seq1 = pF1KE0646.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE0646/gi568815575f_129680098.tfa (gi568815575f:129680098_129893829), 213732 bp

>pF1KE0646 1140
>gi568815575f:129680098_129893829 (ChrX)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-153  (107878-107973)   100% ->
154-300  (108334-108480)   100% ->
301-442  (110843-110984)   100% ->
443-591  (112231-112379)   100% ->
592-801  (112530-112739)   100% ->
802-952  (112892-113042)   100% ->
953-1140  (113545-113732)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGCCGCAAGCCCTCCAATGCCAGTGAGAAGGAGCCCACTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGCCGCAAGCCCTCCAATGCCAGTGAGAAGGAGCCCACTCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAAG         CTCTCCCTTCAGCGCTCCAGCAGCTTCAAGGATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAAAGGTG...CAGCTCTCCCTTCAGCGCTCCAGCAGCTTCAAGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCCAAATCCAAACCCAGCTCCCCCGTGGTGAGCGAGAAGGAGTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107912 TTGCCAAATCCAAACCCAGCTCCCCCGTGGTGAGCGAGAAGGAGTTTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGATGATAAC         ATTCCAGAAGATGACTCAGGTGTCCCCAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107962 CTGGATGATAACGTG...CAGATTCCAGAAGATGACTCAGGTGTCCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCAGAAGATGCTGGGAAGAGTGGCAAAAAGCTGGGGAAGAAGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108363 CCCAGAAGATGCTGGGAAGAGTGGCAAAAAGCTGGGGAAGAAGTGGAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGTGATTTCCCGAACCATGAACAGGAAGATGGGCAAGATGATGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108413 CAGTGATTTCCCGAACCATGAACAGGAAGATGGGCAAGATGATGGTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCTGTCAGAAGAGATG         GCAGACACTCTGGAGGAGGGCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108463 GCCCTGTCAGAAGAGATGGTG...CAGGCAGACACTCTGGAGGAGGGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCCTCCCCGACATCTCCAGACTACAGCCTGGACAGCCCTGGCCCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110866 TGCCTCCCCGACATCTCCAGACTACAGCCTGGACAGCCCTGGCCCTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATGGCGCTGGCCTTTTCTGAGCAAGAGGAGCATGAACTTCCGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110916 AGATGGCGCTGGCCTTTTCTGAGCAAGAGGAGCATGAACTTCCGGTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCCGCCAGGCATCAACAG         GCAGTGAGCTCTGCAGCCCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110966 AGCCGCCAGGCATCAACAGGTG...CAGGCAGTGAGCTCTGCAGCCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCAGGTTCTGGCAGCTTCGGGGAGGAACCACCTGCCCCCCAGTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112253 CCCAGGTTCTGGCAGCTTCGGGGAGGAACCACCTGCCCCCCAGTACACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGCCTTTCTGTGGCCGGGCACGAGTCCACACCGACTTCACTCCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112303 GGCCTTTCTGTGGCCGGGCACGAGTCCACACCGACTTCACTCCCAGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATGACCACGACTCGCTGAAACTGCAG         AAAGGAGATGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112353 TATGACCACGACTCGCTGAAACTGCAGGTA...CAGAAAGGAGATGTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCAGATCATTGAAAAGCCACCTGTGGGCACGTGGCTGGGCCTACTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112544 CCAGATCATTGAAAAGCCACCTGTGGGCACGTGGCTGGGCCTACTCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAAGGTGGGCTCTTTCAAATTCATCTATGTGGATGTGCTGCCCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112594 GCAAGGTGGGCTCTTTCAAATTCATCTATGTGGATGTGCTGCCCGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCGTGGGGCATGCCCGCCCCAGCCGCCGACAGAGCAAGGGCAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112644 GCCGTGGGGCATGCCCGCCCCAGCCGCCGACAGAGCAAGGGCAAGAGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAGCCTAAGACCCTGCATGAGCTGCTGGAGCGCATCGGCCTGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112694 CAAGCCTAAGACCCTGCATGAGCTGCTGGAGCGCATCGGCCTGGAGGTT.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      GAGCACACATCCACCCTCCTGCTCAATGGCTACCAGACACTGGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112744 ..CAGGAGCACACATCCACCCTCCTGCTCAATGGCTACCAGACACTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTTCAAAGAGCTGCGAGAAACACACCTCAATGAGCTGAACATCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112937 GACTTCAAAGAGCTGCGAGAAACACACCTCAATGAGCTGAACATCATGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCCACAGCACCGGGCCAAGCTGCTCACGGCCGCCGAGCTGCTGCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112987 TCCACAGCACCGGGCCAAGCTGCTCACGGCCGCCGAGCTGCTGCTGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGACA         CTGGCAGTGAGGAGGCTGAAGAGGGCGCCGAGAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113037 ATGACAGTG...CAGCTGGCAGTGAGGAGGCTGAAGAGGGCGCCGAGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCCAGGAGCCAGTGGCACACACAGTGTCGGAACCCAAGGTGGACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113580 AGCCAGGAGCCAGTGGCACACACAGTGTCGGAACCCAAGGTGGACATCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCGCGACTCAGGCTGCTTTGAGGGCTCGGAGAGCGGGCGCGATGACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113630 GCGCGACTCAGGCTGCTTTGAGGGCTCGGAGAGCGGGCGCGATGACGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGCTGGCAGGCACTGAGGAGCAGCTGCAAGGCCTCTCCCTGGCCGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113680 AGCTGGCAGGCACTGAGGAGCAGCTGCAAGGCCTCTCCCTGGCCGGGGCA

   1200 
   1138 CCT
        |||
 113730 CCT