seq1 = pF1KE0705.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE0705/gi568815595r_16488663.tfa (gi568815595r:16488663_16698599), 209937 bp

>pF1KE0705 885
>gi568815595r:16488663_16698599 (Chr3)

(complement)

1-150  (100000-100148)   99% ->
151-242  (100422-100513)   100% ->
243-294  (101059-101110)   100% ->
295-358  (101549-101612)   100% ->
359-498  (101711-101850)   100% ->
499-570  (103215-103286)   100% ->
571-621  (104017-104067)   100% ->
622-735  (104832-104945)   100% ->
736-834  (106452-106550)   100% ->
835-885  (109887-109937)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTACTGCAAATCCTGAAACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GTCTACTGCAAATCCTGAAACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCACCCAGTCCTCATCAGCTGCAACCAGCCAAGGCTATATTTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CAGCACCCAGTCCTCATCAGCTGCAACCAGCCAAGGCTATATTTTACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCAAAATCATGCCAAACACTGTTTTTGTTGGAGGAATTGATGTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AAGGCAAAATCATGCCAAACACTGTTTTTGTTGGAGGAATTGATGTTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          ATGGATGAAACTGAGATTAGAAGCTTCTTTGCTAGATATGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GTA...TAGATGGATGAAACTGAGATTAGAAGCTTCTTTGCTAGATATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACTGATCGAACTGGTGTGTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100463 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACTGATCGAACTGGTGTGTCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         CTATGGATTTGTTTCATTTTTTAATGACGTGGATGTGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100513 GGTG...TAGCTATGGATTTGTTTCATTTTTTAATGACGTGGATGTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATAGTAGAA         TCACAGATAAATTTCCATGGTAAAAAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101099 AAGATAGTAGAAGTA...CAGTCACAGATAAATTTCCATGGTAAAAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAATTTAT         GTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101578 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAATTTATGTG...AAGGTGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTTTTTAATCATCCTCCTCCACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101717 ATCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTTTTTAATCATCCTCCTCCACCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTCAGAATGTCTGGACTAATCCAAACACTGAAACTTATATGCAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101767 TTTCAGAATGTCTGGACTAATCCAAACACTGAAACTTATATGCAGCCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACCACGATGAATCCTATAACTCAGTATGTTCAG         GCATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101817 AACCACGATGAATCCTATAACTCAGTATGTTCAGGTA...CAGGCATATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTACTTACCCAAATTCACCAGTTCAGGTCATCACTGGATATCAGTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 CTACTTACCCAAATTCACCAGTTCAGGTCATCACTGGATATCAGTTGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTATATAATTATCAG         ATGCCACCACAGTGGCCTGTTGGGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103272 GTATATAATTATCAGGTA...AAGATGCCACCACAGTGGCCTGTTGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCAAAGGAGCTATGTTGTACCTCCG         GCTTATTCAGCTGTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104043 GCAAAGGAGCTATGTTGTACCTCCGGTA...TAGGCTTATTCAGCTGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACTACCACTGTAATGAAGTTGATCCAGGAGCTGAAGTTGTGCCAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104848 ACTACCACTGTAATGAAGTTGATCCAGGAGCTGAAGTTGTGCCAAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGTTCAGTTCATGAAGCTACTCCACCCTCTGGAAATGGCCCACAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104898 TGTTCAGTTCATGAAGCTACTCCACCCTCTGGAAATGGCCCACAAAAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736        AAATCTGTGGACCGAAGCATACAAACGGTGGTATCTTGTCTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104948 A...CAGAAATCTGTGGACCGAAGCATACAAACGGTGGTATCTTGTCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTAATCCAGAGAACAGACTGAGAAACTCTGTTGTTACTCAAGATGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106495 TTAATCCAGAGAACAGACTGAGAAACTCTGTTGTTACTCAAGATGACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTCAAG         GATAAAAGAGTGCATCACTTTAGAAGAAGTCGGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106545 TTCAAGGTA...CAGGATAAAAGAGTGCATCACTTTAGAAGAAGTCGGGC

    950     .    :    .
    870 AATGCTTAAATCTGTT
        ||||||||||||||||
 109922 AATGCTTAAATCTGTT