seq1 = pF1KE0624.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KE0624/gi568815595r_9657542.tfa (gi568815595r:9657542_9867749), 210208 bp

>pF1KE0624 1110
>gi568815595r:9657542_9867749 (Chr3)

(complement)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-215  (101860-101991)   100% ->
216-290  (104537-104611)   100% ->
291-429  (104698-104836)   100% ->
430-556  (105993-106119)   100% ->
557-632  (106214-106289)   100% ->
633-745  (106982-107094)   100% ->
746-824  (108000-108078)   100% ->
825-912  (108175-108262)   100% ->
913-1030  (109904-110021)   100% ->
1031-1110  (110129-110208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGGGCAGTGGAAGGCCCCAGGTGGAAGCAGGCGGAGGACATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGGGCAGTGGAAGGCCCCAGGTGGAAGCAGGCGGAGGACATTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACATCTACGACTTCCGAGATGTTCTGGGCAC         GGGGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 AGACATCTACGACTTCCGAGATGTTCTGGGCACGTG...TAGGGGGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCGGAGGTGATCCTGGCAGAAGATAAGAGGACGCAGAAGCTGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101868 TCTCGGAGGTGATCCTGGCAGAAGATAAGAGGACGCAGAAGCTGGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAAATGCATTGCCAAGGAGGCCCTGGAGGGCAAGGAAGGCAGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101918 ATCAAATGCATTGCCAAGGAGGCCCTGGAGGGCAAGGAAGGCAGCATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAATGAGATTGCTGTCCTGCACAA         GATCAAGCACCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101968 GAATGAGATTGCTGTCCTGCACAAGTG...CAGGATCAAGCACCCCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTAGCCCTGGATGACATCTATGAGAGTGGGGGCCACCTCTACCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104554 TTGTAGCCCTGGATGACATCTATGAGAGTGGGGGCCACCTCTACCTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGCAGCT         GGTGTCGGGTGGGGAGCTCTTTGACCGTATTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104604 ATGCAGCTGTG...CAGGGTGTCGGGTGGGGAGCTCTTTGACCGTATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAAAAAGGCTTCTACACGGAGCGGGACGCCAGCCGCCTCATCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104731 GGAAAAAGGCTTCTACACGGAGCGGGACGCCAGCCGCCTCATCTTCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCTGGATGCTGTGAAATACCTGCATGACCTGGGCATTGTACACCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104781 TGCTGGATGCTGTGAAATACCTGCATGACCTGGGCATTGTACACCGGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCAAG         CCAGAGAATCTGCTGTACTACAGCCTGGATGAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104831 CTCAAGGTG...AAGCCAGAGAATCTGCTGTACTACAGCCTGGATGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCAAAATCATGATCTCCGACTTTGGCCTCTCCAAGATGGAGGACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106028 CTCCAAAATCATGATCTCCGACTTTGGCCTCTCCAAGATGGAGGACCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCAGTGTGCTCTCCACCGCCTGTGGAACTCCGGGATACGTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106078 GCAGTGTGCTCTCCACCGCCTGTGGAACTCCGGGATACGTGGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557  CCCCTGAAGTCCTGGCCCAGAAGCCCTACAGCAAGGCTGTGGATTGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106213 GCCCCTGAAGTCCTGGCCCAGAAGCCCTACAGCAAGGCTGTGGATTGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCCATAGGTGTCATCGCCTACATCTT         GCTCTGCGGTTACC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106263 GTCCATAGGTGTCATCGCCTACATCTTGTA...CAGGCTCTGCGGTTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTCCCTTCTATGACGAGAATGATGCCAAACTCTTTGAACAGATTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106996 CTCCCTTCTATGACGAGAATGATGCCAAACTCTTTGAACAGATTTTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCGAGTACGAGTTTGACTCTCCTTACTGGGACGACATCTCTGACTCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107046 GCCGAGTACGAGTTTGACTCTCCTTACTGGGACGACATCTCTGACTCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746         CCAAAGATTTCATCCGGCACTTGATGGAGAAGGACCCAGAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107096 TA...TAGCCAAAGATTTCATCCGGCACTTGATGGAGAAGGACCCAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAAGATTCACCTGTGAGCAGGCCTTGCAGCACCCATG         GATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108042 AAAGATTCACCTGTGAGCAGGCCTTGCAGCACCCATGGTG...TAGGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCAGGAGATACAGCTCTAGATAAGAATATCCACCAGTCGGTGAGTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108179 GCAGGAGATACAGCTCTAGATAAGAATATCCACCAGTCGGTGAGTGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATCAAGAAGAACTTTGCCAAGAGCAAGTGGAAG         CAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108229 GATCAAGAAGAACTTTGCCAAGAGCAAGTGGAAGGTG...CAGCAAGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCAATGCCACGGCTGTGGTGCGGCACATGAGGAAACTGCAGCTGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109911 TCAATGCCACGGCTGTGGTGCGGCACATGAGGAAACTGCAGCTGGGCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCCAGGAGGGGCAGGGGCAGACGGCGAGCCATGGGGAGCTGCTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109961 AGCCAGGAGGGGCAGGGGCAGACGGCGAGCCATGGGGAGCTGCTGACACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTGGCTGGGG         GGCCGGCAGCTGGCTGTTGCTGTCGAGACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110011 AGTGGCTGGGGGTG...CAGGGCCGGCAGCTGGCTGTTGCTGTCGAGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCTGCGTGGAGCCGGGCACAGAACTGTCCCCCACACTGCCCCACCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110159 GCTGCGTGGAGCCGGGCACAGAACTGTCCCCCACACTGCCCCACCAGCTC