seq1 = pF1KE0690.tfa, 1203 bp
seq2 = pF1KE0690/gi568815578f_2002873.tfa (gi568815578f:2002873_2217375), 214503 bp

>pF1KE0690 1203
>gi568815578f:2002873_2217375 (Chr20)

1-493  (100001-100493)   100% ->
494-1203  (113794-114503)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACGGGGAAGGACGGCGCCCGCAGAGGTACACAAAGCCCGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACGGGGAAGGACGGCGCCCGCAGAGGTACACAAAGCCCGGAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAGGCGAAGCCCAGTGCCGCGGGCGCCCAGCACGAAGCTGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAAGGCGAAGCCCAGTGCCGCGGGCGCCCAGCACGAAGCTGAGGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGCGGCCCGGGCCATGGATCCGGTGGCGGCCGAGGCCCCGGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGCGGCCCGGGCCATGGATCCGGTGGCGGCCGAGGCCCCGGGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTTCCTGGCGCGGCGACGGCCTGAGGGCGGTGGCGGGTCCGCGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTTCCTGGCGCGGCGACGGCCTGAGGGCGGTGGCGGGTCCGCGCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGTTACAGCCTGTTGGCGGAGATCGGGCGCGGCAGCTACGGCGTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGTTACAGCCTGTTGGCGGAGATCGGGCGCGGCAGCTACGGCGTGGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGAGGCAGTGGCCGGGCGCAGCGGGGCCCGGGTGGCGGTCAAGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGAGGCAGTGGCCGGGCGCAGCGGGGCCCGGGTGGCGGTCAAGAAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCTGCGACGCCCCCGAGAACGTGGAGCTGGCGCTGGCTGAATTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCTGCGACGCCCCCGAGAACGTGGAGCTGGCGCTGGCTGAATTCTGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCACCAGCCTCAAGCGGCGCCACCAGAACGTCGTGCAGTTTGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCACCAGCCTCAAGCGGCGCCACCAGAACGTCGTGCAGTTTGAGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGTCCTGCAGCGCAATGGGTTAGCCCAGCGCATGAGTCACGGCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGTCCTGCAGCGCAATGGGTTAGCCCAGCGCATGAGTCACGGCAACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCTCGCAGCTTTACCTGCGCCTGGTGGAGACCTCGCTGAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100451 AGCTCGCAGCTTTACCTGCGCCTGGTGGAGACCTCGCTGAAAGGTA...T

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494   GAGAAAGGATCCTGGGTTATGCTGAGGAGCCCTGCTATCTCTGGTTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113792 AGGAGAAAGGATCCTGGGTTATGCTGAGGAGCCCTGCTATCTCTGGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCATGGAGTTCTGTGAAGGTGGAGACCTGAATCAGTATGTCCTGTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113842 TCATGGAGTTCTGTGAAGGTGGAGACCTGAATCAGTATGTCCTGTCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGGCCAGACCCAGCCACCAACAAAAGTTTCATGCTACAGCTGACGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113892 AGGCCAGACCCAGCCACCAACAAAAGTTTCATGCTACAGCTGACGAGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATTGCCTTCCTGCACAAAAACCATATTGTGCACAGGGACCTGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113942 CATTGCCTTCCTGCACAAAAACCATATTGTGCACAGGGACCTGAAGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAACATCCTCATCACAGAGCGGTCTGGCACCCCCATCCTCAAAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113992 ACAACATCCTCATCACAGAGCGGTCTGGCACCCCCATCCTCAAAGTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACTTTGGACTAAGCAAGGTCTGTGCTGGGCTGGCACCCCGAGGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114042 GACTTTGGACTAAGCAAGGTCTGTGCTGGGCTGGCACCCCGAGGCAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGCAATCAAGACAACAAAAATGTGAATGTGAATAAGTACTGGCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114092 GGGCAATCAAGACAACAAAAATGTGAATGTGAATAAGTACTGGCTGTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAGCCTGCGGTTCGGACTTCTACATGGCTCCTGAAGTCTGGGAGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114142 CAGCCTGCGGTTCGGACTTCTACATGGCTCCTGAAGTCTGGGAGGGACAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TACACAGCCAAGGCGGACATCTTTGCCCTGGGCATTATCATCTGGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114192 TACACAGCCAAGGCGGACATCTTTGCCCTGGGCATTATCATCTGGGCAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GATAGAAAGAATCACTTTTATTGACTCTGAGACCAAGAAGGAGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114242 GATAGAAAGAATCACTTTTATTGACTCTGAGACCAAGAAGGAGCTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGACCTACATTAAACAGGGGACTGAGATCGTCCCTGTTGGTGAGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114292 GGACCTACATTAAACAGGGGACTGAGATCGTCCCTGTTGGTGAGGCGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTAGAAAACCCAAAGATGGAGTTGCACATCCCCCAAAAACGCAGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114342 CTAGAAAACCCAAAGATGGAGTTGCACATCCCCCAAAAACGCAGGACTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CATGTCTGAGGGGATCAAGCAGCTCTTGAAAGATATGTTAGCTGCTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114392 CATGTCTGAGGGGATCAAGCAGCTCTTGAAAGATATGTTAGCTGCTAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CACAGGACCGGCCTGATGCCTTTGAACTTGAAACCAGAATGGACCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114442 CACAGGACCGGCCTGATGCCTTTGAACTTGAAACCAGAATGGACCAGGTC

   1200     .    :
   1192 ACATGTGCTGCT
        ||||||||||||
 114492 ACATGTGCTGCT