seq1 = pF1KE0638.tfa, 1341 bp
seq2 = pF1KE0638/gi568815587f_6159929.tfa (gi568815587f:6159929_6371540), 211612 bp

>pF1KE0638 1341
>gi568815587f:6159929_6371540 (Chr11)

1-151  (100001-100151)   100% ->
152-403  (109741-109992)   100% ->
404-653  (110160-110409)   100% ->
654-811  (110718-110875)   100% ->
812-1341  (111083-111612)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGCTAAAGCTGAACCGGAGCGTGCAGGGAACCGGACCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGCTAAAGCTGAACCGGAGCGTGCAGGGAACCGGACCCGGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCTTCCCTGTGCCGCCCGGGGGCGCCTCTCCTCAACAGCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGCTTCCCTGTGCCGCCCGGGGGCGCCTCTCCTCAACAGCAGCAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCAACCTCAGCTGCGAGCCCCCTCGCATTCGCGGAGCCGGGACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCAACCTCAGCTGCGAGCCCCCTCGCATTCGCGGAGCCGGGACACGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         AATTGGAGCTGGCCATTAGAATCACTCTTTACGCAGTGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTG...CAGAATTGGAGCTGGCCATTAGAATCACTCTTTACGCAGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCCTGATGAGCGTTGGAGGAAATATGCTCATCATCGTGGTCCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109781 CTTCCTGATGAGCGTTGGAGGAAATATGCTCATCATCGTGGTCCTGGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAGCCGCCGCCTGAGGACTGTCACCAATGCCTTCCTCCTCTCACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109831 TGAGCCGCCGCCTGAGGACTGTCACCAATGCCTTCCTCCTCTCACTGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCAGCGACCTCCTGCTGGCTGTGGCTTGCATGCCCTTCACCCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109881 GTCAGCGACCTCCTGCTGGCTGTGGCTTGCATGCCCTTCACCCTCCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAATCTCATGGGCACATTCATCTTTGGCACCGTCATCTGCAAGGCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109931 CAATCTCATGGGCACATTCATCTTTGGCACCGTCATCTGCAAGGCGGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTACCTCATGG         GGGTGTCTGTGAGTGTGTCCACGCTAAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 109981 CCTACCTCATGGGTG...TAGGGGTGTCTGTGAGTGTGTCCACGCTAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCGTGGCCATCGCACTGGAGCGGTACAGCGCCATCTGCCGACCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110189 CTCGTGGCCATCGCACTGGAGCGGTACAGCGCCATCTGCCGACCACTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCACGAGTGTGGCAGACGCGCTCCCACGCGGCTCGCGTGATTGTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110239 GGCACGAGTGTGGCAGACGCGCTCCCACGCGGCTCGCGTGATTGTAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGTGGCTGCTGTCCGGACTACTCATGGTGCCCTACCCCGTGTACACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110289 CGTGGCTGCTGTCCGGACTACTCATGGTGCCCTACCCCGTGTACACTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGCAACCAGTGGGGCCTCGTGTGCTGCAGTGCGTGCATCGCTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110339 GTGCAACCAGTGGGGCCTCGTGTGCTGCAGTGCGTGCATCGCTGGCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCGCGGGTCCGCCAGACCTG         GTCCGTACTGCTGCTTCTGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110389 TGCGCGGGTCCGCCAGACCTGGTG...CAGGTCCGTACTGCTGCTTCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTTGTTCTTCATCCCGGGTGTGGTTATGGCCGTGGCCTACGGGCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110738 TCTTGTTCTTCATCCCGGGTGTGGTTATGGCCGTGGCCTACGGGCTTATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTCGCGAGCTCTACTTAGGGCTTCGCTTTGACGGCGACAGTGACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110788 TCTCGCGAGCTCTACTTAGGGCTTCGCTTTGACGGCGACAGTGACAGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAGCCAAAGCAGGGTCCGAAACCAAGGCGGGCTGCCAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110838 CAGCCAAAGCAGGGTCCGAAACCAAGGCGGGCTGCCAGGTG...CAGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGTTCACCAGAACGGGCGTTGCCGGCCTGAGACTGGCGCGGTTGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111086 CTGTTCACCAGAACGGGCGTTGCCGGCCTGAGACTGGCGCGGTTGGCGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACAGCGATGGCTGCTACGTGCAACTTCCACGTTCCCGGCCTGCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111136 GACAGCGATGGCTGCTACGTGCAACTTCCACGTTCCCGGCCTGCCCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTGACGGCGCTGACGGCTCCTGGGCCGGGATCCGGCTCCCGGCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111186 GCTGACGGCGCTGACGGCTCCTGGGCCGGGATCCGGCTCCCGGCCCACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGCCAAGCTGCTGGCTAAGAAGCGCGTGGTGCGAATGTTGCTGGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111236 AGGCCAAGCTGCTGGCTAAGAAGCGCGTGGTGCGAATGTTGCTGGTGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTTGTGCTTTTTTTTCTGTGTTGGTTGCCAGTTTATAGTGCCAACACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111286 GTTGTGCTTTTTTTTCTGTGTTGGTTGCCAGTTTATAGTGCCAACACGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCGCGCCTTTGATGGCCCGGGTGCACACCGAGCACTCTCGGGTGCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111336 GCGCGCCTTTGATGGCCCGGGTGCACACCGAGCACTCTCGGGTGCTCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCTCCTTCATTCACTTGCTGAGCTACGCCTCGGCCTGTGTCAACCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111386 TCTCCTTCATTCACTTGCTGAGCTACGCCTCGGCCTGTGTCAACCCCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTCTACTGCTTCATGCACCGTCGCTTTCGCCAGGCCTGCCTGGAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111436 GTCTACTGCTTCATGCACCGTCGCTTTCGCCAGGCCTGCCTGGAAACTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGCTCGCTGCTGCCCCCGGCCTCCACGAGCTCGCCCCAGGGCTCTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111486 CGCTCGCTGCTGCCCCCGGCCTCCACGAGCTCGCCCCAGGGCTCTTCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATGAGGACCCTCCCACTCCCTCCATTGCTTCGCTGTCCAGGCTTAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111536 ATGAGGACCCTCCCACTCCCTCCATTGCTTCGCTGTCCAGGCTTAGCTAC

   1350     .    :    .    :    .
   1315 ACCACCATCAGCACACTGGGCCCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||
 111586 ACCACCATCAGCACACTGGGCCCTGGC