seq1 = pF1KE0636.tfa, 1134 bp
seq2 = pF1KE0636/gi568815597f_40440583.tfa (gi568815597f:40440583_40647457), 206875 bp

>pF1KE0636 1134
>gi568815597f:40440583_40647457 (Chr1)

1-142  (99990-100130)   96% ->
143-238  (101033-101128)   100% ->
239-1134  (105980-106875)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAGCTTCCAGGAATCAGTGACATTCCAGGATGTGGCTGTGGATTT
        |||  | |-|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 ATGTGCTG TTACAGGAATCAGTGACATTCCAGGATGTGGCTGTGGATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGCAGAGGAGTGGCAGCTGCTTGATTGTGCTGAGAGAACCCTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100039 CACTGCAGAGGAGTGGCAGCTGCTTGATTGTGCTGAGAGAACCCTGTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGATGTGATGTTGGAGAACTATAGAAACCTCATCTCAGTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100089 GGGATGTGATGTTGGAGAACTATAGAAACCTCATCTCAGTGGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  GATGTCCAATTACCAAAACAAAAGTGATCCTCAAGGTAGAGCAAGGACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101032 GGATGTCCAATTACCAAAACAAAAGTGATCCTCAAGGTAGAGCAAGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGCCATGGATGGTGGAGGGAGCGAATCCACACGAGAGCTCTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101082 AGAGCCATGGATGGTGGAGGGAGCGAATCCACACGAGAGCTCTCCAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       AATCTGACTACCCACTTGTTGATGAACCAGGGAAGCATCGGGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101132 ...TAGAATCTGACTACCCACTTGTTGATGAACCAGGGAAGCATCGGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCAAAGACAATTTTTTGAAGTCAGTTTTGCTCACATTCAATAAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106024 AGCAAAGACAATTTTTTGAAGTCAGTTTTGCTCACATTCAATAAAATTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACTATGGAGAGAATCCACCATTATAATATGAGCACAAGTCTTAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106074 GACTATGGAGAGAATCCACCATTATAATATGAGCACAAGTCTTAATCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGAAAAAAATCATATAAATCGTTTGAGAAGTGTTTGCCACCTAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106124 TGAGAAAAAAATCATATAAATCGTTTGAGAAGTGTTTGCCACCTAATTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACTTACTTAAATATAATAGAAGTTATACTGTAGAAAACGCTTATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106174 GACTTACTTAAATATAATAGAAGTTATACTGTAGAAAACGCTTATGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGTGAATGCGGGAAAGCCTTCAAAAAGAAGTTTCATTTCATTAGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106224 CAGTGAATGCGGGAAAGCCTTCAAAAAGAAGTTTCATTTCATTAGACATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAAAAAATCATACAAGGAAAAAACCTTTTGAATGCAATGACTGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106274 AAAAAAATCATACAAGGAAAAAACCTTTTGAATGCAATGACTGTGGAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCTATAGCAGGAAGGCACACCTTGCAACTCATCAGAAAATTCATAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106324 GCCTATAGCAGGAAGGCACACCTTGCAACTCATCAGAAAATTCATAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGAGAGACCCTTTGTGTGCAATGATTGTGGGAAGGCGTTTATGCATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106374 AGAGAGACCCTTTGTGTGCAATGATTGTGGGAAGGCGTTTATGCATAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCCAACTCGTGGTCCACCAGAGACTTCACACTGGAGAGAAGCCTTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106424 CCCAACTCGTGGTCCACCAGAGACTTCACACTGGAGAGAAGCCTTATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGCAGTCAATGTGGGAAAACATTCACTTGGAACTCCTCATTTAATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106474 TGCAGTCAATGTGGGAAAACATTCACTTGGAACTCCTCATTTAATCAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGTGAAATCTCATACACTTGAGAAGTCATTTGAATGTAAGGAATGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106524 CGTGAAATCTCATACACTTGAGAAGTCATTTGAATGTAAGGAATGTGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAACCTTCAGGTATAGTTCATCCCTTTATAAACATTCCAGATTTCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106574 AAACCTTCAGGTATAGTTCATCCCTTTATAAACATTCCAGATTTCATACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGAGAGAAACCCTACCAGTGTATCATATGTGGCAAAGCTTTTGGCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106624 GGAGAGAAACCCTACCAGTGTATCATATGTGGCAAAGCTTTTGGCAACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATCCGTGCTTGTTACACACCAAAGAATTCATACAGGAGAGAAACCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106674 ATCCGTGCTTGTTACACACCAAAGAATTCATACAGGAGAGAAACCTTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTTGTATTGAATGTGGCAAAGCCTTCATCAAGAAGTCCCATCTCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106724 GTTGTATTGAATGTGGCAAAGCCTTCATCAAGAAGTCCCATCTCCTCAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CATCAGATAACTCATACAGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAACAGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106774 CATCAGATAACTCATACAGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAACAGATGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GAAAGCATTTTCCCAGAAGTCAAATCTTATTGTACATCAGAAAATTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106824 GAAAGCATTTTCCCAGAAGTCAAATCTTATTGTACATCAGAAAATTCATA

   1150 
   1133 CA
        ||
 106874 CA