seq1 = pF1KE0680.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE0680/gi568815579f_48370352.tfa (gi568815579f:48370352_48579207), 208856 bp

>pF1KE0680 1197
>gi568815579f:48370352_48579207 (Chr19)

1-19  (99157-99175)   100% ->
20-167  (100002-100149)   100% ->
168-234  (100252-100318)   100% ->
235-353  (101974-102092)   100% ->
354-434  (102947-103027)   100% ->
435-547  (103554-103666)   100% ->
548-696  (103831-103979)   100% ->
697-808  (104487-104598)   100% ->
809-885  (107718-107794)   100% ->
886-957  (107924-107995)   100% ->
958-1112  (108087-108241)   100% ->
1113-1197  (108772-108856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACGGCGTCTATG         AACCCCCAGACCTGACTCCGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  99157 ATGGAGGACGGCGTCTATGGTA...TAGAACCCCCAGACCTGACTCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAGCGGATGGAGCTGGAGAACATCCGGCGGCGGAAGCAGGAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 GGAGCGGATGGAGCTGGAGAACATCCGGCGGCGGAAGCAGGAGCTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGATTCAGCGCCTGCGGGAGGAGCTCAGTGAAGCCATGAGCGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 TGGAGATTCAGCGCCTGCGGGAGGAGCTCAGTGAAGCCATGAGCGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGGGCTGGAGGCCAATGAGGGCAG         TAAGACCTTGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100124 GAGGGGCTGGAGGCCAATGAGGGCAGGTG...CAGTAAGACCTTGCAACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACCGGAAGATGGCAATGGGCAGGAAGAAGTTCAACATGGACCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100267 GAACCGGAAGATGGCAATGGGCAGGAAGAAGTTCAACATGGACCCCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AG         GGGATCCAGTTCTTGGTGGAGAATGAACTGCTGCAGAAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 AGGTG...CAGGGGATCCAGTTCTTGGTGGAGAATGAACTGCTGCAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACACCCGAGGAGATCGCCCGCTTCCTGTACAAGGGCGAGGGGCTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 ACACCCGAGGAGATCGCCCGCTTCCTGTACAAGGGCGAGGGGCTGAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACAGCCATCGGGGACTACCTGGGGGAGAG         GGAAGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102063 GACAGCCATCGGGGACTACCTGGGGGAGAGGTA...CAGGGAAGAACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCTGGCAGTGCTCCATGCTTTTGTGGATCTGCATGAGTTCACCGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 ACCTGGCAGTGCTCCATGCTTTTGTGGATCTGCATGAGTTCACCGACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATCTGGTGCAGGCCCTCAG         GCAGTTTCTATGGAGCTTTCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103008 AATCTGGTGCAGGCCCTCAGGTG...CAGGCAGTTTCTATGGAGCTTTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCTACCCGGAGAGGCCCAGAAAATTGACCGGATGATGGAGGCCTTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103575 CCTACCCGGAGAGGCCCAGAAAATTGACCGGATGATGGAGGCCTTCGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCGATACTGCCTGTGCAACCCTGGGGTTTTCCAGTCCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103625 AGCGATACTGCCTGTGCAACCCTGGGGTTTTCCAGTCCACAGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    548  ACACGTGCTATGTGCTGTCCTTCGCCGTCATCATGCTCAACACCAGTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103830 GACACGTGCTATGTGCTGTCCTTCGCCGTCATCATGCTCAACACCAGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCACAATCCCAATGTCCGGGACAAGCCGGGCCTGGAGCGCTTTGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103880 CCACAATCCCAATGTCCGGGACAAGCCGGGCCTGGAGCGCTTTGTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGAACCGGGGCATCAACGAGGGCGGGGACCTGCCTGAGGAGCTGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 TGAACCGGGGCATCAACGAGGGCGGGGACCTGCCTGAGGAGCTGCTCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697          AACCTGTACGACAGCATCCGAAATGAGCCCTTCAAGATTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103980 GTC...CAGAACCTGTACGACAGCATCCGAAATGAGCCCTTCAAGATTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGGATGACGGGAATGACCTGACCCACACCTTCTTCAACCCGGACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104528 TGAGGATGACGGGAATGACCTGACCCACACCTTCTTCAACCCGGACCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGGCTGGCTCCTGAAGCTGG         GGGGCCGGGTGAAGACGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104578 AGGGCTGGCTCCTGAAGCTGGGTA...CAGGGGGCCGGGTGAAGACGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGCGGCGCTGGTTTATCCTCACAGACAACTGCCTCTACTACTTTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107738 AAGCGGCGCTGGTTTATCCTCACAGACAACTGCCTCTACTACTTTGAGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACCACG         GACAAGGAGCCCCGAGGAATCATCCCCCTGGAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107788 CACCACGGTG...CAGGACAAGGAGCCCCGAGGAATCATCCCCCTGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATCTGAGCATCCGAGAGGTGGACGACCCCCGGAAACCG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107958 ATCTGAGCATCCGAGAGGTGGACGACCCCCGGAAACCGGTA...CAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TGCTTTGAACTTTACATCCCCAACAACAAGGGGCAGCTCATCAAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108090 TGCTTTGAACTTTACATCCCCAACAACAAGGGGCAGCTCATCAAAGCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAAAACTGAGGCGGACGGCCGAGTGGTGGAGGGAAACCACATGGTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108140 CAAAACTGAGGCGGACGGCCGAGTGGTGGAGGGAAACCACATGGTGTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGATCTCGGCCCCCACGCAGGAGGAGAAGGACGAGTGGATCAAGTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108190 GGATCTCGGCCCCCACGCAGGAGGAGAAGGACGAGTGGATCAAGTCCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CA         GGCGGCTGTGAGTGTGGACCCCTTCTATGAGATGCTGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108240 CAGTG...CAGGGCGGCTGTGAGTGTGGACCCCTTCTATGAGATGCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1152 AGCGAGAAAGAAGCGGATTTCAGTCAAGAAGAAGCAGGAGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108811 AGCGAGAAAGAAGCGGATTTCAGTCAAGAAGAAGCAGGAGCAGCCC