seq1 = pF1KE0678.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KE0678/gi568815593f_147139635.tfa (gi568815593f:147139635_147483980), 344346 bp

>pF1KE0678 1188
>gi568815593f:147139635_147483980 (Chr5)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-108  (138490-138545)   100% ->
109-260  (139613-139764)   100% ->
261-434  (184264-184437)   100% ->
435-472  (203372-203409)   100% ->
473-562  (211431-211520)   100% ->
563-660  (221883-221980)   100% ->
661-777  (231020-231136)   100% ->
778-903  (233535-233660)   100% ->
904-1032  (235456-235584)   100% ->
1033-1097  (243807-243871)   100% ->
1098-1188  (244256-244346)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGCGAACACTTCAAGAAAACCACCAGTGTTTGATGAAAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGCGAACACTTCAAGAAAACCACCAGTGTTTGATGAAAATGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TG         TCAACTTTGACCACTTTGAAATTTTGCGAGCCATTGGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTA...CAGTCAACTTTGACCACTTTGAAATTTTGCGAGCCATTGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGGCAGTTTTGGGAAG         GTCTGCATTGTACAGAAGAATGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 138529 AAGGCAGTTTTGGGAAGGTG...TAGGTCTGCATTGTACAGAAGAATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACCAAGAAGATGTACGCAATGAAGTACATGAATAAACAAAAGTGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139637 ACCAAGAAGATGTACGCAATGAAGTACATGAATAAACAAAAGTGCGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCGCAATGAAGTGAGAAATGTCTTCAAGGAACTCCAGATCATGCAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139687 GCGCAATGAAGTGAGAAATGTCTTCAAGGAACTCCAGATCATGCAGGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAGCACCCTTTCCTGGTTAATTTGTG         GTATTCCTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 139737 TGGAGCACCCTTTCCTGGTTAATTTGTGGTG...CAGGTATTCCTTCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGAGGAAGACATGTTCATGGTGGTGGACCTCCTGCTGGGTGGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184277 GATGAGGAAGACATGTTCATGGTGGTGGACCTCCTGCTGGGTGGAGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCGTTATCACCTGCAACAGAACGTCCACTTCAAGGAAGAAACAGTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184327 GCGTTATCACCTGCAACAGAACGTCCACTTCAAGGAAGAAACAGTGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTTCATCTGTGAGCTGGTCATGGCCCTGGACTACCTGCAGAACCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184377 TCTTCATCTGTGAGCTGGTCATGGCCCTGGACTACCTGCAGAACCAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCATTCACAG         GGATATGAAGCCTGACAATATTTTACTTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 184427 ATCATTCACAGGTC...TAGGGATATGAAGCCTGACAATATTTTACTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAACATG         GGCACGTGCACATCACAGATTTCAACATTGCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 203402 CGAACATGGTA...CAGGGCACGTGCACATCACAGATTTCAACATTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGATGCTGCCCAGGGAGACACAGATTACCACCATGGCTGGCACCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211464 CGATGCTGCCCAGGGAGACACAGATTACCACCATGGCTGGCACCAAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACATGG         CACCTGAGATGTTCAGCTCCAGAAAAGGAGCAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211514 TACATGGGTA...CAGCACCTGAGATGTTCAGCTCCAGAAAAGGAGCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTATTCCTTTGCTGTTGACTGGTGGTCCCTGGGAGTGACGGCATATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221917 CTATTCCTTTGCTGTTGACTGGTGGTCCCTGGGAGTGACGGCATATGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCTGAGAGGCCGG         AGACCGTATCATATTCGCTCCAGTACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 221967 TGCTGAGAGGCCGGGTA...AAGAGACCGTATCATATTCGCTCCAGTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCCAGCAAGGAAATTGTACACACGTTTGAGACGACTGTTGTAACTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231047 TCCAGCAAGGAAATTGTACACACGTTTGAGACGACTGTTGTAACTTACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTCTGCCTGGTCACAGGAAATGGTGTCACTTCTTAAAAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 231097 TTCTGCCTGGTCACAGGAAATGGTGTCACTTCTTAAAAAGGTA...CAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TACTCGAACCTAATCCAGACCAACGATTTTCTCAGTTATCTGATGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233536 TACTCGAACCTAATCCAGACCAACGATTTTCTCAGTTATCTGATGTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACTTCCCGTATATGAATGATATAAACTGGGATGCAGTTTTTCAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233586 AACTTCCCGTATATGAATGATATAAACTGGGATGCAGTTTTTCAGAAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTCATTCCAGGTTTCATTCCTAAT         AAAGGCAGGCTGAATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 233636 GCTCATTCCAGGTTTCATTCCTAATGTG...CAGAAAGGCAGGCTGAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GTGATCCTACCTTTGAACTTGAGGAAATGATTTTGGAGTCCAAACCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235472 GTGATCCTACCTTTGAACTTGAGGAAATGATTTTGGAGTCCAAACCTCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CATAAGAAAAAAAAGCGTCTGGCAAAGAAGGAGAAGGATATGAGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235522 CATAAGAAAAAAAAGCGTCTGGCAAAGAAGGAGAAGGATATGAGGAAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGATTCTTCTCAG         ACATGTCTTCTTCAAGAGCACCTTGACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 235572 CGATTCTTCTCAGGTA...AAGACATGTCTTCTTCAAGAGCACCTTGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTGTCCAGAAGGAGTTCATAATTTTCAACAGAGAAAA         AGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 243835 CTGTCCAGAAGGAGTTCATAATTTTCAACAGAGAAAAGTA...AAGAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AACAGGGACTTTAACAAAAGACAACCAAATCTAGCCTTGGAACAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244260 AACAGGGACTTTAACAAAAGACAACCAAATCTAGCCTTGGAACAAACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1152 AGACCCACAAGGTGAGGATGGTCAGAATAACAACTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244310 AGACCCACAAGGTGAGGATGGTCAGAATAACAACTTG