seq1 = pF1KE0698.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KE0698/gi568815595r_18249173.tfa (gi568815595r:18249173_18520967), 271795 bp

>pF1KE0698 2289
>gi568815595r:18249173_18520967 (Chr3)

(complement)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-388  (103890-104066)   100% ->
389-515  (104835-104961)   100% ->
516-639  (105734-105857)   100% ->
640-751  (123678-123789)   100% ->
752-1206  (126052-126506)   100% ->
1207-1419  (134357-134569)   99% ->
1420-1575  (142643-142798)   100% ->
1576-1779  (168773-168976)   100% ->
1780-2289  (171286-171795)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCATTTGAACGAGGCAACTCAGGGGAAAGAACATTCAGAAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCATTTGAACGAGGCAACTCAGGGGAAAGAACATTCAGAAATGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACAATGTGAGTGATCCGAAGGGTCCACCAGCCAAGATTGCCCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAACAATGTGAGTGATCCGAAGGGTCCACCAGCCAAGATTGCCCGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGAACGGGAGCCCGCTAGGAAGAGGAAGGCTTGGGAGTACAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGAACGGGAGCCCGCTAGGAAGAGGAAGGCTTGGGAGTACAGGTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAATGCAGGGAGTGCCTTTAAAACACTCGGGCCATCTGATGAAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAATGCAGGGAGTGCCTTTAAAACACTCGGGCCATCTGATGAAAACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTTAGGAAAG         GAACCATGCTGCCAGTTTTCTGTGTGGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTTAGGAAAGGTA...TAGGAACCATGCTGCCAGTTTTCTGTGTGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACATTATGAAAACGCCATTGAATATGATTGCAAGGAGGAGCATGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103920 AACATTATGAAAACGCCATTGAATATGATTGCAAGGAGGAGCATGCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGTGCTGGTGAGAAAGGATATGCTTTTCAACCAGCTGATCGAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103970 TTTGTGCTGGTGAGAAAGGATATGCTTTTCAACCAGCTGATCGAAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTGCTGTCTCTAGGTTATTCACATAGCTCTGCTGCCCAGGCCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104020 ATTGCTGTCTCTAGGTTATTCACATAGCTCTGCTGCCCAGGCCAAAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389       GGCTAATCCAGGTTGGAAAGTGGAATCCAGTTCCACTGTCTTAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104070 ...TAGGGCTAATCCAGGTTGGAAAGTGGAATCCAGTTCCACTGTCTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGACAGATGCCCCTGATGCTACAGTAGCAGATATGCTTCAAGATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104879 GTGACAGATGCCCCTGATGCTACAGTAGCAGATATGCTTCAAGATGTGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCATGTGGTCACATTGAAAATTCAGTTACACAG         TTGCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104929 TCATGTGGTCACATTGAAAATTCAGTTACACAGGTG...TAGTTGCCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACTAGAAGACTTGCCTCCCGAACAATGGTCGCACACCACAGTGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105742 AACTAGAAGACTTGCCTCCCGAACAATGGTCGCACACCACAGTGAGGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTCTGAAGGACTTACTGAAAGATATGAATCAGAGTTCATTGGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 GCTCTGAAGGACTTACTGAAAGATATGAATCAGAGTTCATTGGCCAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGCCCCCTTTCACAG         AGTATGATTTCTTCCATTGTGAACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105842 GTGCCCCCTTTCACAGGTA...CAGAGTATGATTTCTTCCATTGTGAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTACTTACTATGCAAATGTCTCAGCAGCAAAATGTCAAGAATTTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123703 GTACTTACTATGCAAATGTCTCAGCAGCAAAATGTCAAGAATTTGGAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGTACAAACATTTCAAGAAGACAAAAGATATGATGG         TTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123753 TGGTACAAACATTTCAAGAAGACAAAAGATATGATGGGTA...TAGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATGGATAGTCTTTCTGAGCTATCCCAGCAAGGCGCCAATCATGTCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126056 AATGGATAGTCTTTCTGAGCTATCCCAGCAAGGCGCCAATCATGTCAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGGCCAGCAACCAGTTCCAGGGAACACAGCCGAGCAGCCTCCATCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126106 TTGGCCAGCAACCAGTTCCAGGGAACACAGCCGAGCAGCCTCCATCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCGCAGCTCTCCCATGGCAGCCAGCCCTCTGTCCGGACACCTCTTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126156 GCGCAGCTCTCCCATGGCAGCCAGCCCTCTGTCCGGACACCTCTTCCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTGCACCCTGGGCTCGTATCAACACCTATCAGTCCTCAATTGGTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126206 CCTGCACCCTGGGCTCGTATCAACACCTATCAGTCCTCAATTGGTCAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCAGCTGGTGATGGCTCAGCTGCTGAACCAGCAGTATGCAGTGAATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126256 AGCAGCTGGTGATGGCTCAGCTGCTGAACCAGCAGTATGCAGTGAATAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTTTAGCCCAGCAGTCCTTAAACCAACAATACTTGAACCACCCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126306 CTTTTAGCCCAGCAGTCCTTAAACCAACAATACTTGAACCACCCTCCCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGTCAGTAGATCTATGAATAAGCCTTTGGAGCAACAGGTTTCGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126356 