seq1 = pF1KE0688.tfa, 1203 bp
seq2 = pF1KE0688/gi568815588f_5997066.tfa (gi568815588f:5997066_6215553), 218488 bp

>pF1KE0688 1203
>gi568815588f:5997066_6215553 (Chr10)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-240  (104206-104322)   100% ->
241-407  (107866-108032)   100% ->
408-505  (109076-109173)   100% ->
506-562  (111621-111677)   100% ->
563-704  (112921-113062)   100% ->
705-856  (115145-115296)   100% ->
857-930  (116443-116516)   100% ->
931-1029  (116984-117082)   100% ->
1030-1102  (118174-118246)   100% ->
1103-1203  (118388-118488)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTGTACGATGACCTAGGAGTGGAGACCAGTGACTCAAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTGTACGATGACCTAGGAGTGGAGACCAGTGACTCAAAAACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCTGGTCCAAAAACTTCAAACTTCTGCAGTCTCAGCTTCAGGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCTGGTCCAAAAACTTCAAACTTCTGCAGTCTCAGCTTCAGGTGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCAGCTCTCACTCAGGCAAAG         AGCCAAAGGACGAAACAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 AGGCAGCTCTCACTCAGGCAAAGGTA...TAGAGCCAAAGGACGAAACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTACAGTCCTCGCCCCAGTCATTGACCTGAAGCGAGGTGGCTCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104224 AGTACAGTCCTCGCCCCAGTCATTGACCTGAAGCGAGGTGGCTCCTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACCGGCAAATTGTGGACACTCCACCGCATGTAGCAGCTGGGCTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104274 TGACCGGCAAATTGTGGACACTCCACCGCATGTAGCAGCTGGGCTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GATCCTGTTCCCAGTGGGTTTTCTGCAGGGGAAGTTCTGATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104324 TA...CAGGATCCTGTTCCCAGTGGGTTTTCTGCAGGGGAAGTTCTGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCTTAGCTGACGAATATGACCCTATGTTTCCTAATGATTATGAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107908 CCCTTAGCTGACGAATATGACCCTATGTTTCCTAATGATTATGAGAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGAAGCGCCAAAGAGAGGAACGACAGAGACAGCGGGAGCTGGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107958 AGTGAAGCGCCAAAGAGAGGAACGACAGAGACAGCGGGAGCTGGAAAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAAGGAAATAGAAGAAAGGGAAAA         AAGGCGTAAAGACAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108008 AAAAGGAAATAGAAGAAAGGGAAAAGTA...CAGAAGGCGTAAAGACAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGAAGCAAGTGGGTTTGCAAGGAGACCAGATCCAGATTCTGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109092 CATGAAGCAAGTGGGTTTGCAAGGAGACCAGATCCAGATTCTGATGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAAGATTATGAGCGAGAGAGGAGGAAAAGAA         GTATGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109142 TGAAGATTATGAGCGAGAGAGGAGGAAAAGAAGTA...CAGGTATGGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGCTGCCATTGCCCCACCCACTTCTCTGGTAGAGAAAGACAAAGAGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111630 GAGCTGCCATTGCCCCACCCACTTCTCTGGTAGAGAAAGACAAAGAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563        TACCCCGAGATTTTCCTTATGAAGAGGACTCAAGACCTCGATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111680 A...TAGTACCCCGAGATTTTCCTTATGAAGAGGACTCAAGACCTCGATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACAGTCTTCCAAAGCAGCCATTCCTCCCCCAGTGTACGAGGAACAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112964 ACAGTCTTCCAAAGCAGCCATTCCTCCCCCAGTGTACGAGGAACAAGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GACCGAGATCTCCAACCGGACCTAGCAACTCCTTCCTCGCTAACATGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113014 GACCGAGATCTCCAACCGGACCTAGCAACTCCTTCCTCGCTAACATGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         GGGCACGGTGGCGCACAAGATCATGCAGAAGTACGGCTTCCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113064 TA...CAGGGGCACGGTGGCGCACAAGATCATGCAGAAGTACGGCTTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGGCCAGGGTCTGGGGAAGCATGAGCAGGGCCTGAGCACTGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115187 GGAGGGCCAGGGTCTGGGGAAGCATGAGCAGGGCCTGAGCACTGCCTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGTGGAGAAGACCAGCAAGCGTGGCGGCAAGATCATCGTGGGCGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115237 CAGTGGAGAAGACCAGCAAGCGTGGCGGCAAGATCATCGTGGGCGACGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACAGAGAAAG         ATGCATCCAAGAAGTCAGATTCAAATCCGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115287 ACAGAGAAAGGTG...CAGATGCATCCAAGAAGTCAGATTCAAATCCGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GACTGAAATACTTAAGTGTCCTACTAAAGTGGTCTTACTAAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116474 GACTGAAATACTTAAGTGTCCTACTAAAGTGGTCTTACTAAGGGTA...A

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    931   AACATGGTTGGTGCGGGAGAGGTGGATGAAGACTTGGAAGTTGAAACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116982 AGAACATGGTTGGTGCGGGAGAGGTGGATGAAGACTTGGAAGTTGAAACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGAAGAATGTGAAAAATATGGCAAAGTTGGAAAATGTGTGATATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117032 AAGGAAGAATGTGAAAAATATGGCAAAGTTGGAAAATGTGTGATATTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 A         ATTCCTGGTGCCCCTGATGATGAAGCAGTACGGATATTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117082 AGTA...CAGATTCCTGGTGCCCCTGATGATGAAGCAGTACGGATATTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAGAATTTGAGAGAGTTGAATCAGCAATTAAAG         CGGTTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118214 TAGAATTTGAGAGAGTTGAATCAGCAATTAAAGGTT...CAGCGGTTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACTTGAATGGGAGGTATTTTGGTGGACGGGTGGTAAAAGCATGTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118396 GACTTGAATGGGAGGTATTTTGGTGGACGGGTGGTAAAAGCATGTTTCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAATTTGGACAAATTCAGGGTCTTGGATTTGGCAGAACAAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118446 CAATTTGGACAAATTCAGGGTCTTGGATTTGGCAGAACAAGTT