seq1 = pF1KE0664.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KE0664/gi568815587f_6989121.tfa (gi568815587f:6989121_7190296), 201176 bp

>pF1KE0664 1176
>gi568815587f:6989121_7190296 (Chr11)

1-1176  (100001-101176)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGAAGCGGATCGCCCGGGGAAGCTGTTCATTGGGGGCCTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGAAGCGGATCGCCCGGGGAAGCTGTTCATTGGGGGCCTCAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAAACCGACGAGAAAGCCCTCGAAGCCGAGTTTGGCAAGTATGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAAACCGACGAGAAAGCCCTCGAAGCCGAGTTTGGCAAGTATGGCCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTCGAGGTGCTCCTGATGAAAGACCGAGAAACCAACAAGTCGAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTCGAGGTGCTCCTGATGAAAGACCGAGAAACCAACAAGTCGAGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGCGTTCGTCACCTTTGAAAGCCCCGCAGACGCCAAGGCCGCCGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100151 TTCGCGTTCGTCACCTTTGAAAGCCCCGCAGACGCCAAGGCCGCCGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACATGAACGGCAAGTCCCTGGATGGTAAGGCCATCAAGGTGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACATGAACGGCAAGTCCCTGGATGGTAAGGCCATCAAGGTGGCCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCAAACCGGCGTTCGAGAGCAGCCGGCGGGGCCCGCCGCCTCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACCAAACCGGCGTTCGAGAGCAGCCGGCGGGGCCCGCCGCCTCCCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCGCGGTCGCCCGAGGTTCCTGCGCGGAACCCGCGGGGGTGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCGCGGTCGCCCGAGGTTCCTGCGCGGAACCCGCGGGGGTGGCGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCGCGGCGTTCCCCATCCCGGGGCGGGCCCGATGATGACGGCGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100351 CCCGCGGCGTTCCCCATCCCGGGGCGGGCCCGATGATGACGGCGGCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCGGATTTCGACCTGCGGCCCTCCAGGGCCCCGATGCCCATGAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCGGATTTCGACCTGCGGCCCTCCAGGGCCCCGATGCCCATGAAGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGCCGCCGCCGCGCAGGGTCGGCCCACCCCCCAAGAGGGCCGCGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGCCGCCGCCGCGCAGGGTCGGCCCACCCCCCAAGAGGGCCGCGCCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCCCGGCTCGCAGCAGCGGCGGTGGAATGCGCGGGAGGGCCCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCCCGGCTCGCAGCAGCGGCGGTGGAATGCGCGGGAGGGCCCTGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCGGGGGCGAGACGGCTACTCAGGCCCACCGCGCCGGGAGCCGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCGGGGGCGAGACGGCTACTCAGGCCCACCGCGCCGGGAGCCGCTGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCGCGCCGCGACCCCTACCTGGGCCCGCGGGATGAGGGCTACTCGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCGCGCCGCGACCCCTACCTGGGCCCGCGGGATGAGGGCTACTCGTCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGACGGCTACTCGAGCCGAGACTACCGCGAACCCCGGGGTTTTGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGACGGCTACTCGAGCCGAGACTACCGCGAACCCCGGGGTTTTGCCCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGCCCGGAGAGTACACCCACCGCGATTACGGCCACTCCAGTGTCCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGCCCGGAGAGTACACCCACCGCGATTACGGCCACTCCAGTGTCCGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACTGTCCCTTGAGAGGCTACAGCGACCGAGACGGCTACGGAGGTCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GACTGTCCCTTGAGAGGCTACAGCGACCGAGACGGCTACGGAGGTCGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGTGACTACGGGGATCATCTGAGCAGAGGCTCCCATCGAGAGCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGTGACTACGGGGATCATCTGAGCAGAGGCTCCCATCGAGAGCCCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGAGCTACGGAGAGCTGCGCGGCGCCGCCCCAGGACGGGGGACACCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGAGCTACGGAGAGCTGCGCGGCGCCGCCCCAGGACGGGGGACACCGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTTACGGAGGAGGAGGCCGCTACGAGGAGTACCGGGGCTACTCACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCTTACGGAGGAGGAGGCCGCTACGAGGAGTACCGGGGCTACTCACCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGCCTACAGCGGCGGCCGCGACAGTTACAGCAGCAGTTATGGCCGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGCCTACAGCGGCGGCCGCGACAGTTACAGCAGCAGTTATGGCCGGAGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCGCTACTCGAGGGGCCGACACCGGGTGGGCAGACCAGATCGTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCGCTACTCGAGGGGCCGACACCGGGTGGGCAGACCAGATCGTGGGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTCTGTCCATGGAAAGGGGCTGCCCTCCCCAGCGTGATTCTTACAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTCTGTCCATGGAAAGGGGCTGCCCTCCCCAGCGTGATTCTTACAGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GTCAGGCTGCAGGGTGCCCAGGGGCGGAGGCCGTCTAGGAGGCCGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GTCAGGCTGCAGGGTGCCCAGGGGCGGAGGCCGTCTAGGAGGCCGCTTGG

   1150     .    :    .    :    .
   1151 AGAGAGGAGGAGGCCGGAGCAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGAGAGGAGGAGGCCGGAGCAGATAC