seq1 = pF1KE0610.tfa, 1089 bp
seq2 = pF1KE0610/gi568815588f_113666409.tfa (gi568815588f:113666409_113875864), 209456 bp

>pF1KE0610 1089
>gi568815588f:113666409_113875864 (Chr10)

1-28  (88870-88897)   100% ->
29-117  (100003-100091)   100% ->
118-224  (100204-100310)   100% ->
225-359  (100937-101071)   100% ->
360-435  (102407-102482)   100% ->
436-552  (103376-103492)   100% ->
553-672  (105562-105681)   100% ->
673-779  (107819-107925)   100% ->
780-989  (108418-108627)   100% ->
990-1089  (109357-109456)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACCCAAACCTCAGAAGAGTCCAG         GCAAACAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  88870 ATGGAACCCAAACCTCAGAAGAGTCCAGGTA...TAGGCAAACAATTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATTTTCTTATGAAAATGAAGTCTGCAAACAAGATTACTTTATTAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 ATTTTCTTATGAAAATGAAGTCTGCAAACAAGATTACTTTATTAAATCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACCTTCTCAGCTGTTCTCCTCTGTG         ACCTCTTGGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100066 CACCTTCTCAGCTGTTCTCCTCTGTGGTA...CAGACCTCTTGGAAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGGTTTTTCATCCTGTCAAAGGCTGGGGAAAAGAGCTTTAGTCTTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100219 CGGTTTTTCATCCTGTCAAAGGCTGGGGAAAAGAGCTTTAGTCTTTCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTATAAAGACCATCATCACCGAGGTTCCATTGAAATTGATCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100269 TTATAAAGACCATCATCACCGAGGTTCCATTGAAATTGATCAGTG...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225  AAATTCCAGTGTAGAAGTTGGCATAAGTAGCCAGGAAAAGATGCAATCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 GAAATTCCAGTGTAGAAGTTGGCATAAGTAGCCAGGAAAAGATGCAATCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGCAGAAGATGTTTAAATGCCACCCTGATGAGGTCATGTCCATCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100986 GTGCAGAAGATGTTTAAATGCCACCCTGATGAGGTCATGTCCATCAGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACTAACAGGGAATACTTCCTCATTGGCCACGACAG         GGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101036 CACTAACAGGGAATACTTCCTCATTGGCCACGACAGGTG...CAGGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGATTAAAGACTGGGTCTCCTTCATGTCATCATTTCGCCAGGATATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102412 AGATTAAAGACTGGGTCTCCTTCATGTCATCATTTCGCCAGGATATAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAACACAGCAGAACACAGAG         GAGGAACTCTCATTGGGTAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102462 GCAACACAGCAGAACACAGAGGTG...CAGGAGGAACTCTCATTGGGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TAAAAGAACCCTCTTCTACTCCAGCCCTCTCCTTGGCCCTTCCAGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103396 TAAAAGAACCCTCTTCTACTCCAGCCCTCTCCTTGGCCCTTCCAGCACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGAGGCTGTTGGCTCCAGCTCACCAAGAAATGGTCTCCAAGACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103446 CAGAGGCTGTTGGCTCCAGCTCACCAAGAAATGGTCTCCAAGACAAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       CATTTAATGGAACAAAGTTCTCCAGGATTTAGGCAAACTCACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103496 ...CAGCATTTAATGGAACAAAGTTCTCCAGGATTTAGGCAAACTCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAAGATTTATCAGAAGCCACTCAAGATGTGAAGGAAGAGAATCATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105606 ACAAGATTTATCAGAAGCCACTCAAGATGTGAAGGAAGAGAATCATTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTACTCCTCGAAGTGTTCTTTTAGAG         TTGGATAATATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105656 TTACTCCTCGAAGTGTTCTTTTAGAGGTA...CAGTTGGATAATATCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTTCCAGTGATTCTGGTGAATCCATTGAAACTGATGGTCCAGACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107834 GCTTCCAGTGATTCTGGTGAATCCATTGAAACTGATGGTCCAGACCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTCTGGAAGAATTGAGTGTCATTATGAGCCAATGGAATCCTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107884 CTCTGGAAGAATTGAGTGTCATTATGAGCCAATGGAATCCTAGTA...TA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780  TTTTTTCAAAGAGACATCCCATGAGTCTGTGGATAGCAGCAAAGAGGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108417 GTTTTTTCAAAGAGACATCCCATGAGTCTGTGGATAGCAGCAAAGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCCCAGACCCTTCCAGAGACCCAGGATGGGGACCTCCACCTGCAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108467 CCCCAGACCCTTCCAGAGACCCAGGATGGGGACCTCCACCTGCAAGAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGGCTCAGGAATTGATTGGTGTCTTTCCCCTGCCGATGTGGAAGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108517 AGGCTCAGGAATTGATTGGTGTCTTTCCCCTGCCGATGTGGAAGCACAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCACAAATGACCAAAAGGGGTCGGCCTCACTAACTGTTGTGCAATTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108567 CCACAAATGACCAAAAGGGGTCGGCCTCACTAACTGTTGTGCAATTGTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATATTAATCAA         TAATATCCCCGATGAAAGCCAAGTGGAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108617 ATATTAATCAAGTA...TAGTAATATCCCCGATGAAAGCCAAGTGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACTGAACGTTTTCCTTTCTCCTCCTGATGTCATCAACTATCTTGCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109387 ACTGAACGTTTTCCTTTCTCCTCCTGATGTCATCAACTATCTTGCTCTCA

   1150     .    :    .    :
   1070 CAGAAGCCACAGGACGGATA
        ||||||||||||||||||||
 109437 CAGAAGCCACAGGACGGATA