seq1 = pF1KE0671.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KE0671/gi568815595r_50507610.tfa (gi568815595r:50507610_50708594), 200985 bp

>pF1KE0671 774
>gi568815595r:50507610_50708594 (Chr3)

(complement)

1-20  (96945-96964)   100% ->
21-241  (100002-100222)   100% ->
242-774  (100453-100985)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCTCTGCGTTCAGGG         ACCTCGTCCTTTGCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  96945 ATGGTCCTCTGCGTTCAGGGGTA...TAGACCTCGTCCTTTGCTGGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAGCGGACTGGGCAGCGGCCCCTGTGGGCCCCGTCCCTGGAACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 GGAGCGGACTGGGCAGCGGCCCCTGTGGGCCCCGTCCCTGGAACTGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCAGTCATGCAGCCCTTGCCTGCTGGGGCCTTCCTCGAGGAGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 AGCCAGTCATGCAGCCCTTGCCTGCTGGGGCCTTCCTCGAGGAGGTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGGTACCCCAGCCCAGACAGAGAGTGAGCCAAAGGTGCTGGACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100123 GAGGGTACCCCAGCCCAGACAGAGAGTGAGCCAAAGGTGCTGGACCCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGATCTGCTGTGCATAGCCAAGACCTTCTCCTACCTTCGGGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100173 GGAGGATCTGCTGTGCATAGCCAAGACCTTCTCCTACCTTCGGGAATCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          GCTGGTATTGGGGTTCCATTACGGCCAGCGAGGCCCGACAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100223 GTG...TAGGCTGGTATTGGGGTTCCATTACGGCCAGCGAGGCCCGACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCTGCAGAAGATGCCAGAAGGCACGTTCTTAGTACGTGACAGCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100494 CACCTGCAGAAGATGCCAGAAGGCACGTTCTTAGTACGTGACAGCACGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCAGCTACCTGTTCACGCTGTCAGTGAAAACCACTCGTGGCCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100544 CCCCAGCTACCTGTTCACGCTGTCAGTGAAAACCACTCGTGGCCCCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTACGCATTGAGTATGCCGACTCCAGCTTCCGTCTGGACTCCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100594 ATGTACGCATTGAGTATGCCGACTCCAGCTTCCGTCTGGACTCCAACTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGTCCAGGCCACGCATCCTGGCCTTTCCGGATGTGGTCAGCCTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100644 TTGTCCAGGCCACGCATCCTGGCCTTTCCGGATGTGGTCAGCCTTGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCACTATGTGGCCTCCTGCACTGCTGATACCCGAAGCGACAGCCCCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100694 GCACTATGTGGCCTCCTGCACTGCTGATACCCGAAGCGACAGCCCCGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGCTCCCACCCCGGCCCTGCCTATGCCTAAGGAGGATGCGCCTAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100744 CTGCTCCCACCCCGGCCCTGCCTATGCCTAAGGAGGATGCGCCTAGTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCAGCACTGCCTGCTCCTCCACCAGCCACTGCTGTACACCTAAAACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100794 CCAGCACTGCCTGCTCCTCCACCAGCCACTGCTGTACACCTAAAACTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCAGCCCTTTGTACGCAGAAGCAGTGCCCGCAGCCTGCAACACCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 GCAGCCCTTTGTACGCAGAAGCAGTGCCCGCAGCCTGCAACACCTGTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCCTTGTCATCAACCGTCTGGTGGCCGACGTGGACTGCCTGCCACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 GCCTTGTCATCAACCGTCTGGTGGCCGACGTGGACTGCCTGCCACTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CGGCGCATGGCCGACTACCTCCGACAGTACCCCTTCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100944 CGGCGCATGGCCGACTACCTCCGACAGTACCCCTTCCAGCTC