seq1 = pF1KE0609.tfa, 513 bp
seq2 = pF1KE0609/gi568815575f_46362745.tfa (gi568815575f:46362745_46573009), 210265 bp

>pF1KE0609 513
>gi568815575f:46362745_46573009 (ChrX)

1-142  (99990-100130)   97% ->
143-253  (100454-100564)   100% ->
254-513  (110006-110265)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATG GCCATGTCCCAGGAATCATTGACCTTCAAGGACGTGTTTGTGGACT
        |||-|||||-| |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 ATGTGCCAT TAC AGGAATCATTGACCTTCAAGGACGTGTTTGTGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TCACCCTGGAGGAGTGGCAGCAACTGGACTCTGCCCAGAAGAACCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100038 TCACCCTGGAGGAGTGGCAGCAACTGGACTCTGCCCAGAAGAACCTCTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AGGGATGTCATGCTTGAGAACTACAGCCACCTGGTGTCCGTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100088 AGGGATGTCATGCTTGAGAACTACAGCCACCTGGTGTCCGTGGGTG...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143   GGTATCTAGTTGCGAAGCCAGATGTGATCTTCAGGTTGGGACCAGGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100452 AGGGTATCTAGTTGCGAAGCCAGATGTGATCTTCAGGTTGGGACCAGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 AAGAGTCCTGGATGGCAGATGGGGGGACCCCGGTACGGACCTGTGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100502 AAGAGTCCTGGATGGCAGATGGGGGGACCCCGGTACGGACCTGTGCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GAGGACAGGCCAG         AAGTCTGGCAAGTTGATGAGCAGATAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100552 GAGGACAGGCCAGGTG...TAGAAGTCTGGCAAGTTGATGAGCAGATAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 TCACTACAAGGAAAGCCAAGACAAACTTCCTTGGCAAGCTGCATTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110034 TCACTACAAGGAAAGCCAAGACAAACTTCCTTGGCAAGCTGCATTCATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 GCAAGGAAACACTGAAGGATGAAAGCGGTCAAGAATCCAGAACATGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110084 GCAAGGAAACACTGAAGGATGAAAGCGGTCAAGAATCCAGAACATGTAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 AAAAGCATTTATCTGAGCACAGAATTTGATTCTGTAAGGCAAAGACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110134 AAAAGCATTTATCTGAGCACAGAATTTGATTCTGTAAGGCAAAGACTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 TAAATATTATTCGTGGGAAAAGGCATTCAAAACATCATTTAAACTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110184 TAAATATTATTCGTGGGAAAAGGCATTCAAAACATCATTTAAACTTTCTT

    500     .    :    .    :    .    :
    482 GGTCAAAATGGAAGCTATGTAAGAAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 110234 GGTCAAAATGGAAGCTATGTAAGAAAGAAAGA