGCGTGTGCTGGCCATGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGGCCGTCTACACCATCTGCTTCTTGCCCAGCATCATCTTTGGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGGCCGTCTACACCATCTGCTTCTTGCCCAGCATCATCTTTGGCATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTCCATGGTGGCTTTCTGGCTGTCCGCCTGCCGCTCCCTGGACCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100951 TTCCATGGTGGCTTTCTGGCTGTCCGCCTGCCGATCCCTGGACCTCTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CACAGCTCTTCCATGGCTCCCTGGCCTTCACCTACCTCAACAGTGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CACAGCTCTTCCATGGCTCCCTGGCCTTCACCTACCTCAACAGTGTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GACCCCGTGCTCTACTGCTTCTCTAGCCCCAACTTCCTCCACCAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GACCCCGTGCTCTACTGCTTCTCTAGCCCCAACTTCCTCCACCAGAGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCCTTGCTGGGCCTCACGCGGGGCCGGCAGGGCCCAGTGAGCGACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCCTTGCTGGGCCTCACGCGGGGCCGGCAGGGCCCAGTGAGCGACGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCTCCTACCAACCCTCCAGGCAGTGGCGCTACCGGGAGGCCTCTAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCTCCTACCAACCCTCCAGGCAGTGGCGCTACCGGGAGGCCTCTAGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCGGAGGCCATAGGGAAGCTGAAAGTGCAGGGCGAGGTCTCTCTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCGGAGGCCATAGGGAAGCTGAAAGTGCAGGGCGAGGTCTCTCTGGAAAA

   1250     .    :    .
   1251 GGAAGGCTCCTCCCAGGGC
        |||||||||||||||||||
 101251 GGAAGGCTCCTCCCAGGGC