seq1 = pF1KE0704.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE0704/gi568815586f_56422024.tfa (gi568815586f:56422024_56689009), 266986 bp

>pF1KE0704 1221
>gi568815586f:56422024_56689009 (Chr12)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-233  (140394-140560)   99% ->
234-292  (146952-147010)   100% ->
293-384  (147876-147967)   100% ->
385-542  (149675-149832)   100% ->
543-622  (159161-159240)   100% ->
623-732  (159376-159485)   100% ->
733-779  (159810-159856)   100% ->
780-873  (160036-160129)   100% ->
874-951  (164826-164903)   100% ->
952-1062  (165531-165641)   100% ->
1063-1143  (166271-166351)   100% ->
1144-1221  (166909-166986)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTATCCGTGACTTCCAGGCCCGGGATTTCGACTTTTGGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTATCCGTGACTTCCAGGCCCGGGATTTCGACTTTTGGCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGAAACAACAAGAAG         CCATATGTGTCACTGGCTCAGCAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||| ||||||||||||
 100051 TAGAAACAACAAGAAGGTA...CAGCCATATGTGTCATTGGCTCAGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCACCACCTAGCCCAAGCAACAGTACACCTAACAGCAGTAGTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140419 TGGCACCACCTAGCCCAAGCAACAGTACACCTAACAGCAGTAGTGGAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGGAAATGACCAGCTGAGCAAAACCAACCTATACATCCGAGGATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140469 AATGGAAATGACCAGCTGAGCAAAACCAACCTATACATCCGAGGATTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCAGGCACTACTGACCAAGATCTTGTCAAGCTGTGTCAGCC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 140519 ACCAGGCACTACTGACCAAGATCTTGTCAAGCTGTGTCAGCCGTA...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  ATATGGCAAGATTGTTTCCACTAAGGCCATACTGGACAAGACCACAAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146951 GATATGGCAAGATTGTTTCCACTAAGGCCATACTGGACAAGACCACAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAATGTAAAG         GCTATGGCTTTGTAGATTTTGACAGCCCTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 147001 AAATGTAAAGGTG...CAGGCTATGGCTTTGTAGATTTTGACAGCCCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCAGCACAGAAAGCTGTAACAGCACTGAAGGCCAGCGGTGTACAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147907 AGCAGCACAGAAAGCTGTAACAGCACTGAAGGCCAGCGGTGTACAGGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATGGCAAAG         CAACAGGAACAGGACCCCACAAATTTATAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 147957 AGATGGCAAAGGTA...CAGCAACAGGAACAGGACCCCACAAATTTATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCTCAAACCTCCCACTGTCAATGGATGAGCAGGAACTGGAGGGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149705 ATCTCAAACCTCCCACTGTCAATGGATGAGCAGGAACTGGAGGGGATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGCCCTTTGGCCAGGTTATCTCCACCCGTATCCTTCGAGATACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149755 GAAGCCCTTTGGCCAGGTTATCTCCACCCGTATCCTTCGAGATACCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGACCAGCAGAGGTGTTGGCTTTGCAAG         GATGGAGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 149805 GGACCAGCAGAGGTGTTGGCTTTGCAAGGTG...TAGGATGGAGTCCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGAAGTGTGAAGCCATCATCACCCACTTTAATGGAAAATATATTAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159174 GAGAAGTGTGAAGCCATCATCACCCACTTTAATGGAAAATATATTAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCCCCTGGAGTACCAG         CCCCATCCGATCCCTTGCTTTGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 159224 ACCCCCTGGAGTACCAGGTG...CAGCCCCATCCGATCCCTTGCTTTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AATTTGCTGATGGCGGGCCAAAGAAACGACAGAACCAAGGAAAATTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159400 AATTTGCTGATGGCGGGCCAAAGAAACGACAGAACCAAGGAAAATTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAAAATGGACGGGCTTGGCCAAGGAATGCAGACATG         GGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 159450 CAAAATGGACGGGCTTGGCCAAGGAATGCAGACATGGTA...TAGGGCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATGGCCTTGACCTATGACCCCACCACAGCTCTTCAGAATGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 159815 CATGGCCTTGACCTATGACCCCACCACAGCTCTTCAGAATGGGTA...CA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780  GTTTTACCCAGCCCCCTATAACATCACCCCCAACAGGATGCTTGCTCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160035 GGTTTTACCCAGCCCCCTATAACATCACCCCCAACAGGATGCTTGCTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCTGCACTCTCCCCATACCTTTCCTCTCCTGTGTCTTCGTATCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 160085 TCTGCACTCTCCCCATACCTTTCCTCTCCTGTGTCTTCGTATCAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874     AGAGTGACTCAGACATCTCCTCTACAAGTACCTAACCCATCCTGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160135 .TAGAGAGTGACTCAGACATCTCCTCTACAAGTACCTAACCCATCCTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGCACCACCATTCATACCTCATGCAGCCTTCA         GGTTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 164872 TGCACCACCATTCATACCTCATGCAGCCTTCAGTG...TAGGGTTCAGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGACACCAGGGATGGACCATCCCATTTCTCTCCAGCCTGCCTCCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165540 CTGACACCAGGGATGGACCATCCCATTTCTCTCCAGCCTGCCTCCATGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGGACCCCTTACCCAGCAACTGGGCCATCTCTCCCTCAGCAGCACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165590 GGGACCCCTTACCCAGCAACTGGGCCATCTCTCCCTCAGCAGCACAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CG         TATATGCCGACGGCTGCAGCTATGCAAGGAGCTTACATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165640 CGGTA...TAGTATATGCCGACGGCTGCAGCTATGCAAGGAGCTTACATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCCCAGTACACCCCTGTGCCTTCTTCCAGTGTTTCAGTCGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 166310 TCCCAGTACACCCCTGTGCCTTCTTCCAGTGTTTCAGTCGAGGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144  GAGAGCAGCGGCCAACAGAACCAAGTGGCAGTGGACGCACCCTCAGAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166908 GGAGAGCAGCGGCCAACAGAACCAAGTGGCAGTGGACGCACCCTCAGAGC

   1300     .    :    .    :    .
   1193 ATGGGGTCTATTCTTTCCAGTTCAACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 166958 ATGGGGTCTATTCTTTCCAGTTCAACAAG