seq1 = pF1KE0626.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KE0626/gi568815578f_50631787.tfa (gi568815578f:50631787_50850485), 218699 bp

>pF1KE0626 1116
>gi568815578f:50631787_50850485 (Chr20)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-289  (106071-106293)   100% ->
290-1116  (117873-118699)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGCAGCCACCGGCACGGGGCGGGCAGCGGCTGCCTGGGCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCGCAGCCACCGGCACGGGGCGGGCAGCGGCTGCCTGGGCACTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGTGAAGAGCAAG         TTTGGAGCTGAATTTCGTCGGTTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGTGAAGAGCAAGGTG...TAGTTTGGAGCTGAATTTCGTCGGTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCTGGAAAGATCAAAACCTGGAAAATTTGAGGAGTTTTATGGATTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106096 CGCTGGAAAGATCAAAACCTGGAAAATTTGAGGAGTTTTATGGATTACTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAACATGTTCATAAGATCCCCAATGTTGACGTTTTGGTAGGCTATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106146 CAACATGTTCATAAGATCCCCAATGTTGACGTTTTGGTAGGCTATGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCATGGAGACTTACTACCTATAAATAATGATGATAATTATCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106196 CATCCATGGAGACTTACTACCTATAAATAATGATGATAATTATCACAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTTTCAACGGCCAATCCACTGCTTAGGATATTTATACAAAAGAAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106246 CTGTTTCAACGGCCAATCCACTGCTTAGGATATTTATACAAAAGAAGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        AAGAAGCAGACTACAGTGCCTTTGGTACAGACACGCTAATAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 A...CAGAAGAAGCAGACTACAGTGCCTTTGGTACAGACACGCTAATAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAAGAATGTTTTAACCAACGTATTGCGTCCTGACAACCATAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117916 GAAGAAGAATGTTTTAACCAACGTATTGCGTCCTGACAACCATAGAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCACATATAGTCATTAGTATGCCCCAAGACTTTAGACCTGTGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117966 AGCCACATATAGTCATTAGTATGCCCCAAGACTTTAGACCTGTGTCTTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTATAGACGTGGATATTCTCCCAGAAACGCATCGTAGGGTACGTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118016 ATTATAGACGTGGATATTCTCCCAGAAACGCATCGTAGGGTACGTCTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAATACGGCACGGAGAAACCCCTAGGATTCTACATCCGGGATGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118066 CAAATACGGCACGGAGAAACCCCTAGGATTCTACATCCGGGATGGCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTGTCAGGGTAACACCACATGGCTTAGAAAAGGTTCCAGGGATCTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118116 GTGTCAGGGTAACACCACATGGCTTAGAAAAGGTTCCAGGGATCTTTATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCAGGCTTGTCCCAGGAGGTCTGGCTCAAAGTACAGGACTATTAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118166 TCCAGGCTTGTCCCAGGAGGTCTGGCTCAAAGTACAGGACTATTAGCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAATGATGAAGTTTTAGAAGTTAATGGCATAGAAGTTTCAGGGAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118216 TAATGATGAAGTTTTAGAAGTTAATGGCATAGAAGTTTCAGGGAAGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGATCAAGTAACAGACATGATGATTGCAAATAGCCGTAACCTCATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118266 TTGATCAAGTAACAGACATGATGATTGCAAATAGCCGTAACCTCATCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACAGTGAGACCGGCAAACCAGAGGAATAATGTTGTGAGGAACAGTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118316 ACAGTGAGACCGGCAAACCAGAGGAATAATGTTGTGAGGAACAGTCGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTCTGGCAGTTCCGGTCAGTCTACTGATAACAGCCTTCTTGGCTACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118366 TTCTGGCAGTTCCGGTCAGTCTACTGATAACAGCCTTCTTGGCTACCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGCAGATTGAACCAAGCTTTGAGCCAGAGGATGAAGACAGCGAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118416 AGCAGATTGAACCAAGCTTTGAGCCAGAGGATGAAGACAGCGAAGAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GACATTATCATTGAAGACAATGGAGTGCCACAGCAGATTCCAAAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118466 GACATTATCATTGAAGACAATGGAGTGCCACAGCAGATTCCAAAAGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCCTAATACTGAGAGCCTGGAGTCATTAACACAGATAGAGCTAAGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118516 TCCTAATACTGAGAGCCTGGAGTCATTAACACAGATAGAGCTAAGCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGTCTGGACAGAATGGCTTTATTCCCTCTAATGAAGTGAGCTTAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118566 AGTCTGGACAGAATGGCTTTATTCCCTCTAATGAAGTGAGCTTAGCAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATAGCAAGCAGCTCAAACACGGAATTTGAAACACATGCTCCAGATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118616 ATAGCAAGCAGCTCAAACACGGAATTTGAAACACATGCTCCAGATCAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1083 ACTCTTAGAAGAAGATGGAACAATCATAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118666 ACTCTTAGAAGAAGATGGAACAATCATAACATTA