TGTCAGTAGATCTATGAATAAGCCTTTGGAGCAACAGGTTTCGACCAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAGAGGTGTCTTCCGAAATCTACCAGTGGGTACGCGATGAACTGAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126406 CAGAGGTGTCTTCCGAAATCTACCAGTGGGTACGCGATGAACTGAAACGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCAGGAATCTCCCAGGCGGTATTTGCACGTGTGGCTTTTAACAGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126456 GCAGGAATCTCCCAGGCGGTATTTGCACGTGTGGCTTTTAACAGAACTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 G         GGCTTGCTTTCAGAAATCCTCCGAAAGGAAGAGGACCCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126506 GGTC...CAGGGCTTGCTTTCAGAAATCCTCCGAAAGGAAGAGGACCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGACTGCATCCCAGTCTTTGCTGGTAAACCTTCGGGCTATGCAGAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134397 AGACTGCATCCCAGTCTTTGCTGGTAAACCTTCGGGCTATGCAGAATTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTGCAGTTACCGGAAGCTGAAAGAGACCGAATATACCAGGACGAAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134447 TTGCAGTTACCGGAAGCTGAAAGAGACCGAATATACCAGGACGAAAGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AAGGAGCTTGAATGCTGCCTCGGCCATGGGTCCTGCCCCACTCATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 134497 AAGGAGCTTGAATGCTGCCTCGGCCATGGGTCCTGCCCCCCTCATCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CACCACCCAGCCGTCCTCCCCAG         GTGAAAACAGCTACTATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 134547 CACCACCCAGCCGTCCTCCCCAGGTG...TAGGTGAAAACAGCTACTATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCCACTGAAAGGAATGGGAAACCAGAGAACAATACCATGAACATTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142661 GCCACTGAAAGGAATGGGAAACCAGAGAACAATACCATGAACATTAATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TTCCATTTATGATGAGATTCAGCAGGAAATGAAGCGTGCTAAAGTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142711 TTCCATTTATGATGAGATTCAGCAGGAAATGAAGCGTGCTAAAGTGTCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AAGCACTGTTTGCAAAGGTTGCAGCAACCAAAAGCCAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 142761 AAGCACTGTTTGCAAAGGTTGCAGCAACCAAAAGCCAGGTA...AAGGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TGGTTGTGCGAGCTGTTACGCTGGAAAGAAGATCCTTCTCCAGAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168776 TGGTTGTGCGAGCTGTTACGCTGGAAAGAAGATCCTTCTCCAGAAAACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AACCCTGTGGGAGAACCTCTCCATGATCCGAAGGTTCCTCAGTCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168826 AACCCTGTGGGAGAACCTCTCCATGATCCGAAGGTTCCTCAGTCTTCCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGCCAGAACGTGATGCCATTTATGAACAGGAGAGCAACGCGGTGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168876 AGCCAGAACGTGATGCCATTTATGAACAGGAGAGCAACGCGGTGCATCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CATGGCGACAGGCCGCCCCACATTATCCATGTTCCAGCAGAGCAGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168926 CATGGCGACAGGCCGCCCCACATTATCCATGTTCCAGCAGAGCAGATTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 G         CAACAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168976 GGTT...CAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGGCACCGCCGCCTCCACAGCCACAGCAGCAGCCACAGACAGGCCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171326 AGGCACCGCCGCCTCCACAGCCACAGCAGCAGCCACAGACAGGCCCTCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CTCCCCCCACGGCAACCCACGGTGGCCTCTCCAGCAGAGTCAGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171376 CTCCCCCCACGGCAACCCACGGTGGCCTCTCCAGCAGAGTCAGATGAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 AAACCGACAGAAGACCCGGCCACGAACAAAAATTTCAGTGGAAGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171426 AAACCGACAGAAGACCCGGCCACGAACAAAAATTTCAGTGGAAGCCTTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GAATCCTCCAGAGTTTCATACAAGACGTGGGCCTGTACCCTGACGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171476 GAATCCTCCAGAGTTTCATACAAGACGTGGGCCTGTACCCTGACGAAGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GCCATCCAGACTCTGTCTGCCCAGCTCGACCTTCCCAAGTACACCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171526 GCCATCCAGACTCTGTCTGCCCAGCTCGACCTTCCCAAGTACACCATCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CAAGTTCTTTCAGAACCAGCGGTACTATCTCAAGCACCACGGCAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171576 CAAGTTCTTTCAGAACCAGCGGTACTATCTCAAGCACCACGGCAAACTGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 AGGACAATTCCGGTTTAGAGGTCGATGTGGCAGAATATAAAGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171626 AGGACAATTCCGGTTTAGAGGTCGATGTGGCAGAATATAAAGAAGAGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 CTGCTGAAGGATTTGGAAGAGAGTGTCCAAGATAAAAATACTAACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171676 CTGCTGAAGGATTTGGAAGAGAGTGTCCAAGATAAAAATACTAACACCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 TTTTTCAGTGAAACTAGAAGAAGAGCTGTCAGTGGAAGGAAACACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171726 TTTTTCAGTGAAACTAGAAGAAGAGCTGTCAGTGGAAGGAAACACAGACA

   2350     .    :    .    :
   2270 TTAATACTGATTTGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||
 171776 TTAATACTGATTTGAAAGAC