seq1 = pF1KE0668.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KE0668/gi568815583f_66287348.tfa (gi568815583f:66287348_66590612), 303265 bp

>pF1KE0668 1179
>gi568815583f:66287348_66590612 (Chr15)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-291  (147680-147890)   100% ->
292-438  (149399-149545)   100% ->
439-516  (155933-156010)   100% ->
517-568  (157309-157360)   100% ->
569-693  (194408-194532)   100% ->
694-895  (197643-197844)   100% ->
896-960  (199881-199945)   100% ->
961-1022  (201868-201929)   100% ->
1023-1068  (202371-202416)   100% ->
1069-1179  (203155-203265)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAAGAAGAAGCCGACGCCCATCCAGCTGAACCCGGCCCCCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAAGAAGAAGCCGACGCCCATCCAGCTGAACCCGGCCCCCGACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGCAGTTAACGGGACCAGCTCTGCGGA         GACCAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 CTCTGCAGTTAACGGGACCAGCTCTGCGGAGTA...CAGGACCAACTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCCTTGCAGAAGAAGCTGGAGGAGCTAGAGCTTGATGAGCAGCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147691 AGGCCTTGCAGAAGAAGCTGGAGGAGCTAGAGCTTGATGAGCAGCAGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCGCCTTGAGGCCTTTCTTACCCAGAAGCAGAAGGTGGGAGAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147741 AAGCGCCTTGAGGCCTTTCTTACCCAGAAGCAGAAGGTGGGAGAACTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGACGACTTTGAGAAGATCAGTGAGCTGGGGGCTGGCAATGGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147791 GGATGACGACTTTGAGAAGATCAGTGAGCTGGGGGCTGGCAATGGCGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTGTTCAAGGTCTCCCACAAGCCTTCTGGCCTGGTCATGGCCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147841 TGGTGTTCAAGGTCTCCCACAAGCCTTCTGGCCTGGTCATGGCCAGAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          CTAATTCATCTGGAGATCAAACCCGCAATCCGGAACCAGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147891 GTG...CAGCTAATTCATCTGGAGATCAAACCCGCAATCCGGAACCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATAAGGGAGCTGCAGGTTCTGCATGAGTGCAACTCTCCGTACATCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149440 CATAAGGGAGCTGCAGGTTCTGCATGAGTGCAACTCTCCGTACATCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTTCTATGGTGCGTTCTACAGCGATGGCGAGATCAGTATCTGCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149490 GCTTCTATGGTGCGTTCTACAGCGATGGCGAGATCAGTATCTGCATGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACATG         GATGGAGGTTCTCTGGATCAAGTCCTGAAGAAAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149540 CACATGGTA...TAGGATGGAGGTTCTCTGGATCAAGTCCTGAAGAAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAAGAATTCCTGAACAAATTTTAGGAAAAGTTAGCATTGCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155968 TGGAAGAATTCCTGAACAAATTTTAGGAAAAGTTAGCATTGCTGTG...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GTAATAAAAGGCCTGACATATCTGAGGGAGAAGCACAAGATCATGCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157307 AGGTAATAAAAGGCCTGACATATCTGAGGGAGAAGCACAAGATCATGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAG         ATGTCAAGCCCTCCAACATCCTAGTCAACTCCCGTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157357 AGAGGTA...CAGATGTCAAGCCCTCCAACATCCTAGTCAACTCCCGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGATCAAGCTCTGTGACTTTGGGGTCAGCGGGCAGCTCATCGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194445 GGAGATCAAGCTCTGTGACTTTGGGGTCAGCGGGCAGCTCATCGACTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCCAACTCCTTCGTGGGCACAAGGTCCTACATGTCG         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 194495 TGGCCAACTCCTTCGTGGGCACAAGGTCCTACATGTCGGTA...CAGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAAGACTCCAGGGGACTCATTACTCTGTGCAGTCAGACATCTGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197646 GAAAGACTCCAGGGGACTCATTACTCTGTGCAGTCAGACATCTGGAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGACTGTCTCTGGTAGAGATGGCGGTTGGGAGGTATCCCATCCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197696 GGGACTGTCTCTGGTAGAGATGGCGGTTGGGAGGTATCCCATCCCTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGATGCCAAGGAGCTGGAGCTGATGTTTGGGTGCCAGGTGGAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197746 CAGATGCCAAGGAGCTGGAGCTGATGTTTGGGTGCCAGGTGGAAGGAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCGGCTGAGACCCCACCCAGGCCAAGGACCCCCGGGAGGCCCCTTAGCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 197796 GCGGCTGAGACCCCACCCAGGCCAAGGACCCCCGGGAGGCCCCTTAGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896         CATACGGAATGGACAGCCGACCTCCCATGGCAATTTTTGAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197846 TG...TAGCATACGGAATGGACAGCCGACCTCCCATGGCAATTTTTGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTTGGATTACATAGTCAACGAG         CCTCCTCCAAAACTGCCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 199923 TGTTGGATTACATAGTCAACGAGGTA...CAGCCTCCTCCAAAACTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTGGAGTGTTCAGTCTGGAATTTCAAGATTTTGTGAATAAATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 201886 AGTGGAGTGTTCAGTCTGGAATTTCAAGATTTTGTGAATAAATGGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023    CTTAATAAAAAACCCCGCAGAGAGAGCAGATTTGAAGCAACTCATG 
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 202368 AAGCTTAATAAAAAACCCCGCAGAGAGAGCAGATTTGAAGCAACTCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069         GTTCATGCTTTTATCAAGAGATCTGATGCTGAGGAAGTGGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202418 TG...CAGGTTCATGCTTTTATCAAGAGATCTGATGCTGAGGAAGTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTGCAGGTTGGCTCTGCTCCACCATCGGCCTTAACCAGCCCAGCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203197 TTTGCAGGTTGGCTCTGCTCCACCATCGGCCTTAACCAGCCCAGCACACC

   1250     .    :    .
   1161 AACCCATGCTGCTGGCGTC
        |||||||||||||||||||
 203247 AACCCATGCTGCTGGCGTC