seq1 = pF1KE0694.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KE0694/gi568815596f_60917760.tfa (gi568815596f:60917760_61148767), 231008 bp

>pF1KE0694 1209
>gi568815596f:60917760_61148767 (Chr2)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-787  (113660-114354)   100% ->
788-913  (127967-128092)   100% ->
914-1209  (130713-131008)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCCAGCCGCCACCTCCCCCCAAACCCTGGGAGACCCGCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCCAGCCGCCACCTCCCCCCAAACCCTGGGAGACCCGCCGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCGGGAGCCGGACCGGGACCAGGACCGGGCCCCACTTTCCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 TCCGGGAGCCGGACCGGGACCAGGACCGGGCCCCACTTTCCAGTG...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  ATCTGCTGATTTGGGTCCTACTTTAATGACAAGACCTGGACAACCAGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113659 GATCTGCTGATTTGGGTCCTACTTTAATGACAAGACCTGGACAACCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTACCAGAGTGCCCCCACCTATTCTTCCAAGGCCATCACAGCAGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113709 CTTACCAGAGTGCCCCCACCTATTCTTCCAAGGCCATCACAGCAGACAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTAGCAGTGTGAACACTTTTAGACCTGCTTACAGTTCATTTTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113759 AAGTAGCAGTGTGAACACTTTTAGACCTGCTTACAGTTCATTTTCTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATATGGTGCCTATGGAAATTCATTTTATGGAGGCTATAGTCCTTATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113809 GATATGGTGCCTATGGAAATTCATTTTATGGAGGCTATAGTCCTTATAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGGATATAATGGGCTGGGCTACAACCGCCTCCGTGTAGATGATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113859 TATGGATATAATGGGCTGGGCTACAACCGCCTCCGTGTAGATGATCTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCCAGTAGATTTGTTCAGCAAGCTGAAGAAAGCAGCAGGGGTGCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113909 ACCCAGTAGATTTGTTCAGCAAGCTGAAGAAAGCAGCAGGGGTGCATTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGTCCATTGAAAGTATTGTGCATGCATTTGCCTCTGTCAGTATGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113959 AGTCCATTGAAAGTATTGTGCATGCATTTGCCTCTGTCAGTATGATGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGCTACCTTTTCAGCTGTCTATAACAGTTTCAGGGCTGTATTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114009 GATGCTACCTTTTCAGCTGTCTATAACAGTTTCAGGGCTGTATTGGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCAAATCACTTTTCCCGATTGAAAATACACTTTACAAAAGTGTTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114059 AGCAAATCACTTTTCCCGATTGAAAATACACTTTACAAAAGTGTTTTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTTTTGCATTGGTTAGGACTATACGGTATCTTTACAGACGGCTACAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114109 CTTTTGCATTGGTTAGGACTATACGGTATCTTTACAGACGGCTACAGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGTTAGGTTTAAGAAGAGGCTCTGAGAATGAAGACCTCTGGGCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114159 ATGTTAGGTTTAAGAAGAGGCTCTGAGAATGAAGACCTCTGGGCAGAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAAGGAACTGTGGCATGCCTTGGTGCTGAGGACCGAGCAGCTACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114209 TGAAGGAACTGTGGCATGCCTTGGTGCTGAGGACCGAGCAGCTACCTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAAAATCTTGGCCAATATTCTTGTTCTTTGCTGTTATCCTTGGTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114259 CAAAATCTTGGCCAATATTCTTGTTCTTTGCTGTTATCCTTGGTGGTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TACCTCATTTGGAAACTATTGTCTACTCACAGTGATGAAGTAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114309 TACCTCATTTGGAAACTATTGTCTACTCACAGTGATGAAGTAACAGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788      ACAGCATCAACTGGGCAAGTGGTGAGGATGACCATGTAGTTGCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114359 ..TAGACAGCATCAACTGGGCAAGTGGTGAGGATGACCATGTAGTTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GAGCAGAATATGATTTTGCTGCCGTATCTGAAGAAGAAATTTCTTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128012 GAGCAGAATATGATTTTGCTGCCGTATCTGAAGAAGAAATTTCTTTCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCTGGTGATATGCTGAACTTAGCTCTCAAAG         AACAACAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128062 GCTGGTGATATGCTGAACTTAGCTCTCAAAGGTA...CAGAACAACAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAAAGTGCGTGGTTGGCTTCTGGCTAGCCTTGATGGCCAAACAACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130723 CAAAGTGCGTGGTTGGCTTCTGGCTAGCCTTGATGGCCAAACAACAGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTATACCTGCGAATTATGTCAAAATTCTTGGCAAAAGAAAAGGTAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130773 TTATACCTGCGAATTATGTCAAAATTCTTGGCAAAAGAAAAGGTAGGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACGGTGGAATCAAGTAAAGTTTCCAAGCAGCAACAATCTTTTACCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130823 ACGGTGGAATCAAGTAAAGTTTCCAAGCAGCAACAATCTTTTACCAACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AACACTAACTAAAGGAGCCACGGTTGCTGATTCTTTGGATGAACAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130873 AACACTAACTAAAGGAGCCACGGTTGCTGATTCTTTGGATGAACAGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTGCCTTTGAATCTGTTTTTGTTGAAACTAATAAGGTTCCAGTTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130923 CTGCCTTTGAATCTGTTTTTGTTGAAACTAATAAGGTTCCAGTTGCACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1174 GATTCCATTGGGAAAGATGGAGAAAAGCAAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130973 GATTCCATTGGGAAAGATGGAGAAAAGCAAGATCTT