seq1 = pF1KE0650.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KE0650/gi568815595f_50517566.tfa (gi568815595f:50517566_50748043), 230478 bp

>pF1KE0650 1146
>gi568815595f:50517566_50748043 (Chr3)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-359  (122801-122940)   100% ->
360-424  (124142-124206)   100% ->
425-504  (124688-124767)   100% ->
505-628  (126844-126967)   100% ->
629-704  (128145-128220)   100% ->
705-829  (128575-128699)   100% ->
830-915  (129175-129260)   100% ->
916-996  (129558-129638)   100% ->
997-1146  (130329-130478)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGTGAAACAGCAGAGGAGCAGGGGGGCCCTGTGCCCCCGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGGTGAAACAGCAGAGGAGCAGGGGGGCCCTGTGCCCCCGCCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCACCCGGCGGACCCGGCTTGGGCGGTGCTCCGGGGGGGCGGCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCACCCGGCGGACCCGGCTTGGGCGGTGCTCCGGGGGGGCGGCGGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGAAGTACGCAGTGACCGACGACTACCAGTTGTCCAAGCAGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAGAAGTACGCAGTGACCGACGACTACCAGTTGTCCAAGCAGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCTGGGTGTGAACGGCAAAGTGCTGGAGTGCTTCCATCGGCGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCTGGGTGTGAACGGCAAAGTGCTGGAGTGCTTCCATCGGCGCACTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAGAAGTGTGCCCTGAAG         CTCCTGTATGACAGCCCCAAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 ACAGAAGTGTGCCCTGAAGGTC...CAGCTCCTGTATGACAGCCCCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCGGCAGGAGGTAGACCATCACTGGCAGGCTTCTGGCGGCCCCCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122823 CCCGGCAGGAGGTAGACCATCACTGGCAGGCTTCTGGCGGCCCCCATATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCTGCATCCTGGATGTGTATGAGAACATGCACCATGGCAAGCGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122873 GTCTGCATCCTGGATGTGTATGAGAACATGCACCATGGCAAGCGCTGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCATCATCATGGAATG         CATGGAAGGTGGTGAGTTGTTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 122923 CCTCATCATCATGGAATGGTA...CAGCATGGAAGGTGGTGAGTTGTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGGATTCAGGAGCGTGGCGACCAGGCTTTCACTGAGAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 124165 GCAGGATTCAGGAGCGTGGCGACCAGGCTTTCACTGAGAGAGGTA...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  AAGCTGCAGAGATAATGCGGGATATTGGCACTGCCATCCAGTTTCTGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124687 GAAGCTGCAGAGATAATGCGGGATATTGGCACTGCCATCCAGTTTCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGCCATAACATTGCCCACCGAGATGTCAAG         CCTGAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124737 CAGCCATAACATTGCCCACCGAGATGTCAAGGTG...CAGCCTGAAAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACTCTACACATCTAAGGAGAAAGACGCAGTGCTTAAGCTCACCGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126854 TACTCTACACATCTAAGGAGAAAGACGCAGTGCTTAAGCTCACCGATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCTTTGCTAAGGAGACCACCCAAAATGCCCTGCAGACACCCTGCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126904 GGCTTTGCTAAGGAGACCACCCAAAATGCCCTGCAGACACCCTGCTATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCCTATTATGTGG         CCCCTGAGGTCCTGGGTCCAGAGAAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126954 TCCCTATTATGTGGGTG...CAGCCCCTGAGGTCCTGGGTCCAGAGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGACAAGTCATGTGACATGTGGTCCCTGGGTGTCATCATGTACATCCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128172 ATGACAAGTCATGTGACATGTGGTCCCTGGGTGTCATCATGTACATCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         CCTTTGTGGCTTCCCACCCTTCTACTCCAACACGGGCCAGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128222 TG...CAGCCTTTGTGGCTTCCCACCCTTCTACTCCAACACGGGCCAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCTCCCCGGGGATGAAGAGGAGGATTCGCCTGGGCCAGTACGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128617 CATCTCCCCGGGGATGAAGAGGAGGATTCGCCTGGGCCAGTACGGCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAATCCTGAGTGGTCAGAAGTCTCTGAGGATG         CCAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128667 CCAATCCTGAGTGGTCAGAAGTCTCTGAGGATGGTG...TAGCCAAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGATCCGCCTCCTGTTGAAGACAGACCCCACAGAGAGGCTGACCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129183 CTGATCCGCCTCCTGTTGAAGACAGACCCCACAGAGAGGCTGACCATCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGTTCATGAACCACCCCTGGATCAAC         CAATCGATGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129233 TCAGTTCATGAACCACCCCTGGATCAACGTG...CAGCAATCGATGGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCCACAGACCCCACTCCACACGGCCCGAGTGCTGCAGGAGGACAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129571 TGCCACAGACCCCACTCCACACGGCCCGAGTGCTGCAGGAGGACAAAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CACTGGGACGAAGTCAAG         GAGGAGATGACCAGTGCCTTGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129621 CACTGGGACGAAGTCAAGGTG...CAGGAGGAGATGACCAGTGCCTTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CACTATGCGGGTAGACTACGACCAGGTGAAGATCAAGGACCTGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130352 CACTATGCGGGTAGACTACGACCAGGTGAAGATCAAGGACCTGAAGACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAACAACCGGCTCCTCAACAAGAGGAGAAAAAAGCAGGCAGGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130402 CTAACAACCGGCTCCTCAACAAGAGGAGAAAAAAGCAGGCAGGCAGCTCC

   1200     .    :    .    :    .
   1120 TCTGCCTCACAGGGCTGCAACAACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 130452 TCTGCCTCACAGGGCTGCAACAACCAG