seq1 = pF1KE0654.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KE0654/gi568815596r_70112722.tfa (gi568815596r:70112722_70336175), 223454 bp

>pF1KE0654 1158
>gi568815596r:70112722_70336175 (Chr2)

(complement)

1-26  (87746-87771)   100% ->
27-123  (100001-100097)   100% ->
124-222  (105322-105420)   100% ->
223-277  (106858-106912)   100% ->
278-310  (107085-107117)   100% ->
311-398  (108354-108441)   100% ->
399-474  (111547-111622)   100% ->
475-583  (119182-119290)   100% ->
584-679  (119677-119772)   100% ->
680-764  (119884-119968)   100% ->
765-888  (120682-120805)   100% ->
889-1034  (121682-121827)   100% ->
1035-1158  (123331-123454)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACGAGATGCCCAAGACTCT         ATACGTCGGTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  87746 ATGGAGGACGAGATGCCCAAGACTCTGTG...CAGATACGTCGGTAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCCAGAGATGTGACAGAAGCTCTAATTCTGCAACTCTTTAGCCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 TTCCAGAGATGTGACAGAAGCTCTAATTCTGCAACTCTTTAGCCAGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACCTTGTAAAAACTGCAAAATGATTATGGAT         ACAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100066 GACCTTGTAAAAACTGCAAAATGATTATGGATGTA...CAGACAGCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATGATCCCTATTGTTTTGTGGAGTTTCATGAGCATCGTCATGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105331 AATGATCCCTATTGTTTTGTGGAGTTTCATGAGCATCGTCATGCAGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCATTAGCTGCTATGAATGGACGGAAGATAATGGGTAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105381 AGCATTAGCTGCTATGAATGGACGGAAGATAATGGGTAAGGTA...TAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGTCAAAGTGAATTGGGCAACAACCCCTAGCAGTCAAAAGAAAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106859 AAGTCAAAGTGAATTGGGCAACAACCCCTAGCAGTCAAAAGAAAGATACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCA         GTAGTACCGTTGTCAGCACACAGCGTTCACAAG    
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106909 AGCAGTA...CAGGTAGTACCGTTGTCAGCACACAGCGTTCACAAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    311      ATCATTTCCATGTCTTTGTTGGTGATCTCAGCCCAGAAATTACAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107122 ..AAGATCATTTCCATGTCTTTGTTGGTGATCTCAGCCCAGAAATTACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CTGAAGATATAAAAGCTGCTTTTGCACCATTTGGAAGAATATC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108399 CTGAAGATATAAAAGCTGCTTTTGCACCATTTGGAAGAATATCGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399   AGATGCCCGAGTGGTAAAAGACATGGCAACAGGAAAGTCTAAGGGATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111545 AGAGATGCCCGAGTGGTAAAAGACATGGCAACAGGAAAGTCTAAGGGATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGGCTTTGTCTCCTTTTTCAACAAATGG         GATGCTGAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111595 TGGCTTTGTCTCCTTTTTCAACAAATGGGTG...CAGGATGCTGAAAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 CCATTCAACAGATGGGTGGCCAGTGGCTTGGTGGAAGACAAATCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119195 CCATTCAACAGATGGGTGGCCAGTGGCTTGGTGGAAGACAAATCAGAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AACTGGGCAACCCGAAAGCCTCCCGCTCCAAAGAGTACATATGAGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119245 AACTGGGCAACCCGAAAGCCTCCCGCTCCAAAGAGTACATATGAGTGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    584      CAAATACCAAACAGCTATCATATGATGAGGTTGTAAATCAGTCTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119295 ..CAGCAAATACCAAACAGCTATCATATGATGAGGTTGTAAATCAGTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GTCCAAGCAACTGTACTGTATACTGTGGAGGTGTTACTTCTGGGCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119722 GTCCAAGCAACTGTACTGTATACTGTGGAGGTGTTACTTCTGGGCTAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 G         AACAACTAATGCGTCAGACTTTTTCACCATTTGGACAAAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119772 GGTA...CAGAACAACTAATGCGTCAGACTTTTTCACCATTTGGACAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AATGGAAATTCGAGTCTTTCCAGATAAAGGATATTCATTTGTTCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119924 AATGGAAATTCGAGTCTTTCCAGATAAAGGATATTCATTTGTTCGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765     GTTCAATTCCCATGAAAGTGCAGCACATGCAATTGTTTCTGTTAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119974 .TAGGTTCAATTCCCATGAAAGTGCAGCACATGCAATTGTTTCTGTTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GGTACTACCATTGAAGGTCATGTTGTGAAATGCTATTGGGGCAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120728 GGTACTACCATTGAAGGTCATGTTGTGAAATGCTATTGGGGCAAAGAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TCTTGATATGATAAATCCCGTGCAACAG         CAGAATCAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120778 TCTTGATATGATAAATCCCGTGCAACAGGTG...TAGCAGAATCAAATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 GATATCCCCAACCTTATGGCCAGTGGGGCCAGTGGTATGGAAATGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121695 GATATCCCCAACCTTATGGCCAGTGGGGCCAGTGGTATGGAAATGCACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CAAATTGGCCAGTATATGCCTAATGGTTGGCAAGTTCCTGCATATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121745 CAAATTGGCCAGTATATGCCTAATGGTTGGCAAGTTCCTGCATATGGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GTATGGCCAGGCATGGAACCAGCAAGGATTTAA         TCAGACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121795 GTATGGCCAGGCATGGAACCAGCAAGGATTTAAGTA...CAGTCAGACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 AGTCTTCTGCACCATGGATGGGACCAAATTATGGAGTGCAACCGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123339 AGTCTTCTGCACCATGGATGGGACCAAATTATGGAGTGCAACCGCCTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GGGCAAAATGGCAGCATGTTGCCCAATCAGCCTTCTGGGTATCGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123389 GGGCAAAATGGCAGCATGTTGCCCAATCAGCCTTCTGGGTATCGAGTGGC

   1250     .    :    .
   1143 AGGGTATGAAACCCAG
        ||||||||||||||||
 123439 AGGGTATGAAACCCAG