seq1 = pF1KE0701.tfa, 861 bp
seq2 = pF1KE0701/gi568815597f_28453640.tfa (gi568815597f:28453640_28677633), 223994 bp

>pF1KE0701 861
>gi568815597f:28453640_28677633 (Chr1)

1-27  (99472-99498)   100% ->
28-125  (100001-100098)   100% ->
126-225  (106994-107093)   100% ->
226-278  (107707-107759)   100% ->
279-410  (111064-111195)   100% ->
411-530  (113655-113774)   100% ->
531-693  (117537-117699)   100% ->
694-727  (118228-118261)   100% ->
728-861  (123861-123994)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCAGCCTGTGGATGGGCGAC         CTGGAACCCTACAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99472 ATGGCGGCCAGCCTGTGGATGGGCGACGTG...CAGCTGGAACCCTACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGATGAGAACTTCATCTCCAGAGCCTTTGCCACCATGGGGGAGACCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 GGATGAGAACTTCATCTCCAGAGCCTTTGCCACCATGGGGGAGACCGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGCGTCAAAATTATCCGAAACCGCCTCACTGG         GATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100065 TGAGCGTCAAAATTATCCGAAACCGCCTCACTGGGTA...CAGGATCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTGGCTACTGCTTTGTAGAATTTGCAGATTTGGCCACAGCTGAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107001 GCTGGCTACTGCTTTGTAGAATTTGCAGATTTGGCCACAGCTGAGAAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTGCATAAAATTAATGGGAAACCCCTTCCAGGAGCCACACCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107051 TTTGCATAAAATTAATGGGAAACCCCTTCCAGGAGCCACACCTGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   GCGAAACGTTTTAAACTGAACTATGCCACTTACGGGAAACAACCAGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107705 AGGCGAAACGTTTTAAACTGAACTATGCCACTTACGGGAAACAACCAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACAG         CCCTGAGTATTCCCTCTTTGTGGGGGACCTGACCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107755 AACAGGTA...CAGCCCTGAGTATTCCCTCTTTGTGGGGGACCTGACCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGACGTGGATGATGGCATGCTGTATGAATTCTTCGTCAAAGTCTACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111100 GGACGTGGATGATGGCATGCTGTATGAATTCTTCGTCAAAGTCTACCCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTGTCGGGGAGGCAAGGTGGTTTTGGACCAGACAGGCGTGTCTAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111150 CCTGTCGGGGAGGCAAGGTGGTTTTGGACCAGACAGGCGTGTCTAAGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411      GGGTTATGGTTTTGTGAAATTCACAGATGAACTGGAACAGAAGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111200 ..CAGGGGTTATGGTTTTGTGAAATTCACAGATGAACTGGAACAGAAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCCCTGACGGAGTGCCAGGGAGCAGTGGGACTGGGGTCTAAGCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113700 AGCCCTGACGGAGTGCCAGGGAGCAGTGGGACTGGGGTCTAAGCCTGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCTGAGCGTGGCAATCCCTAAAGC         GAGCCGTGTAAAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113750 GGCTGAGCGTGGCAATCCCTAAAGCGTG...AAGGAGCCGTGTAAAGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGGAATATAGTCAGATGTACAGTTATAGCTACAACCAGTATTATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117553 GTGGAATATAGTCAGATGTACAGTTATAGCTACAACCAGTATTATCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTACCAGAACTACTATGCTCAGTGGGGCTATGACCAGAACACAGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117603 GTACCAGAACTACTATGCTCAGTGGGGCTATGACCAGAACACAGGCAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAGCTACAGTTACCCCCAGTATGGCTATACCCAGAGCACCATGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117653 ACAGCTACAGTTACCCCCAGTATGGCTATACCCAGAGCACCATGCAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694       ACATATGAAGAAGTTGGAGATGATGCATTGGAAG         A
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117703 ...CAGACATATGAAGAAGTTGGAGATGATGCATTGGAAGGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCCCATGCCACAGCTGGATGTGACTGAGGCCAACAAGGAGTTCATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123862 CCCCATGCCACAGCTGGATGTGACTGAGGCCAACAAGGAGTTCATGGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGAGTGAGGAGCTGTATGACGCTCTGATGGACTGTCACTGGCAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123912 AGAGTGAGGAGCTGTATGACGCTCTGATGGACTGTCACTGGCAGCCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :
    829 GACACAGTGTCTTCAGAGATCCCTGCCATGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 123962 GACACAGTGTCTTCAGAGATCCCTGCCATGATG