seq1 = pF1KE0643.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KE0643/gi568815593f_95520276.tfa (gi568815593f:95520276_95721577), 201302 bp

>pF1KE0643 1302
>gi568815593f:95520276_95721577 (Chr5)

1-1302  (100001-101302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGATCTCTTTAGCCCCTCAATTCTGCCGCCGGCGCCCAACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGATCTCTTTAGCCCCTCAATTCTGCCGCCGGCGCCCAACATTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGCCCATCTTGCTGGGCTGGGGTCTCAACCTGACCTTGGGGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGCCCATCTTGCTGGGCTGGGGTCTCAACCTGACCTTGGGGCAAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCTGCCTCTGGGCCGCCCAGCCGCCGCGTCCGCCTGGTGTTCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCTGCCTCTGGGCCGCCCAGCCGCCGCGTCCGCCTGGTGTTCCTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCATCCTGGTGGTGGCGGTGGCAGGCAACACCACAGTGCTGTGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCATCCTGGTGGTGGCGGTGGCAGGCAACACCACAGTGCTGTGCCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGCGGCGGCGGCGGGCCCTGGGCGGGCCCCAAGCGTCGCAAGATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTGCGGCGGCGGCGGGCCCTGGGCGGGCCCCAAGCGTCGCAAGATGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGCTGGTGCAGCTGGCCCTGGCGGACCTGTACGCGTGCGGGGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGCTGGTGCAGCTGGCCCTGGCGGACCTGTACGCGTGCGGGGGCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGCTGTCACAGCTGGCCTGGGAACTGCTGGGCGAGCCCCGCGCGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGCTGTCACAGCTGGCCTGGGAACTGCTGGGCGAGCCCCGCGCGGCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGGGACCTGGCGTGCCGCTTCCTGCAGCTGCTGCAGGCATCCGGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGGGACCTGGCGTGCCGCTTCCTGCAGCTGCTGCAGGCATCCGGGCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCCTCGGCCCACCTCGTGGTGCTCATCGCCCTCGAGCGCCGGCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGCCTCGGCCCACCTCGTGGTGCTCATCGCCCTCGAGCGCCGGCGCGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGCGTCTTCCGCACGGCCGGCCGCTGCCCGCGCGTGCCCTCGCCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGCGTCTTCCGCACGGCCGGCCGCTGCCCGCGCGTGCCCTCGCCGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCTGGCTGCTGGCACTGCTGCTGGCGCTGCCCCCGGCCTTCGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCTGGCTGCTGGCACTGCTGCTGGCGCTGCCCCCGGCCTTCGTGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGGGGACTCCCCCTCGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCAACGTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGGGGACTCCCCCTCGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCAACGTCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGCCAGGCGCGCCCCCGGCCGCCCGCGCCTGGCCGGGGGAGCGTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGCCAGGCGCGCCCCCGGCCGCCCGCGCCTGGCCGGGGGAGCGTCGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCACGGGATCTTCGCGCCCCTGCCGCGCTGGCACCTGCAGGTCTACGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCACGGGATCTTCGCGCCCCTGCCGCGCTGGCACCTGCAGGTCTACGCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTACGAGGCCGTCGCGGGCTTCGTCGCGCCTGTTACGGTCCTGGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTACGAGGCCGTCGCGGGCTTCGTCGCGCCTGTTACGGTCCTGGGCGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCTTGCGGCCACCTACTCTCCGTCTGGTGGCGGCACCGGCCGCAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCTTGCGGCCACCTACTCTCCGTCTGGTGGCGGCACCGGCCGCAGGCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGCGGCTGCAGCGCCCTGGTCGGCGAGCCCAGGTCGAGCCCCTGCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGCGGCTGCAGCGCCCTGGTCGGCGAGCCCAGGTCGAGCCCCTGCGCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCGCGCTGCCCCGCGCCAAGGTGCAGAGCCTGAAGATGAGCCTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCGCGCTGCCCCGCGCCAAGGTGCAGAGCCTGAAGATGAGCCTGCTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCGCTGCTGTTCGTGGGCTGCGAGCTGCCCTACTTTGCCGCCCGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCGCTGCTGTTCGTGGGCTGCGAGCTGCCCTACTTTGCCGCCCGGCTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCCGCGTGGTCGTCCGGGCCCGCGGGAGACTGGGAGGGAGAGGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCCGCGTGGTCGTCCGGGCCCGCGGGAGACTGGGAGGGAGAGGGCCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CGGCGGCGCTGCGCGTGGTGGCGATGGCCAACAGCGCTCTCAATCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CGGCGGCGCTGCGCGTGGTGGCGATGGCCAACAGCGCTCTCAATCCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTCTACCTCTTCTTCCAGGCGGGCGACTGCCGGCTCCGGCGACAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GTCTACCTCTTCTTCCAGGCGGGCGACTGCCGGCTCCGGCGACAGCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAAGCGGCTGGGCTCTCTGTGCTGCGCGCCGCAGGGAGGCGCGGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GAAGCGGCTGGGCTCTCTGTGCTGCGCGCCGCAGGGAGGCGCGGAGGACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGGAGGGGCCCCGGGGCCACCAGGCGCTCTACCGCCAACGCTGGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGGAGGGGCCCCGGGGCCACCAGGCGCTCTACCGCCAACGCTGGCCCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCTCATTATCACCATGCTCGGCGGGAACCGCTGGACGAGGGCGGCTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCTCATTATCACCATGCTCGGCGGGAACCGCTGGACGAGGGCGGCTTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCCACCCCCTCCGCGCCCCAGACCCCTGCCTTGCTCCTGCGAAAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCCACCCCCTCCGCGCCCCAGACCCCTGCCTTGCTCCTGCGAAAGTGCCT

   1300 
   1301 TC
        ||
 101301 TC