seq1 = pF1KE0658.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KE0658/gi568815595r_8652980.tfa (gi568815595r:8652980_8868187), 215208 bp

>pF1KE0658 1167
>gi568815595r:8652980_8868187 (Chr3)

(complement)

1-922  (100001-100922)   99% ->
923-1167  (114964-115208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCGCGCTCGCAGCCAACTGGAGCGCCGAGGCAGCCAACGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGCGCGCTCGCAGCCAACTGGAGCGCCGAGGCAGCCAACGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCGCCGCCGGGGGCCGAGGGCAACCGCACCGCCGGACCCCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCGCCGCCGGGGGCCGAGGGCAACCGCACCGCCGGACCCCCGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAACGAGGCCCTGGCGCGCGTGGAGGTGGCGGTGCTGTGTCTCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAACGAGGCCCTGGCGCGCGTGGAGGTGGCGGTGCTGTGTCTCATCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTGGCGCTGAGCGGGAATGCGTGTGTGCTGCTGGCGCTGCGCACCAC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTGGCGCTGAGCGGGAACGCGTGTGTGCTGCTGGCGCTGCGCACCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACGCCAGAAGCACTCGCGCCTCTTCTTCTTCATGAAGCACCTAAGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACGCCAGAAGCACTCGCGCCTCTTCTTCTTCATGAAGCACCTAAGCATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGACCTGGTGGTGGCAGTGTTTCAGGTGCTGCCGCAGTTGCTGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGACCTGGTGGTGGCAGTGTTTCAGGTGCTGCCGCAGTTGCTGTGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCACCTTCCGCTTCTACGGGCCCGACCTGCTGTGCCGCCTGGTCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCACCTTCCGCTTCTACGGGCCCGACCTGCTGTGCCGCCTGGTCAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTGCAGGTGGTGGGCATGTTCGCCTCCACCTACCTGCTGCTGCTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTGCAGGTGGTGGGCATGTTCGCCTCCACCTACCTGCTGCTGCTCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCTGGACCGCTGCCTGGCCATCTGCCAGCCGCTGCGCTCGCTGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCTGGACCGCTGCCTGGCCATCTGCCAGCCGCTGCGCTCGCTGCGCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCACCGACCGCCTGGCAGTGCTCGCCACGTGGCTCGGCTGCCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCACCGACCGCCTGGCAGTGCTCGCCACGTGGCTCGGCTGCCTGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGCGCGCCGCAGGTGCACATCTTCTCTCTGCGCGAGGTGGCTGACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGCGCGCCGCAGGTGCACATCTTCTCTCTGCGCGAGGTGGCTGACGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTCGACTGCTGGGCCGTCTTCATCCAGCCCTGGGGACCCAAGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTTCGACTGCTGGGCCGTCTTCATCCAGCCCTGGGGACCCAAGGCCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCACATGGATCACGCTAGCTGTCTACATCGTGCCGGTCATCGTGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCACATGGATCACGCTAGCTGTCTACATCGTGCCGGTCATCGTGCTCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCCTGCTACGGCCTTATCAGCTTCAAGATCTGGCAGAACTTGCGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCCTGCTACGGCCTTATCAGCTTCAAGATCTGGCAGAACTTGCGGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGACCGCTGCAGCGGCGGCGGCCGAGGCGCCAGAGGGCGCGGCGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGACCGCTGCAGCGGCGGCGGCCGAGGCGCCAGAGGGCGCGGCGGCTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GATGGGGGGCGCGTGGCCCTGGCGCGTGTCAGCAGCGTCAAGCTCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATGGGGGGCGCGTGGCCCTGGCGCGTGTCAGCAGCGTCAAGCTCATCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAGGCCAAGATCCGCACGGTCAAGATGACTTTCATCATCGTGCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAGGCCAAGATCCGCACGGTCAAGATGACTTTCATCATCGTGCTGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCATCGTGTGCTGGACGCCTTTCTTCTTCGTGCAGATGTGGAGCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCATCGTGTGCTGGACGCCTTTCTTCTTCGTGCAGATGTGGAGCGTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GATGCCAACGCGCCCAAGGAAG         CCTCGGCCTTCATCATCGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100901 GATGCCAACGCGCCCAAGGAAGGTA...CAGCCTCGGCCTTCATCATCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CATGCTCCTGGCCAGCCTCAACAGCTGCTGCAACCCCTGGATCTACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114983 CATGCTCCTGGCCAGCCTCAACAGCTGCTGCAACCCCTGGATCTACATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGTTCACGGGCCACCTCTTCCACGAACTCGTGCAGCGCTTCCTGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115033 TGTTCACGGGCCACCTCTTCCACGAACTCGTGCAGCGCTTCCTGTGCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TCCGCCAGCTACCTGAAGGGCAGACGCCTGGGAGAGACGAGTGCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115083 TCCGCCAGCTACCTGAAGGGCAGACGCCTGGGAGAGACGAGTGCCAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AAAGAGCAACTCGTCCTCCTTTGTCCTGAGCCATCGCAGCTCCAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115133 AAAGAGCAACTCGTCCTCCTTTGTCCTGAGCCATCGCAGCTCCAGCCAGA

   1150     .    :    .    :    .
   1142 GGAGCTGCTCCCAGCCATCCACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||
 115183 GGAGCTGCTCCCAGCCATCCACGGCG