seq1 = pF1KE0689.tfa, 840 bp
seq2 = pF1KE0689/gi568815594f_99716914.tfa (gi568815594f:99716914_99968182), 251269 bp

>pF1KE0689 840
>gi568815594f:99716914_99968182 (Chr4)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-224  (118710-118832)   100% ->
225-358  (123376-123509)   100% ->
359-489  (136305-136435)   100% ->
490-537  (144665-144712)   100% ->
538-600  (146097-146159)   100% ->
601-686  (146857-146942)   100% ->
687-774  (149121-149208)   98% ->
775-840  (151204-151269)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGAGCAGAACTTCTAGAAGGGAAGATGAGCACCCAGGATCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGAGCAGAACTTCTAGAAGGGAAGATGAGCACCCAGGATCCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATCTGTGGAGCAGATCCGATGGAGAGGCTGAGCTGCTCCAGGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATCTGTGGAGCAGATCCGATGGAGAGGCTGAGCTGCTCCAGGACTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         GTGGTATCACGGCAACCTCACACGCCATGCTGCTGAAGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...TAGGTGGTATCACGGCAACCTCACACGCCATGCTGCTGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTCTCCTCTCAAATGGATGTGACGGCAGCTACCTTCTGAGGGACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118750 CTTCTCCTCTCAAATGGATGTGACGGCAGCTACCTTCTGAGGGACAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGACCACCGGGCTGTACTCTCTCTCTGTGAG         GGCCAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118800 TGAGACCACCGGGCTGTACTCTCTCTCTGTGAGGTA...TAGGGCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTCTGTTAAACACTTTCATGTTGAATATACTGGATATTCATTTAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123384 ATTCTGTTAAACACTTTCATGTTGAATATACTGGATATTCATTTAAATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTTTAATGAATTCTCATCTTTGAAGGATTTTGTCAAGCATTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123434 GGCTTTAATGAATTCTCATCTTTGAAGGATTTTGTCAAGCATTTTGCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGCCTTTGATTGGAAGCGAGACAG         GCACTCTGATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123484 TCAGCCTTTGATTGGAAGCGAGACAGGTA...CAGGCACTCTGATGGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAAACATCCCTACCCAAGAAAAGTGGAAGAACCCTCCATTTATGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136320 TAAAACATCCCTACCCAAGAAAAGTGGAAGAACCCTCCATTTATGAATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCGGGTTCACACAGCAATGCAGACAGGAAGAACAGAAGATGACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136370 GTCCGGGTTCACACAGCAATGCAGACAGGAAGAACAGAAGATGACCTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCCACAGCACCTTCT         CTGGGCACCAAAGAAGGTTACCTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 136420 GCCCACAGCACCTTCTGTA...CAGCTGGGCACCAAAGAAGGTTACCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAAACAGGGAGGCCTGGTCAAG         ACCTGGAAAACAAGATGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 144690 CCAAACAGGGAGGCCTGGTCAAGGTA...CAGACCTGGAAAACAAGATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTACTCTGCACAGGAATGAACTGAAATACTTCAAAGACCAGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 146115 TTTACTCTGCACAGGAATGAACTGAAATACTTCAAAGACCAGATGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601     TCACCAGAACCAATTCGGATCCTAGACCTAACAGAATGTTCAGCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146165 .TAGTCACCAGAACCAATTCGGATCCTAGACCTAACAGAATGTTCAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TACAATTCGATTATTCACAAGAAAGGGTAAACTGTTTTTG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 146903 TACAATTCGATTATTCACAAGAAAGGGTAAACTGTTTTTGGTA...TAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTGGTATTTCCATTCAGGACATTTTATCTCTGTGCAAAGACAGGAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 149122 TTGGTATTTCCATTCAGGACATTTTATCTCTGTGCAAAGACCGGAGTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGCTGATGAGTGGATCAAGATATTACGCTGGAAATTG         TCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 149172 AGCTGATGAGTGGATCAAGATATTACGCTGGAAATTGGTG...CAGTCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAATAAGAAAACAGCTCAACCAAGGGGAAGGCACGATCCGATCTCGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151208 AAATAAGAAAACAGCTCAACCAAGGGGAAGGCACGATCCGATCTCGGTCG

    900     .    :
    829 TTCATCTTTAAA
        ||||||||||||
 151258 TTCATCTTTAAA