seq1 = pF1KE0614.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE0614/gi568815589r_110775424.tfa (gi568815589r:110775424_111072117), 296694 bp

>pF1KE0614 1092
>gi568815589r:110775424_111072117 (Chr9)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-793  (129950-130697)   100% ->
794-1092  (196396-196694)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCATCTCTACTTCCATCCCTGTAATTTCACAGCCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGCTGCCATCTCTACTTCCATCCCTGTAATTTCACAGCCCCAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     TTCACAGCCATGAATGAACCACAGTGCTTCTACAACGAGTCCATTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGTTCACAGCCATGAATGAACCACAGTGCTTCTACAACGAGTCCATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTCTTTTATAACCGAAGTGGAAAGCATCTTGCCACAGAATGGAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129996 CCTTCTTTTATAACCGAAGTGGAAAGCATCTTGCCACAGAATGGAACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCAGCAAGCTGGTGATGGGACTTGGAATCACTGTTTGTATCTTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130046 GTCAGCAAGCTGGTGATGGGACTTGGAATCACTGTTTGTATCTTCATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGGCCAACCTATTGGTCATGGTGGCAATCTATGTCAACCGCCGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130096 GTTGGCCAACCTATTGGTCATGGTGGCAATCTATGTCAACCGCCGCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTTCCTATTTATTACCTAATGGCTAATCTGGCTGCTGCAGACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130146 ATTTTCCTATTTATTACCTAATGGCTAATCTGGCTGCTGCAGACTTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGGGTTGGCCTACTTCTATCTCATGTTCAACACAGGACCCAATACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130196 GCTGGGTTGGCCTACTTCTATCTCATGTTCAACACAGGACCCAATACTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGACTGACTGTTAGCACATGGCTCCTTCGTCAGGGCCTCATTGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130246 GAGACTGACTGTTAGCACATGGCTCCTTCGTCAGGGCCTCATTGACACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCTGACGGCATCTGTGGCCAACTTACTGGCTATTGCAATCGAGAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130296 GCCTGACGGCATCTGTGGCCAACTTACTGGCTATTGCAATCGAGAGGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTACGGTTTTCCGCATGCAGCTCCACACACGGATGAGCAACCGGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130346 ATTACGGTTTTCCGCATGCAGCTCCACACACGGATGAGCAACCGGCGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTGGTGGTCATTGTGGTCATCTGGACTATGGCCATCGTTATGGGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130396 AGTGGTGGTCATTGTGGTCATCTGGACTATGGCCATCGTTATGGGTGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TACCCAGTGTGGGCTGGAACTGTATCTGTGATATTGAAAATTGTTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130446 TACCCAGTGTGGGCTGGAACTGTATCTGTGATATTGAAAATTGTTCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGGCACCCCTCTACAGTGACTCTTACTTAGTCTTCTGGGCCATTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130496 ATGGCACCCCTCTACAGTGACTCTTACTTAGTCTTCTGGGCCATTTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTGGTGACCTTTGTGGTAATGGTGGTTCTCTATGCTCACATCTTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130546 CTTGGTGACCTTTGTGGTAATGGTGGTTCTCTATGCTCACATCTTTGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGTTCGCCAGAGGACTATGAGAATGTCTCGGCATAGTTCTGGACCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130596 ATGTTCGCCAGAGGACTATGAGAATGTCTCGGCATAGTTCTGGACCCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGGAATCGGGATACCATGATGAGTCTTCTGAAGACTGTGGTCATTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130646 CGGAATCGGGATACCATGATGAGTCTTCTGAAGACTGTGGTCATTGTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TG         GGGCCTTTATCATCTGCTGGACTCCTGGATTGGTTTTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130696 TGGTA...TAGGGGCCTTTATCATCTGCTGGACTCCTGGATTGGTTTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TACTTCTAGACGTGTGCTGTCCACAGTGCGACGTGCTGGCCTATGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196435 TACTTCTAGACGTGTGCTGTCCACAGTGCGACGTGCTGGCCTATGAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTCTTCCTTCTCCTTGCTGAATTCAACTCTGCCATGAACCCCATCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196485 TTCTTCCTTCTCCTTGCTGAATTCAACTCTGCCATGAACCCCATCATTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTCCTACCGTGACAAAGAAATGAGCGCCACCTTTAGGCAGATCCTCTGCT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196535 CTCCTACCGCGACAAAGAAATGAGCGCCACCTTTAGGCAGATCCTCTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCCAGCGCAGTGAGAACCCCACCGGCCCCACAGAAGGCTCAGACCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196585 GCCAGCGCAGTGAGAACCCCACCGGCCCCACAGAAGGCTCAGACCGCTCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCTTCCTCTCTCAACCACACCATCTTGGCTGGAGTTCACAGCAATGACCA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196635 GCTTCCTCCCTCAACCACACCATCTTGGCTGGAGTTCACAGCAATGACCA

   1100     .    :
   1083 CTCTGTGGTT
        ||||||||||
 196685 CTCTGTGGTT