seq1 = pF1KE0656.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KE0656/gi568815592r_2571304.tfa (gi568815592r:2571304_2849294), 277991 bp

>pF1KE0656 1164
>gi568815592r:2571304_2849294 (Chr6)

(complement)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-235  (156436-156511)   100% ->
236-341  (160339-160444)   100% ->
342-435  (163719-163812)   100% ->
436-545  (163890-163999)   100% ->
546-687  (166133-166274)   100% ->
688-758  (169004-169074)   100% ->
759-887  (169887-170015)   100% ->
888-1040  (170923-171075)   100% ->
1041-1119  (174170-174248)   100% ->
1120-1164  (177947-177991)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTAAAAGTGAAGAGGCTGGAAGAATTCAACACGTGTTATAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTAAAAGTGAAGAGGCTGGAAGAATTCAACACGTGTTATAACAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCTGGAGAAAATGGCCTTTTTTCAGTGCAGGGAAGAGGTGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCTGGAGAAAATGGCCTTTTTTCAGTGCAGGGAAGAGGTGGAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGTGTTTTCTGGAAAAAAATTCTGGGGACCAGGATTCAAGATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGTGTTTTCTGGAAAAAAATTCTGGGGACCAGGATTCAAGATCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATAATGAG         GCGAAGGAGGTGTGGTCAAACGCCGACCTGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATAATGAGGTA...CAGGCGAAGGAGGTGTGGTCAAACGCCGACCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAAGGATGCCCGTCAAAAGCAAAAGGACATCAGCCCTCGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 156468 GGAAAGGATGCCCGTCAAAAGCAAAAGGACATCAGCCCTCGCAGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    TTGACATCCCGGCTCCTCCGGCCCCATTTGATCATCGTATTGTGACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160336 TAGTTGACATCCCGGCTCCTCCGGCCCCATTTGATCATCGTATTGTGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAAGCAAGGAGCGGTCAACAGCTTCTATACTGTGAGCAAGACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160386 GCCAAGCAAGGAGCGGTCAACAGCTTCTATACTGTGAGCAAGACAGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTAGGAGG         AGGGCGTTTCGGCCAGGTTCACAAGTGTGAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 160436 CCTAGGAGGGTG...CAGAGGGCGTTTCGGCCAGGTTCACAAGTGTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGACGGCCACAGGTCTGAAGCTGGCAGCCAAAATCATCAAGACCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163751 AGACGGCCACAGGTCTGAAGCTGGCAGCCAAAATCATCAAGACCAGAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGAAGGACAAG         GAGGAGGTGAAGAACGAGATCAGCGTCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 163801 ATGAAGGACAAGGTA...CAGGAGGAGGTGAAGAACGAGATCAGCGTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAACCAGCTGGACCACGCGAACCTCATCCAGCTGTACGATGCCTTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163919 GAACCAGCTGGACCACGCGAACCTCATCCAGCTGTACGATGCCTTCGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTAAGAACGACATTGTCCTGGTCATGGAGTA         TGTGGATGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 163969 CTAAGAACGACATTGTCCTGGTCATGGAGTAGTA...CAGTGTGGATGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGGAGCTGTTTGACCGCATCATCGATGAGAGCTACAATTTGACGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166143 GGGGAGCTGTTTGACCGCATCATCGATGAGAGCTACAATTTGACGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATACCATCCTGTTCATGAAGCAGATATGTGAGGGGATAAGGCACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166193 TGATACCATCCTGTTCATGAAGCAGATATGTGAGGGGATAAGGCACATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATCAGATGTACATTCTCCACTTGGACCTGAAG         CCTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 166243 ATCAGATGTACATTCTCCACTTGGACCTGAAGGTA...CAGCCTGAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCCTGTGTGTGAATCGGGATGCTAAGCAAATAAAAATTATTGATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169013 ATCCTGTGTGTGAATCGGGATGCTAAGCAAATAAAAATTATTGATTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTGGCCAGAAG         ATACAAACCCAGAGAGAAGCTGAAGGTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 169063 ATTGGCCAGAAGGTA...CAGATACAAACCCAGAGAGAAGCTGAAGGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTTTGGAACCCCAGAATTTCTCGCCCCTGAAGTTGTGAACTATGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169916 ACTTTGGAACCCCAGAATTTCTCGCCCCTGAAGTTGTGAACTATGATTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTTCATTTCCCACTGACATGTGGAGTGTGGGGGTCATCGCCTATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169966 GTTTCATTTCCCACTGACATGTGGAGTGTGGGGGTCATCGCCTATATGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888          ACTTAGCGGTTTGTCGCCTTTCCTGGGTGACAATGATGCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170016 GTG...CAGACTTAGCGGTTTGTCGCCTTTCCTGGGTGACAATGATGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGACGCTGAACAACATCCTGGCCTGCAGGTGGGACTTAGAGGATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170964 AGACGCTGAACAACATCCTGGCCTGCAGGTGGGACTTAGAGGATGAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTCAGGACATCTCGGAGGAGGCCAAGGAGTTCATCTCTAAGCTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171014 TTTCAGGACATCTCGGAGGAGGCCAAGGAGTTCATCTCTAAGCTTCTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAAGGAGAAGAG         TTGGCGAATAAGTGCAAGCGAAGCTCTCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 171064 TAAGGAGAAGAGGTA...TAGTTGGCGAATAAGTGCAAGCGAAGCTCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCACCCCTGGTTGTCAGACCACAAGCTCCACTCCAGACTCAATGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174199 AGCACCCCTGGTTGTCAGACCACAAGCTCCACTCCAGACTCAATGCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120          AAGAAGAAGAATCGTGGCTCTGATGCCCAGGACTTTGTGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174249 GTG...TAGAAGAAGAAGAATCGTGGCTCTGATGCCCAGGACTTTGTGAC

   1250 
   1161 CAAA
        ||||
 177988 CAAA