seq1 = pF1KE0676.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KE0676/gi568815584f_96733472.tfa (gi568815584f:96733472_96976122), 242651 bp

>pF1KE0676 1188
>gi568815584f:96733472_96976122 (Chr14)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-216  (104291-104346)   100% ->
217-286  (112624-112693)   100% ->
287-374  (113786-113873)   100% ->
375-483  (119360-119468)   100% ->
484-576  (119603-119695)   100% ->
577-709  (121753-121885)   99% ->
710-830  (122659-122779)   100% ->
831-889  (123057-123115)   100% ->
890-1068  (127086-127264)   100% ->
1069-1159  (142559-142649)   100% ->
1160-1188  (147706-147734)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCGTGTAAAAGCAGCTCAAGCTGGAAGACAGAGCTCTGCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCGTGTAAAAGCAGCTCAAGCTGGAAGACAGAGCTCTGCAAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATCTTGCAGAACAATTTGCAGTTGGAGAGATAATAACTGACATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATCTTGCAGAACAATTTGCAGTTGGAGAGATAATAACTGACATGGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAGGAATGGAAAGTAGGATTACCCATTGGCCAAGGAGGCTTTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAAGGAATGGAAAGTAGGATTACCCATTGGCCAAGGAGGCTTTGGCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATATATCTTG         CTGATATGAATTCTTCAGAGTCAGTTGGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATATATCTTGGTA...CAGCTGATATGAATTCTTCAGAGTCAGTTGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGCACCTTGTGTTGTAAAAGTG         GAACCCAGTGACAATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104322 TGATGCACCTTGTGTTGTAAAAGTGGTA...AAGGAACCCAGTGACAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCTCTTTTTACTGAATTAAAGTTCTACCAACGAGCTGCAAAACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112640 GACCTCTTTTTACTGAATTAAAGTTCTACCAACGAGCTGCAAAACCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAA         TTCAGAAATGGATTCGTACCCGTAAGCTGAAGTACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112690 CAAAGTA...TAGTTCAGAAATGGATTCGTACCCGTAAGCTGAAGTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGTGTTCCTAAGTATTGGGGGTCTGGTCTACATGACAAAAATGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113823 GGGTGTTCCTAAGTATTGGGGGTCTGGTCTACATGACAAAAATGGAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 G         TTACAGGTTTATGATAATGGATCGCTTTGGGAGTGACCTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113873 GGTA...CAGTTACAGGTTTATGATAATGGATCGCTTTGGGAGTGACCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGAAAATATATGAAGCAAATGCCAAAAGGTTTTCTCGGAAAACTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119400 CAGAAAATATATGAAGCAAATGCCAAAAGGTTTTCTCGGAAAACTGTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGCTAAGCTTAAGAATT         CTGGATATTCTGGAATATATTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119450 GCAGCTAAGCTTAAGAATTGTA...TAGCTGGATATTCTGGAATATATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACGAGCATGAGTATGTGCATGGAGATATCAAGGCCTCAAATCTTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119625 ACGAGCATGAGTATGTGCATGGAGATATCAAGGCCTCAAATCTTCTTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACTACAAGAATCCTGACCAG         GTGTACTTGGTAGATTATGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 119675 AACTACAAGAATCCTGACCAGGTA...TAGGTGTACTTGGTAGATTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTTGCTTATCGGTACTGCCCAGAAGGAGTTCATAAAGAATACAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121773 CCTTGCTTATCGGTACTGCCCAGAAGGAGTTCATAAAGAATACAAAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCCCAAAAGATGTCACGATGGCACTATTGAATTCACGAGCATCGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121823 ACCCCAAAAGATGTCACGATGGCACTATTGAATTCACGAGCATCGATGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CACAATGGTGTGG         CCCCATCAAGACGTGGTGATTTGGAAAT
        |||||||| ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 121873 CACAATGGCGTGGGTA...TAGCCCCATCAAGACGTGGTGATTTGGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACTTGGTTATTGCATGATCCAATGGCTTACTGGCCATCTTCCTTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122687 ACTTGGTTATTGCATGATCCAATGGCTTACTGGCCATCTTCCTTGGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATAATTTGAAAGATCCTAAATATGTTAGAGATTCCAAAATTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122737 ATAATTTGAAAGATCCTAAATATGTTAGAGATTCCAAAATTAGGTA...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    831   ATACAGAGAAAATATTGCAAGTTTGATGGACAAATGTTTTCCTGAGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123055 AGATACAGAGAAAATATTGCAAGTTTGATGGACAAATGTTTTCCTGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAACAAACCAG         GTGAAATTGCCAAATACATGGAAACAGTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123105 AAACAAACCAGGTA...TAGGTGAAATTGCCAAATACATGGAAACAGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AATTACTAGACTACACTGAAAAACCTCTTTATGAAAATTTACGTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127116 AATTACTAGACTACACTGAAAAACCTCTTTATGAAAATTTACGTGACATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTTTTGCAAGGACTAAAAGCTATAGGAAGTAAGGATGATGGCAAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127166 CTTTTGCAAGGACTAAAAGCTATAGGAAGTAAGGATGATGGCAAATTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTCAGTGTTGTGGAGAATGGAGGTTTGAAAGCAAAAACAATAACAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127216 CCTCAGTGTTGTGGAGAATGGAGGTTTGAAAGCAAAAACAATAACAAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069         AAGCGAAAGAAAGAAATTGAAGAAAGCAAGGAACCTGGTGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127266 TG...AAGAAGCGAAAGAAAGAAATTGAAGAAAGCAAGGAACCTGGTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAGATACGGAATGGTCAAACACACAGACAGAGGAGGCCATACAGACCC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 142601 GAAGATACGGAATGGTCAAACACACAGACAGAGGAGGCCATACAGACCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1160         GTTCAAGAACCAGAAAGAGAGTCCAGAAG
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 142651 TA...AAGGTTCAAGAACCAGAAAGAGAGTCCAGAAG