seq1 = pF1KE0661.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE0661/gi568815592f_17181582.tfa (gi568815592f:17181582_17392116), 210535 bp

>pF1KE0661 708
>gi568815592f:17181582_17392116 (Chr6)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-292  (101224-101347)   100% ->
293-347  (103076-103130)   100% ->
348-708  (110175-110535)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACACGACCCAGAAGGACACGACGTACACCAAGATCTTCGTCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACACGACCCAGAAGGACACGACGTACACCAAGATCTTCGTCGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCCCTACCACACCACCGACGCCAGCCTGCGCAAGTACTTCGAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCCCTACCACACCACCGACGCCAGCCTGCGCAAGTACTTCGAGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGGCGAGATCGAGGAGGCGGTGGTCATCACCGACCGGCAGACGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGGCGAGATCGAGGAGGCGGTGGTCATCACCGACCGGCAGACGGGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCGGGGCTATGGATTT         GTCACCATGGCTGACCGGGCTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCGGGGCTATGGATTTGTA...AAGGTCACCATGGCTGACCGGGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCGAAAGGGCCTGCAAGGATCCCAATCCCATCATTGATGGCAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101247 TGCCGAAAGGGCCTGCAAGGATCCCAATCCCATCATTGATGGCAGAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAACGTGAACCTGGCATACTTAGGAGCAAAACCAAGGATCATGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101297 CCAACGTGAACCTGGCATACTTAGGAGCAAAACCAAGGATCATGCAACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 G         GTTTTGCCTTTGGTGTTCAACAACTTCATCCAGCCCTTAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101347 GGTG...TAGGTTTTGCCTTTGGTGTTCAACAACTTCATCCAGCCCTTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAAAGACCTTTCGG         GATACCTGCCCACTATGTCTATCCGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103116 ACAAAGACCTTTCGGGTA...CAGGATACCTGCCCACTATGTCTATCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCTTTTGTGCAGCCGGGAGTGGTCATTCCACACGTCCAGCCGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110201 AGGCTTTTGTGCAGCCGGGAGTGGTCATTCCACACGTCCAGCCGACAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGCCGCCTCCACCACCCCTTACATTGATTACACTGGAGCTGCATACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110251 GCTGCCGCCTCCACCACCCCTTACATTGATTACACTGGAGCTGCATACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACAATACTCAGCAGCTGCTGCTGCTGCCGCCGCCGCTGCTGCCTATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110301 ACAATACTCAGCAGCTGCTGCTGCTGCCGCCGCCGCTGCTGCCTATGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTACCCCTATGCAGCCTCTCCAGCTGCTGCAGGATATGTTACTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110351 AGTACCCCTATGCAGCCTCTCCAGCTGCTGCAGGATATGTTACTGCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCTATGGCTACGCAGTCCAGCAGCCAATCACCGCAGCGGCACCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110401 GGCTATGGCTACGCAGTCCAGCAGCCAATCACCGCAGCGGCACCTGGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCTGCCGCCGCCGCTGCAGCAGCTGCTGCCGCTGCAGCATTTGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110451 AGCTGCCGCCGCCGCTGCAGCAGCTGCTGCCGCTGCAGCATTTGGCCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .
    674 ACCAGCCTCAGCAGCTGCAGACAGACCGAATGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110501 ACCAGCCTCAGCAGCTGCAGACAGACCGAATGCAA