seq1 = pF1KE0644.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KE0644/gi568815594r_121229317.tfa (gi568815594r:121229317_121480647), 251331 bp

>pF1KE0644 1293
>gi568815594r:121229317_121480647 (Chr4)

(complement)

1-340  (100001-100340)   100% ->
341-499  (140038-140196)   100% ->
500-561  (143780-143841)   100% ->
562-797  (147592-147827)   100% ->
798-895  (150125-150222)   100% ->
896-1293  (150934-151331)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCGCTTAACATTACCCCGGAGCAGTTCTCTCGGCTGCTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCGCTTAACATTACCCCGGAGCAGTTCTCTCGGCTGCTGCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACAACCTGACGCGGGAGCAGTTCATCGCTCTGTACCGGCTGCGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACAACCTGACGCGGGAGCAGTTCATCGCTCTGTACCGGCTGCGACCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTCTACACCCCAGAGCTGCCGGGACGCGCCAAGCTGGCCCTCGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTCTACACCCCAGAGCTGCCGGGACGCGCCAAGCTGGCCCTCGTGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCGGCGTGCTCATCTTCGCCCTGGCGCTCTTTGGCAATGCTCTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCGGCGTGCTCATCTTCGCCCTGGCGCTCTTTGGCAATGCTCTGGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACGTGGTGACCCGCAGCAAGGCCATGCGCACCGTCACCAACATCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACGTGGTGACCCGCAGCAAGGCCATGCGCACCGTCACCAACATCTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGCTCCTTGGCGCTCAGTGACCTGCTCATCACCTTCTTCTGCATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGCTCCTTGGCGCTCAGTGACCTGCTCATCACCTTCTTCTGCATTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCACCATGCTCCAGAACATTTCCGACAACTGGCTGGGGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100301 GTCACCATGCTCCAGAACATTTCCGACAACTGGCTGGGGGGTA...CAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCTTTCATTTGCAAGATGGTGCCATTTGTCCAGTCTACCGCTGTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140039 TGCTTTCATTTGCAAGATGGTGCCATTTGTCCAGTCTACCGCTGTTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGAAATCCTCACTATGACCTGCATTGCTGTGGAAAGGCACCAGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140089 CAGAAATCCTCACTATGACCTGCATTGCTGTGGAAAGGCACCAGGGACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGCATCCTTTTAAAATGAAGTGGCAATACACCAACCGAAGGGCTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140139 GTGCATCCTTTTAAAATGAAGTGGCAATACACCAACCGAAGGGCTTTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATGCTAG         GTGTGGTCTGGCTGGTGGCAGTCATCGTAGGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 140189 AATGCTAGGTG...CAGGTGTGGTCTGGCTGGTGGCAGTCATCGTAGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CACCCATGTGGCACGTGCAACAACTTGAG         ATCAAATATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 143813 CACCCATGTGGCACGTGCAACAACTTGAGGTA...AAGATCAAATATGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCTATATGAAAAGGAACACATCTGCTGCTTAGAAGAGTGGACCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147604 TTCCTATATGAAAAGGAACACATCTGCTGCTTAGAAGAGTGGACCAGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTGCACCAGAAGATCTACACCACCTTCATCCTTGTCATCCTCTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147654 TGTGCACCAGAAGATCTACACCACCTTCATCCTTGTCATCCTCTTCCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCCTCTTATGGTGATGCTTATTCTGTACAGTAAAATTGGTTATGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147704 TGCCTCTTATGGTGATGCTTATTCTGTACAGTAAAATTGGTTATGAACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGGATAAAGAAAAGAGTTGGGGATGGTTCAGTGCTTCGAACTATTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147754 TGGATAAAGAAAAGAGTTGGGGATGGTTCAGTGCTTCGAACTATTCATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AAAAGAAATGTCCAAAATAGCCAG         GAAGAAGAAACGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 147804 AAAAGAAATGTCCAAAATAGCCAGGTC...TAGGAAGAAGAAACGAGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCATTATGATGGTGACAGTGGTGGCTCTCTTTGCTGTGTGCTGGGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150142 TCATTATGATGGTGACAGTGGTGGCTCTCTTTGCTGTGTGCTGGGCACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCCATGTTGTCCATATGATGATTGAATACA         GTAATTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 150192 TTCCATGTTGTCCATATGATGATTGAATACAGTG...CAGGTAATTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAAGGAATATGATGATGTCACAATCAAGATGATTTTTGCTATCGTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150944 AAAGGAATATGATGATGTCACAATCAAGATGATTTTTGCTATCGTGCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTATTGGATTTTCCAACTCCATCTGTAATCCCATTGTCTATGCATTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150994 TTATTGGATTTTCCAACTCCATCTGTAATCCCATTGTCTATGCATTTATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AATGAAAACTTCAAAAAAAATGTTTTGTCTGCAGTTTGTTATTGCATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151044 AATGAAAACTTCAAAAAAAATGTTTTGTCTGCAGTTTGTTATTGCATAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AAATAAAACCTTCTCTCCAGCACAAAGGCATGGAAATTCAGGAATTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151094 AAATAAAACCTTCTCTCCAGCACAAAGGCATGGAAATTCAGGAATTACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGATGCGGAAGAAAGCAAAGTTTTCCCTCAGAGAGAATCCAGTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151144 TGATGCGGAAGAAAGCAAAGTTTTCCCTCAGAGAGAATCCAGTGGAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACCAAAGGAGAAGCATTCAGTGATGGCAACATTGAAGTCAAATTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151194 ACCAAAGGAGAAGCATTCAGTGATGGCAACATTGAAGTCAAATTGTGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ACAGACAGAGGAGAAGAAAAAGCTCAAACGACATCTTGCTCTCTTTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151244 ACAGACAGAGGAGAAGAAAAAGCTCAAACGACATCTTGCTCTCTTTAGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1256 CTGAACTGGCTGAGAATTCTCCTTTAGACAGTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151294 CTGAACTGGCTGAGAATTCTCCTTTAGACAGTGGGCAT