seq1 = pF1KE0707.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KE0707/gi568815596r_231425046.tfa (gi568815596r:231425046_231629018), 203973 bp

>pF1KE0707 1278
>gi568815596r:231425046_231629018 (Chr2)

(complement)

1-898  (100000-100896)   99% ->
899-1278  (103594-103973)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCCTCTCTGCCTCAATTGCTCTGTCCTCCCTGGAGACCTGTACCC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GACTCCTCTCTGCCTCAATTGCTCTGTCCTCCCTGGAGACCTGTACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGGTGCAAGGAACCCCATGGCTTGCAATGGCAGTGCGGCCAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 AGGGGGTGCAAGGAACCCCATGGCTTGCAATGGCAGTGCGGCCAGGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTTGACCCTGAGGACTTGAACCTGACTGACGAGGCACTGAGACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 ACTTTGACCCTGAGGACTTGAACCTGACTGACGAGGCACTGAGACTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCTGGGGCCCCAGCAGACAGAGCTGTTCATGCCCATCTGTGCCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 TACCTGGGGCCCCAGCAGACAGAGCTGTTCATGCCCATCTGTGCCACATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCTGATCTTCGTGGTGGGCGCTGTGGGCAATGGGCTGACCTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CCTGCTGATCTTCGTGGTGGGCGCTGTGGGCAATGGGCTGACCTGTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATCCTGCGCCACAAGGCCATGCGCACGCCTACCAACTACTACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 TCATCCTGCGCCACAAGGCCATGCGCACGCCTACCAACTACTACCTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCTGGCCGTGTCGGACCTGCTGGTGCTGCTGGTGGGCCTGCCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 AGCCTGGCCGTGTCGGACCTGCTGGTGCTGCTGGTGGGCCTGCCCCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTCTATGAGATGTGGCACAACTACCCCTTCCTGCTGGGCGTTGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 GCTCTATGAGATGTGGCACAACTACCCCTTCCTGCTGGGCGTTGGTGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCTATTTCCGCACGCTACTGTTTGAGATGGTCTGCCTGGCCTCAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 GCTATTTCCGCACGCTACTGTTTGAGATGGTCTGCCTGGCCTCAGTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACGTCACTGCCCTGAGCGTGGAACGCTATGTGGCCGTGGTGCACCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 AACGTCACTGCCCTGAGCGTGGAACGCTATGTGGCCGTGGTGCACCCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAGGCCAGGTCCATGGTGACGCGGGCCCATGTGCGCCGAGTGCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 CCAGGCCAGGTCCATGGTGACGCGGGCCCATGTGCGCCGAGTGCTTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGTCTGGGGTCTTGCCATGCTCTGCTCCCTGCCCAACACCAGCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 CCGTCTGGGGTCTTGCCATGCTCTGCTCCCTGCCCAACACCAGCCTGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCATCCGGCAGCTGCACGTGCCCTGCCGGGGCCCAGTGCCAGACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 GGCATCCGGCAGCTGCACGTGCCCTGCCGGGGCCCAGTGCCAGACTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTTTGCATGCTGGTCCGCCCACGGGCCCTCTACAACATGGTAGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 TGTTTGCATGCTGGTCCGCCCACGGGCCCTCTACAACATGGTAGTGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCACCGCGCTGCTCTTCTTCTGCCTGCCCATGGCCATCATGAGCGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 CCACCGCGCTGCTCTTCTTCTGCCTGCCCATGGCCATCATGAGCGTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACCTGCTCATTGGGCTGCGACTGCGGCGGGAGAGGCTGCTGCTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100749 TACCTGCTCATTGGGCTGCGACTGCGGCGGGAGAGGCTGCTGCTCATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGGCCAAGGGCAGGGGCTCTGCAGCAGCCAGGTCCAGATACACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 GGAGGCCAAGGGCAGGGGCTCTGCAGCAGCCAGGTCCAGATACACCTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGCTCCAGCAGCACGATCGGGGCCGGAGACAAGTGACCAAGATGCTGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100849 GGCTCCAGCAGCACGATCGGGGCCGGAGACAAGTGACCAAGATGCTGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899        TTGTCCTGGTCGTGGTGTTTGGCATCTGCTGGGCCCCGTTCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100899 A...CAGTTGTCCTGGTCGTGGTGTTTGGCATCTGCTGGGCCCCGTTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGCCGACCGCGTCATGTGGAGCGTCGTGTCACAGTGGACAGATGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103637 CGCCGACCGCGTCATGTGGAGCGTCGTGTCACAGTGGACAGATGGCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACCTGGCCTTCCAGCACGTGCACGTCATCTCCGGCATCTTCTTCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103687 ACCTGGCCTTCCAGCACGTGCACGTCATCTCCGGCATCTTCTTCTACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGCTCGGCGGCCAACCCCGTGCTCTATAGCCTCATGTCCAGCCGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103737 GGCTCGGCGGCCAACCCCGTGCTCTATAGCCTCATGTCCAGCCGCTTCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AGAGACCTTCCAGGAGGCCCTGTGCCTCGGGGCCTGCTGCCATCGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103787 AGAGACCTTCCAGGAGGCCCTGTGCCTCGGGGCCTGCTGCCATCGCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GACCCCGCCACAGCTCCCACAGCCTCAGCAGGATGACCACAGGCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103837 GACCCCGCCACAGCTCCCACAGCCTCAGCAGGATGACCACAGGCAGCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTGTGTGATGTGGGCTCCCTGGGCAGCTGGGTCCACCCCCTGGCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103887 CTGTGTGATGTGGGCTCCCTGGGCAGCTGGGTCCACCCCCTGGCTGGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1242 CGATGGCCCAGAGGCGCAGCAAGAGACCGATCCATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103937 CGATGGCCCAGAGGCGCAGCAAGAGACCGATCCATCC