seq1 = pF1KE0648.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE0648/gi568815596f_105755064.tfa (gi568815596f:105755064_105993173), 238110 bp

>pF1KE0648 1140
>gi568815596f:105755064_105993173 (Chr2)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-948  (126265-126986)   100% ->
949-1140  (137919-138110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGAAGAAGTTATTGTGATAGCCAAGTGGGACTACACCGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGAAGAAGTTATTGTGATAGCCAAGTGGGACTACACCGCCCAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCAGGAGCTGGACATCAAGAAGAACGAGCGGCTGTGGTTGCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCAGGAGCTGGACATCAAGAAGAACGAGCGGCTGTGGTTGCTGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCAAGACGTGGTGGCGGGTGAGGAACGCGGCCAACAGGACGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCCAAGACGTGGTGGCGGGTGAGGAACGCGGCCAACAGGACGGGCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTACCGTCCAACTACGTGGAGCGGAAGAACAGCCTGAAGAAGGGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTACCGTCCAACTACGTGGAGCGGAAGAACAGCCTGAAGAAGGGCTCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGAAGAACCTGAAGGACACACTAG         GCCTCGGCAAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 CGTGAAGAACCTGAAGGACACACTAGGTG...CAGGCCTCGGCAAGACGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGGAAGACCAGCGCGCGGGATGCGTCCCCCACGCCCAGCACGGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126280 GCAGGAAGACCAGCGCGCGGGATGCGTCCCCCACGCCCAGCACGGACGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTACCCCGCCAATGGCAGCGGCGCCGACCGCATCTACGACCTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126330 GAGTACCCCGCCAATGGCAGCGGCGCCGACCGCATCTACGACCTCAACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCGGCCTTCGTCAAGTTCGCCTATGTGGCCGAGCGGGAGGATGAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126380 CCCGGCCTTCGTCAAGTTCGCCTATGTGGCCGAGCGGGAGGATGAGTTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCTGGTGAAGGGGTCGCGCGTCACCGTCATGGAGAAGTGCAGCGACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126430 CCCTGGTGAAGGGGTCGCGCGTCACCGTCATGGAGAAGTGCAGCGACGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGGTGGCGGGGCAGCTACAACGGGCAGATCGGCTGGTTCCCCTCCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126480 TGGTGGCGGGGCAGCTACAACGGGCAGATCGGCTGGTTCCCCTCCAACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTCTTGGAGGAGGTGGACGAGGCGGCTGCGGAGTCCCCAAGCTTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126530 CGTCTTGGAGGAGGTGGACGAGGCGGCTGCGGAGTCCCCAAGCTTCCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCTGCGCAAGGGCGCCTCGCTGAGCAATGGCCAGGGCTCCCGCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126580 GCCTGCGCAAGGGCGCCTCGCTGAGCAATGGCCAGGGCTCCCGCGTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CATGTGGTCCAGACGCTGTACCCCTTCAGCTCAGTCACCGAGGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126630 CATGTGGTCCAGACGCTGTACCCCTTCAGCTCAGTCACCGAGGAGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAACTTCGAGAAGGGGGAGACCATGGAGGTGATTGAGAAGCCGGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126680 CAACTTCGAGAAGGGGGAGACCATGGAGGTGATTGAGAAGCCGGAGAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACCCCGAGTGGTGGAAATGCAAAAATGCCCGGGGCCAGGTGGGCCTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126730 ACCCCGAGTGGTGGAAATGCAAAAATGCCCGGGGCCAGGTGGGCCTCGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCAAAAACTACGTGGTGGTCCTCAGTGACGGGCCTGCCCTGCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126780 CCCAAAAACTACGTGGTGGTCCTCAGTGACGGGCCTGCCCTGCACCCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCACGCCCCACAGATAAGCTACACCGGGCCCTCGTCCAGCGGGCGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126830 GCACGCCCCACAGATAAGCTACACCGGGCCCTCGTCCAGCGGGCGCTTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGGCAGAGAGTGGTACTACGGGAACGTGACGCGGCACCAGGCCGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126880 CGGGCAGAGAGTGGTACTACGGGAACGTGACGCGGCACCAGGCCGAGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCCCTCAACGAGCGGGGCGTGGAGGGCGACTTCCTCATTAGGGACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126930 GCCCTCAACGAGCGGGGCGTGGAGGGCGACTTCCTCATTAGGGACAGCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTCCTCG         CCCAGCGACTTCTCCGTGTCCCTTAAAGCGTCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126980 GTCCTCGGTA...CAGCCCAGCGACTTCTCCGTGTCCCTTAAAGCGTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGAAGAACAAACACTTCAAGGTGCAGCTCGTGGACAATGTCTACTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137953 GGAAGAACAAACACTTCAAGGTGCAGCTCGTGGACAATGTCTACTGCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGGCAGCGGCGCTTCCACACCATGGACGAGCTGGTGGAACACTACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138003 GGGCAGCGGCGCTTCCACACCATGGACGAGCTGGTGGAACACTACAAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGCGCCCATCTTCACCAGCGAGCACGGGGAGAAGCTCTACCTCGTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138053 GGCGCCCATCTTCACCAGCGAGCACGGGGAGAAGCTCTACCTCGTCAGGG

   1150     .
   1133 CCCTGCAG
        ||||||||
 138103 CCCTGCAG